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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7us1 | ||||||
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タイトル | Structure of parkin (R0RB) bound to two phospho-ubiquitin molecules | ||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE (リガーゼ) / Parkin R0RB / R0RB:2pUb / R0RB:pUb | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RBR-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin ligase complex / ubiquitin-protein transferase activity / ミトコンドリア / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.484 Å | ||||||
データ登録者 | Fakih, R. / Sauve, V. / Gehring, K. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022 タイトル: Structure of the second phosphoubiquitin-binding site in parkin. 著者: Fakih, R. / Sauve, V. / Gehring, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7us1.cif.gz | 173.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7us1.ent.gz | 137.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7us1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/7us1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/7us1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6glcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 26406.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Park2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S4X0T1, RBR-type E3 ubiquitin transferase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 8542.706 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J3QS39 |
-非ポリマー , 4種, 50分子
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.95 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Bis-Tris propane pH 7.5, 20.5% PEG3350, 0.2M NaI |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.1808 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1808 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.484→47.59 Å / Num. obs: 19185 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.3 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.08 |
反射 シェル | 解像度: 2.484→2.573 Å / Num. unique obs: 1847 / CC1/2: 0.523 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6GLC 解像度: 2.484→47.59 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.18 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 177.25 Å2 / Biso mean: 77.6442 Å2 / Biso min: 41.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.484→47.59 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -25.6556 Å / Origin y: 31.6822 Å / Origin z: -21.745 Å
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精密化 TLSグループ |
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