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万見
- PDB-7uj2: OspC Type B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uj2
タイトルOspC Type B
要素Outer surface protein C
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Outer Surface Protein C Type K
機能・相同性Lipoprotein, OspC-type / Outer surface protein C-like superfamily / リポタンパク質 / cell outer membrane / Outer surface protein C
機能・相同性情報
生物種Borreliella burgdorferi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.503 Å
データ登録者Rudolph, M.J. / Mantis, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2023
タイトル: Structural Elucidation of a Protective B Cell Epitope on Outer Surface Protein C (OspC) of the Lyme Disease Spirochete, Borreliella burgdorferi.
著者: Rudolph, M.J. / Davis, S.A. / Haque, H.M.E. / Weis, D.D. / Vance, D.J. / Piazza, C.L. / Ejemel, M. / Cavacini, L. / Wang, Y. / Mbow, M.L. / Gilmore, R.D. / Mantis, N.J.
履歴
登録2022年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月17日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer surface protein C
B: Outer surface protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9686
ポリマ－34,8002
非ポリマー1684
水4,864270
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area13820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.931, 44.085, 68.806
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.830, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Outer surface protein C


分子量: 17399.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Type K
由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi (バクテリア)
株: 297 / 遺伝子: ospC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q44977
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 100 mM sodium phosphate citrate pH 4.2, 41.9% PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 38181 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.065 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 197208
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.5-1.534.60.32519220.9320.1640.3660.44895.6
1.53-1.554.90.30618630.9370.150.3420.48996.5
1.55-1.584.90.27919130.9390.1350.3110.4996.4
1.58-1.6250.26418990.9460.1270.2940.50295.8
1.62-1.655.10.25119190.9540.120.2790.56496.5
1.65-1.695.10.23819020.9280.1140.2650.55596.2
1.69-1.735.20.22818870.970.1080.2530.60996.8
1.73-1.785.10.1919240.9730.0910.2110.63996.1
1.78-1.834.90.16319210.9810.080.1820.71496.8
1.83-1.894.80.14119030.9810.0690.1580.8496.2
1.89-1.964.50.11416930.9850.0570.1280.95584.9
1.96-2.0450.09918420.990.0470.111.02392.1
2.04-2.135.80.08919230.9920.040.0971.16897.5
2.13-2.245.70.07519740.9930.0340.0831.32698.8
2.24-2.385.70.06919800.9950.0320.0761.42898.9
2.38-2.565.60.0619720.9960.0280.0671.43698.9
2.56-2.825.50.05519660.9960.0260.0611.56598.7
2.82-3.235.10.04919640.9960.0240.0551.76797.4
3.23-4.074.80.03917870.9980.0190.0441.89788.2
4.07-505.70.03920270.9980.0180.0431.72797.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GGQ

1ggq


解像度: 1.503→36.797 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.09 / 位相誤差: 15.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1672 1792 4.69 %
Rwork0.1465 36380 -
obs0.1475 38172 95.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 172.97 Å2 / Biso mean: 31.5527 Å2 / Biso min: 8.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.503→36.797 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2340 0 13 270 2623
Biso mean--85.58 34.29 -
残基数----315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122396
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1433208
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059397
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007404
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2431528
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5033-1.5440.19511340.1754266191
1.544-1.58940.2221340.166281896
1.5894-1.64070.23411380.1611277996
1.6407-1.69930.16871270.1541282497
1.6993-1.76740.19641430.1579281296
1.7674-1.84780.20471480.1535279297
1.8478-1.94520.17711380.1512269092
1.9452-2.06710.14311240.1403265391
2.0671-2.22670.14441280.1314289098
2.2267-2.45070.15861300.1317291799
2.4507-2.80520.16891290.1413292099
2.8052-3.53380.1491760.1475279596
3.5338-36.7970.17041430.1509282993
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.46870.4669-4.44750.1445-0.54095.3248-0.103-0.0681-0.26240.1017-0.07910.0204-0.0847-0.25310.15440.18680.01250.03370.1994-0.00260.1762-22.5073-14.5927-9.5755
21.50280.1872-0.36161.5576-0.80591.7715-0.0151-0.0546-0.1111-0.0009-0.0414-0.00490.1125-0.00460.06880.1077-0.0012-0.01340.0804-0.01760.0982-4.7279-18.1392-22.6899
36.4333-3.8376-6.77832.55643.69367.2318-0.28690.3228-0.68250.1321-0.29650.28660.0125-0.76050.52830.20080.0093-0.02960.2929-0.03420.1563-24.3819-22.366-13.6496
44.17971.1897-4.24140.2638-0.7474.23430.15910.21830.24320.04840.02510.1229-0.1054-0.6373-0.21240.13170.00460.0160.230.00190.1661-23.5942-6.9734-11.8446
52.5233-0.8747-0.97351.75420.42292.05970.02120.0298-0.05830.0685-0.0668-0.00440.0063-0.03850.03040.0946-0.0313-0.00570.0494-0.0070.0719-5.7623-6.6965-22.4969
63.9102-0.2103-4.46581.15680.12855.33820.28560.35670.69990.05430.01820.0481-0.3769-0.4216-0.30690.17080.02830.00570.13340.00940.1853-13.12156.4295-24.0357
75.81150.3187-4.27180.5277-0.4273.50320.1665-0.22040.21070.0994-0.0406-0.0005-0.1802-0.0359-0.17830.1753-0.0076-0.01410.1584-0.03820.1142-12.35571.3754-13.4025
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 40 through 75 )A40 - 75
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 76 through 170 )A76 - 170
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 171 through 200 )A171 - 200
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 41 through 75 )B41 - 75
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 76 through 120 )B76 - 120
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 121 through 145 )B121 - 145
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 146 through 202 )B146 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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