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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uyo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of B-form alien DNA 5'-CTTSSPBZPSZBBAAG in a host-guest complex with the N-terminal fragment of Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / unnatural DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() host cell late endosome membrane / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Georgiadis, M.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of 'ALternative Isoinformational ENgineered' DNA in B-form. 著者: Shukla, M.S. / Hoshika, S. / Benner, S.A. / Georgiadis, M.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7uynC ![]() 7uypC ![]() 6mikS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 30023.531 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal fragment (UNP residues 683-937) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: gag-pro-pol / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 2452.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 2536.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.05 M ADA, pH 6.5, 9% PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月14日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.65→145.93 Å / Num. obs: 46528 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 28.39 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 17 / Num. measured all: 301349 / Scaling rejects: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB entry 6MIK 解像度: 1.65→27.652 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 105.26 Å2 / Biso mean: 41.938 Å2 / Biso min: 17.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.65→27.652 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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