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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ui5 | |||||||||
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タイトル | Evolution avoids a pathological stabilizing interaction in the immune protein S100A9 | |||||||||
要素 | Protein S100-A9 | |||||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / S100A9 (S100A9) / calcium binding (カルシウム) / S100 / signaling | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 S100A9 complex / regulation of integrin biosynthetic process / sequestering of zinc ion / calprotectin complex / neutrophil aggregation / regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / modulation of process of another organism / 自己分泌 / Toll-like receptor 4 binding / chronic inflammatory response ...S100A9 complex / regulation of integrin biosynthetic process / sequestering of zinc ion / calprotectin complex / neutrophil aggregation / regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / modulation of process of another organism / 自己分泌 / Toll-like receptor 4 binding / chronic inflammatory response / peptidyl-cysteine S-trans-nitrosylation / Metal sequestration by antimicrobial proteins / leukocyte migration involved in inflammatory response / Regulation of TLR by endogenous ligand / RAGE receptor binding / astrocyte development / MyD88 deficiency (TLR2/4) / arachidonic acid binding / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of cytoskeleton organization / antioxidant activity / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / endothelial cell migration / defense response to fungus / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / 好中球 / オートファジー / positive regulation of neuron projection development / positive regulation of inflammatory response / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / calcium-dependent protein binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ER-Phagosome pathway / positive regulation of cell growth / microtubule binding / secretory granule lumen / collagen-containing extracellular matrix / response to lipopolysaccharide / 細胞骨格 / defense response to bacterium / 炎症 / 自然免疫系 / apoptotic process / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | |||||||||
データ登録者 | Reardon, P.N. / Harman, J.L. / Costello, S.M. / Warren, G.D. / Phillips, S.R. / Connor, P.J. / Marqusee, S. / Harms, M.J. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022 タイトル: Evolution avoids a pathological stabilizing interaction in the immune protein S100A9. 著者: Harman, J.L. / Reardon, P.N. / Costello, S.M. / Warren, G.D. / Phillips, S.R. / Connor, P.J. / Marqusee, S. / Harms, M.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ui5.cif.gz | 716 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ui5.ent.gz | 603.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ui5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/7ui5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/7ui5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13263.934 Da / 分子数: 2 / 変異: C3S/M63F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100A9, CAGB, CFAG, MRP14 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06702 #2: 化合物 | ChemComp-CA / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 25 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 10 mM calcium chloride, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] S100A9-M63F, 90% H2O/10% D2O Label: 15N_13C_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 110 mM / Label: 15N_13C_sample / pH: 7.4 / 圧: 1.01 bar / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |