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- PDB-7ujb: N-terminal domain deletion variant of Eta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ujb
タイトルN-terminal domain deletion variant of Eta
要素DEAD/DEAH box RNA helicase
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TERMINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


helicase activity / nucleic acid binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF5814 / Family of unknown function (DUF5814) / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal ...Protein of unknown function DUF5814 / Family of unknown function (DUF5814) / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DEAD/DEAH box RNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 4.12 Å
データ登録者Qayyum, M.Z. / Murakami, K.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM087350 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131860 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: The structure and activities of the archaeal transcription termination factor Eta detail vulnerabilities of the transcription elongation complex.
著者: Marshall, C.J. / Qayyum, M.Z. / Walker, J.E. / Murakami, K.S. / Santangelo, T.J.
履歴
登録2022年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2023年12月20日ID: 7SMO
改定 1.12023年12月20日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_PDB_obs_spr

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEAD/DEAH box RNA helicase
B: DEAD/DEAH box RNA helicase
C: DEAD/DEAH box RNA helicase
D: DEAD/DEAH box RNA helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,3924
ポリマ－289,3924
非ポリマー00
水0
1
A: DEAD/DEAH box RNA helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3481
ポリマ－72,3481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DEAD/DEAH box RNA helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3481
ポリマ－72,3481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: DEAD/DEAH box RNA helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3481
ポリマ－72,3481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: DEAD/DEAH box RNA helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3481
ポリマ－72,3481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.242, 135.242, 262.353
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
Space group name HallP32
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1(chain "C" and resid 196 through 828)
d_4ens_1(chain "D" and resid 196 through 828)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1VALGLYA1 - 633
d_21ens_1VALGLYB1 - 633
d_31ens_1VALGLYC4 - 636
d_41ens_1VALGLYD4 - 636

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999995900096, 0.0028517067636, -0.000259922591042), (-0.0028514017285, -0.999995254414, -0.00116647249526), (-0.000263247795062, -0.00116572656911, 0.999999285891)135.08656081, 156.434396278, 0.107102533646
2given(-0.500260092918, 0.865868089222, 0.00350592357629), (0.865872699661, 0.500264260244, -0.000371353304432), (-0.0020754312405, 0.00284991027323, -0.999993785279)67.5914376369, 39.0939723681, 34.8594829488
3given(0.497050642924, -0.867719488064, -0.00188372011634), (-0.867721527423, -0.497049228492, -0.00118966457571), (9.5993506083E-5, 0.00222586803881, -0.999997518145)135.646117183, 234.232848757, 34.7095325405

-
要素

#1: タンパク質
DEAD/DEAH box RNA helicase


分子量: 72347.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
株: ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1 / 遺伝子: TK0566 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JF65

