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万見
- PDB-7uj3: Crystal structure of Human respiratory syncytial virus F variant ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uj3
タイトルCrystal structure of Human respiratory syncytial virus F variant (construct pXCS847A)
要素
  • RSV variant (construct pXCS847A) F1
  • RSV variant (construct pXCS847A) F2
キーワードVIRUS (ウイルス) / RSV / RSVF / pre-fusion
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / 細胞膜 / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種Respiratory syncytial virus (RSウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Han, S. / Ammirati, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2023
タイトル: Rational design of a highly immunogenic prefusion-stabilized F glycoprotein antigen for a respiratory syncytial virus vaccine.
著者: Ye Che / Alexey V Gribenko / Xi Song / Luke D Handke / Kari S Efferen / Kristin Tompkins / Srinivas Kodali / Lorna Nunez / A Krishna Prasad / Lynn M Phelan / Mark Ammirati / Xiaodi Yu / ...著者: Ye Che / Alexey V Gribenko / Xi Song / Luke D Handke / Kari S Efferen / Kristin Tompkins / Srinivas Kodali / Lorna Nunez / A Krishna Prasad / Lynn M Phelan / Mark Ammirati / Xiaodi Yu / Joshua A Lees / Wei Chen / Lyndsey Martinez / Vidia Roopchand / Seungil Han / Xiayang Qiu / John P DeVincenzo / Kathrin U Jansen / Philip R Dormitzer / Kena A Swanson /
要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) is the leading, global cause of serious respiratory disease in infants and is an important cause of respiratory illness in older adults. No RSV vaccine is currently ...Respiratory syncytial virus (RSV) is the leading, global cause of serious respiratory disease in infants and is an important cause of respiratory illness in older adults. No RSV vaccine is currently available. The RSV fusion (F) glycoprotein is a key antigen for vaccine development, and its prefusion conformation is the target of the most potent neutralizing antibodies. Here, we describe a computational and experimental strategy for designing immunogens that enhance the conformational stability and immunogenicity of RSV prefusion F. We obtained an optimized vaccine antigen after screening nearly 400 engineered F constructs. Through in vitro and in vivo characterization studies, we identified F constructs that are more stable in the prefusion conformation and elicit ~10-fold higher serum-neutralizing titers in cotton rats than DS-Cav1. The stabilizing mutations of the lead construct (847) were introduced onto F glycoprotein backbones of strains representing the dominant circulating genotypes of the two major RSV subgroups, A and B. Immunization of cotton rats with a bivalent vaccine formulation of these antigens conferred complete protection against RSV challenge, with no evidence of disease enhancement. The resulting bivalent RSV prefusion F investigational vaccine has recently been shown to be efficacious against RSV disease in two pivotal phase 3 efficacy trials, one for passive protection of infants by immunization of pregnant women and the second for active protection of older adults by direct immunization.
履歴
登録2022年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RSV variant (construct pXCS847A) F2
B: RSV variant (construct pXCS847A) F1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6456
ポリマ－57,1352
非ポリマー5094
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)170.020, 170.020, 170.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132

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要素

#1: タンパク質 RSV variant (construct pXCS847A) F2


分子量: 12109.954 Da / 分子数: 1 / 変異: A100C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Respiratory syncytial virus (RSウイルス)
発現宿主: Mammalia (哺乳類) / 参照: UniProt: A0A7D5GVC1
#2: タンパク質 RSV variant (construct pXCS847A) F1


分子量: 45025.391 Da / 分子数: 1 / 変異: I145S, S187I, D483S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Respiratory syncytial virus (RSウイルス)
発現宿主: Mammalia (哺乳類) / 参照: UniProt: A0A7D5GVC1
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Na acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, and 30% poly(ethylene) glycol monomethyl ether 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→49.08 Å / Num. obs: 11179 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 38.3 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 28.2
反射 シェル解像度: 3.5→3.71 Å / Num. unique obs: 1742 / CC1/2: 0.774

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MMU

4mmu


解像度: 3.5→49.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.7211 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.64 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.513
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2644 558 5.02 %RANDOM
Rwork0.236 ---
obs0.2374 11113 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 298.47 Å2 / Biso mean: 77.61 Å2 / Biso min: 9.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.512 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→49.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3392 0 29 0 3421
Biso mean--169.31 --
残基数----439
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1221SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes88HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes484HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3474HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion490SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3979SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3474HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4714HARMONIC21.12
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.84
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.83 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2922 129 5.01 %
Rwork0.259 2447 -
all0.2607 2576 -
obs--100 %
精密化 TLS

L11: 0 °2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.20370.27630.43531.12490.9649-0.0066-0.3029-0.20630.16810.33570.44810.2665-0.0566-0.32910.308-0.1548-0.1603-0.2151-0.1495-0.0471175.572162.644176.838
2-0.05510.210.30630.38091.6195-0.0956-0.2150.00720.27380.2720.16520.2613-0.1492-0.17630.0262-0.1021-0.1177-0.0832-0.02050.1212176.648172.916190.418
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A26 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B137 - 509

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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