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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7utw | ||||||
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タイトル | Cd-substituted Horse Liver Alcohol Dehydrogenase in Complex with NADH and N-Cyclohexylformamide | ||||||
要素 | Alcohol dehydrogenase E chain | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Ternary complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent / : / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / アルコールデヒドロゲナーゼ / retinol metabolic process / retinoic acid metabolic process / zinc ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Equus caballus (ウマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å | ||||||
データ登録者 | Zheng, C. / Boxer, S.G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2023 タイトル: Enhanced active-site electric field accelerates enzyme catalysis. 著者: Zheng, C. / Ji, Z. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7utw.cif.gz | 316 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7utw.ent.gz | 250.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7utw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/7utw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/7utw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 40038.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: horse liver protein / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00327, アルコールデヒドロゲナーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 1094分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PEG400(10%-25%), 2mM NADH, 10mM N-cyclohexylformamide in Tris buffer at pH 8.20 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月1日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.33→38.02 Å / Num. obs: 150446 / % possible obs: 88.5 % / 冗長度: 7.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 1155326 / Scaling rejects: 1479 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4DWV 解像度: 1.33→38.02 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 16.75 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 60.34 Å2 / Biso mean: 19.0438 Å2 / Biso min: 8.42 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.33→38.02 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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