+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7uj2 | ||||||
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Title | OspC Type B | ||||||
Components | Outer surface protein C | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Outer Surface Protein C Type K | ||||||
Function / homology | Lipoprotein, OspC-type / Outer surface protein C-like superfamily / Lipoprotein / cell outer membrane / Outer surface protein C Function and homology information | ||||||
Biological species | Borreliella burgdorferi (Lyme disease spirochete) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.503 Å | ||||||
Authors | Rudolph, M.J. / Mantis, N. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Mbio / Year: 2023 Title: Structural Elucidation of a Protective B Cell Epitope on Outer Surface Protein C (OspC) of the Lyme Disease Spirochete, Borreliella burgdorferi. Authors: Rudolph, M.J. / Davis, S.A. / Haque, H.M.E. / Weis, D.D. / Vance, D.J. / Piazza, C.L. / Ejemel, M. / Cavacini, L. / Wang, Y. / Mbow, M.L. / Gilmore, R.D. / Mantis, N.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7uj2.cif.gz | 192.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7uj2.ent.gz | 154.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7uj2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/7uj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/7uj2 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7uijC 7uj6C 1ggqS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17399.859 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Type K Source: (gene. exp.) Borreliella burgdorferi (Lyme disease spirochete) Strain: 297 / Gene: ospC / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q44977 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.82 Å3/Da / Density % sol: 32.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.2 Details: 100 mM sodium phosphate citrate pH 4.2, 41.9% PEG 600 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 30, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→50 Å / Num. obs: 38181 / % possible obs: 95.8 % / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.065 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 197208 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1GGQ Resolution: 1.503→36.797 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2.09 / Phase error: 15.91 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 172.97 Å2 / Biso mean: 31.5527 Å2 / Biso min: 8.03 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.503→36.797 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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