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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uv7 | ||||||
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タイトル | Isoreticular, interpenetrating co-crystal of Replication Initiator Protein REPE54 and scaffold duplex (21mer) containing the cognate REPE54 sequence and an insert duplex (10mer) with guest TAMRA-labelled thymine and T-A rich sequence. | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Replication Initiator RepE Complex Co-Crystal / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasmid maintenance / DNA replication initiation / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å | ||||||
データ登録者 | Orun, A.R. / Snow, C.D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Nano / 年: 2023 タイトル: Modular Protein-DNA Cocrystals as Precise, Programmable Assembly Scaffolds. 著者: Orun, A.R. / Shields, E.T. / Dmytriw, S. / Vajapayajula, A. / Slaughter, C.K. / Snow, C.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uv7.cif.gz | 212.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uv7.ent.gz | 138.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uv7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/7uv7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uv/7uv7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7sdpC 7sozC 7u6kSC 7u7oC 7ufxC 7uogC 7ur0C 7uv6C 7uxyC 8d86C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA鎖 , 4種, 4分子 ABEF
#1: DNA鎖 | 分子量: 6367.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 6478.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
#4: DNA鎖 | 分子量: 3084.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
#5: DNA鎖 | 分子量: 3044.017 Da / 分子数: 1 / Mutation: TAMRA-labelled thymine2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
-タンパク質 , 1種, 1分子 C
#3: タンパク質 | 分子量: 30749.053 Da / 分子数: 1 / Mutation: R118P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: repE, E, rep, ECOK12F045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03856 |
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-非ポリマー , 2種, 9分子
#6: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.12 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 200 mM MgCl2, 30% PEG 400, 100 mM Tris HCl pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2021年10月1日 |
放射 | モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.02→37.85 Å / Num. obs: 12804 / % possible obs: 96.74 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 80.95 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.07113 / Rpim(I) all: 0.03014 / Rrim(I) all: 0.07743 / Net I/σ(I): 20.98 |
反射 シェル | 解像度: 3.02→3.128 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.6448 / Mean I/σ(I) obs: 2.97 / Num. unique obs: 1284 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.2514 / Rrim(I) all: 0.6925 / % possible all: 99.69 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7u6k 解像度: 3.02→37.85 Å / SU ML: 0.4805 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.9392 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 114.32 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.02→37.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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