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.3 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 4.5 M NaCl, 3% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9768 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月27日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9768 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.1→43.48 Å / Num. obs: 41317 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 177.31 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 4.1→4.25 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / CC1/2: 0.41 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 4.12→43.48 Å / SU ML: 0.8161 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 43.5925
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 1822 4.87 %
Rwork0.2502 35576 -
obs0.2528 37398 90.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 242.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.12→43.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20234 0 0 0 20234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00620590
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.949527753
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04983130
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063561
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.44847929
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.751354636593
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.760466702986
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.886015010267
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.12-4.230.40681150.38082199X-RAY DIFFRACTION71.35
4.23-4.350.42651190.3492330X-RAY DIFFRACTION77.13
4.35-4.490.42331340.32652489X-RAY DIFFRACTION82.72
4.49-4.650.30561300.30312670X-RAY DIFFRACTION87.47
4.65-4.840.34631390.2972776X-RAY DIFFRACTION90.19
4.84-5.060.37971430.29412674X-RAY DIFFRACTION90.23
5.06-5.330.31561440.33922803X-RAY DIFFRACTION91.35
5.33-5.660.4411500.34132837X-RAY DIFFRACTION93.31
5.66-6.090.30871480.34362884X-RAY DIFFRACTION94.99
6.1-6.70.38991470.31022952X-RAY DIFFRACTION97.09
6.71-7.670.3431510.27672984X-RAY DIFFRACTION98.4
7.67-9.640.19591500.18253039X-RAY DIFFRACTION99.1
9.65-43.480.24451520.16252939X-RAY DIFFRACTION97.05
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.91589103536-1.47568612171-0.1537759151078.58728739582-3.828437428376.901101939410.03309370101021.21694886692-0.575093572414-1.84008842551-0.0950497259501-0.3824643582240.5688582505760.320562562432-0.1024388584612.01745460412-0.1528881081280.5096463478541.48437999186-0.4073443105521.3839798078283.430368852664.07249798396.82738587444
29.82042519574.504729729162.279827457568.48732471767-3.145338019960.513234856541-0.190351104867-1.07880174031-0.119499540005-1.628627635080.0673344917486-0.8003376085840.297057167271-0.5940559130380.04834055793152.26747431257-0.3197395339750.1632835571261.743313715930.2757805933731.4354130919287.27449130689.410756530222.3006690452
35.81440282969-4.7685656432-0.442859272153.407585745220.540636425390.952265813713-0.654906915090.155397073641-1.477372781180.65613650839-1.08525249483-1.246654233391.554173820190.1442642605351.244261049773.26025103974-0.0525409334830.5041077745041.9509873937-0.3275373580722.78920413949100.58964281348.29876075618.2872297454
45.561179647513.484879936090.7137192565347.127243691274.982258600627.4696088866-0.3241989448610.0059891311668-1.93722936720.3579116058990.496259985584-1.240681171460.6409302545110.614193721188-0.1597903735821.719501368780.2804857981620.1872543366481.25933055350.4382513770011.6382828406188.866307147165.799693317944.2287069989
56.13639776738-1.62478506208-0.6506416413757.181902492733.744537396327.397261951860.3226002824830.8973433561930.862639846108-1.13913492917-0.07084535025650.958531535467-0.619587449837-0.538043512752-0.3489303275291.97741345368-0.244656829614-0.5821165538681.297123620030.4141761865281.0736037296151.816975990292.13462055786.82905768066
69.419413082932.83962708669-3.660638349427.690340989042.363640757161.194887727320.163811524879-0.9780996871590.63745671408-1.45013643863-0.04672547083051.17104531371-0.5199199447990.783922398262-0.291514586642.23468418877-0.311321753976-0.1947044309181.63538088474-0.3301164670361.4974594714248.084853009466.739672262122.2959223112
78.215176839841.888879445224.356004142969.88694561069-2.47846568637-0.5133926266011.1432711548-0.757721855304-0.156577341944-0.602836071344-1.183460219551.412280964490.933271618863-0.874572673739-0.08418693855871.88992513117-0.389223928137-0.1380828057341.73273069921-0.2537454858551.95216038045101.308875677159.33378583712.6413992299
83.830662500680.06460070760830.1231602252829.578538349890.5220388446150.1831148559380.445430577598-1.00837617870.0769175198449-0.142197047499-0.504486843642-1.84099850863-1.025103778861.112142216660.0207481376352.10101592014-0.3391133805810.1189773848971.560161586680.2087668328051.84649196383101.4569982114.08009609812.6425299891
95.803866461330.3919540784183.529463391742.863206325681.471125008242.34792379149-0.438486815068-1.328341074840.03131157646181.67451225678-0.06282495670970.08746335571610.155430071704-0.3648427383620.1924534837271.93079849064-0.3644952719280.6228371785581.91694098731-0.4040246258831.3784303287381.4587520072143.41023824628.0300590683
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 196 through 400 )AA196 - 4001 - 205
22chain 'A' and (resid 401 through 574)AA401 - 574206 - 379
33chain 'A' and (resid 575 through 652 )AA575 - 652380 - 457
44chain 'A' and (resid 653 through 828 )AA653 - 828458 - 633
55chain 'B' and (resid 196 through 400 )BB196 - 4001 - 205
66chain 'B' and (resid 401 through 574)BB401 - 574206 - 379
77chain 'C' and (resid 401 through 574)CC401 - 574209 - 382
88chain 'D' and (resid 401 through 574)DD401 - 574209 - 382
99chain 'C' and (resid 196 through 400 )CC196 - 4004 - 208
1010chain 'D' and (resid 196 through 400 )DD196 - 4004 - 208
1111chain 'B' and (resid 575 through 652 )BB575 - 652380 - 457
1212chain 'C' and (resid 575 through 652 )CC575 - 652383 - 460
1313chain 'D' and (resid 575 through 652 )DD575 - 652383 - 460
1414chain 'B' and (resid 653 through 828 )BB653 - 828458 - 633
1515chain 'C' and (resid 653 through 828 )CC653 - 828461 - 636
1616chain 'D' and (resid 653 through 828 )DD653 - 828461 - 636

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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