+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uqc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | phospho-GlialCAM peptide AA370-389 with Fab MS39p2w174 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lanz, T.V. / Robinson, W.H. / Fernandez, D. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Evolution of Antibody Reactivity against EBV EBNA1 to Molecular Mimicry with GlialCAM 著者: Lanz, T.V. / Robinson, W.H. / Fernandez, D. #1: ![]() タイトル: Clonally expanded B cells in multiple sclerosis bind EBV EBNA1 and GlialCAM. 著者: Lanz, T.V. / Brewer, R.C. / Ho, P.P. / Moon, J.S. / Jude, K.M. / Fernandez, D. / Fernandes, R.A. / Gomez, A.M. / Nadj, G.S. / Bartley, C.M. / Schubert, R.D. / Hawes, I.A. / Vazquez, S.E. / ...著者: Lanz, T.V. / Brewer, R.C. / Ho, P.P. / Moon, J.S. / Jude, K.M. / Fernandez, D. / Fernandes, R.A. / Gomez, A.M. / Nadj, G.S. / Bartley, C.M. / Schubert, R.D. / Hawes, I.A. / Vazquez, S.E. / Iyer, M. / Zuchero, J.B. / Teegen, B. / Dunn, J.E. / Lock, C.B. / Kipp, L.B. / Cotham, V.C. / Ueberheide, B.M. / Aftab, B.T. / Anderson, M.S. / DeRisi, J.L. / Wilson, M.R. / Bashford-Rogers, R.J.M. / Platten, M. / Garcia, K.C. / Steinman, L. / Robinson, W.H. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 433.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 284.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7k7rS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
3 |
| ||||||||||||
4 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
-タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2227.210 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-抗体 , 2種, 8分子 AGIDBHJE
#1: 抗体 | 分子量: 24204.006 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 23381.055 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 3種, 331分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ![]() #5: 化合物 | ChemComp-CL / ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.73 % |
---|---|
結晶化![]() | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: tbd |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月13日 |
放射 | モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal, non fixed exit slit プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.65→44.11 Å / Num. obs: 69508 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 44.71 Å2 / CC1/2: 0.977 / CC star: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.1134 / Rpim(I) all: 0.1134 / Rrim(I) all: 0.1603 / Net I/σ(I): 5.42 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1.461 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 10053 / CC1/2: 0.347 / Rpim(I) all: 0.94 / % possible all: 97.6 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 7K7R 解像度: 2.65→44.11 Å / SU ML: 0.3527 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.1734 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→44.11 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|