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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uqk | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the S. cerevisiae chromatin remodeler Yta7 hexamer bound to ADP | ||||||
要素 | ATPase histone chaperone YTA7 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / AAA+ ATPase / chromatin remodeler | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP-dependent histone chaperone activity / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / CENP-A containing chromatin assembly / ATP-dependent chromatin remodeler activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / chromosome, centromeric region / 染色体 / chromatin organization / histone binding / クロマチンリモデリング ...ATP-dependent histone chaperone activity / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / CENP-A containing chromatin assembly / ATP-dependent chromatin remodeler activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / chromosome, centromeric region / 染色体 / chromatin organization / histone binding / クロマチンリモデリング / chromatin binding / クロマチン / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, F. / Feng, X. / Li, H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2023 タイトル: The Saccharomyces cerevisiae Yta7 ATPase hexamer contains a unique bromodomain tier that functions in nucleosome disassembly. 著者: Feng Wang / Xiang Feng / Qing He / Hua Li / Huilin Li / 要旨: The Saccharomyces cerevisiae Yta7 is a chromatin remodeler harboring a histone-interacting bromodomain (BRD) and two AAA+ modules. It is not well understood how Yta7 recognizes the histone H3 tail to ...The Saccharomyces cerevisiae Yta7 is a chromatin remodeler harboring a histone-interacting bromodomain (BRD) and two AAA+ modules. It is not well understood how Yta7 recognizes the histone H3 tail to promote nucleosome disassembly for DNA replication or RNA transcription. By cryo-EM analysis, here we show that Yta7 assembles a three-tiered hexamer with a top BRD tier, a middle AAA1 tier, and a bottom AAA2 tier. Unexpectedly, the Yta7 BRD stabilizes a four-stranded β-helix, termed BRD-interacting motif (BIM), of the largely disordered N-terminal region. The BIM motif is unique to the baker's yeast, and we show both BRD and BIM contribute to nucleosome recognition. We found that Yta7 binds both acetylated and nonacetylated H3 peptides but with a higher affinity for the unmodified peptide. This property is consistent with the absence of key residues of canonical BRDs involved in acetylated peptide recognition and the role of Yta7 in general nucleosome remodeling. Interestingly, the BRD tier exists in a spiral and a flat-ring form on top of the Yta7 AAA+ hexamer. The spiral is likely in a nucleosome-searching mode because the bottom BRD blocks the entry to the AAA+ chamber. The flat ring may be in a nucleosome disassembly state because the entry is unblocked and the H3 peptide has entered the AAA+ chamber and is stabilized by the AAA1 pore loops 1 and 2. Indeed, we show that the BRD tier is a flat ring when bound to the nucleosome. Overall, our study sheds light on the nucleosome disassembly by Yta7. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uqk.cif.gz | 745 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uqk.ent.gz | 544.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uqk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/7uqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/7uqk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 26697MC 7uqiC 7uqjC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 162182.969 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: YTA7, YGR270W / プラスミド: Yeast integrative vector pBS43 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: P40340, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 #2: 化合物 | ChemComp-ADP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of Yta7 with ADP / タイプ: COMPLEX / 詳細: The inactive state of Yta7 in the present of ADP / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.93 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / プラスミド: Yeast integrative vector pBS43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 詳細: Solution was made fresh and detergent was added to solve preference orientation issue. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: The sample was a novel chromatin remodeler and a AAA+ ATPase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K / 詳細: Blot 3S, blot forth 3 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 193 K / 最低温度: 193 K |
撮影 | 電子線照射量: 65 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) 詳細: A total of 75 frames were recorded for each micrograph stack. |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 514878 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient |