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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v3l | ||||||
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タイトル | MERS S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 6516 | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / MERS / spike / antibody (抗体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane ...host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (MERSコロナウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, X. / Zhao, J. / Wang, Z. / Wang, Y. / Zeng, J. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: MERS S ectodomain trimer in complex with neutralizing antibody 6516 著者: Wang, X. / Zhao, J. / Wang, Z. / Wang, Y. / Zeng, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7v3l.cif.gz | 795.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7v3l.ent.gz | 657.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7v3l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/7v3l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/7v3l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 31683MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 142081.391 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (MERSコロナウイルス) 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: K0BRG7 #2: 抗体 | 分子量: 24025.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 23581.295 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: MERS spike glycoprotein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERSコロナウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1289518 / 対称性のタイプ: POINT |