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- PDB-7u8f: Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2) an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u8f
タイトルTernary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2) and the molecular glue DKY709
要素
  • DNA damage-binding protein 1
  • IKZF2
  • Protein cereblon
キーワードLIGASE (リガーゼ) / molecular glue / targeted protein degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / WD40-repeat domain binding / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex ...negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / WD40-repeat domain binding / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / locomotory exploration behavior / cullin family protein binding / viral release from host cell / positive regulation of Wnt signaling pathway / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of gluconeogenesis / proteasomal protein catabolic process / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / positive regulation of protein-containing complex assembly / regulation of circadian rhythm / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Wntシグナル経路 / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / protein-macromolecule adaptor activity / site of double-strand break / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / Potential therapeutics for SARS / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / DNA修復 / apoptotic process / DNA damage response / protein-containing complex binding / 核小体 / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon protease, N-terminal domain superfamily / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal ...Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon protease, N-terminal domain superfamily / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / CPSF A subunit region / PUA-like superfamily / Zinc finger, C2H2 type / ジンクフィンガー / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LWK / DNA damage-binding protein 1 / Uncharacterized protein ZNFN1A2 / Protein cereblon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Ma, X. / Ornelas, E. / Clifton, M.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Discovery and characterization of a selective IKZF2 glue degrader for cancer immunotherapy.
著者: Bonazzi, S. / d'Hennezel, E. / Beckwith, R.E.J. / Xu, L. / Fazal, A. / Magracheva, A. / Ramesh, R. / Cernijenko, A. / Antonakos, B. / Bhang, H.C. / Caro, R.G. / Cobb, J.S. / Ornelas, E. / Ma, ...著者: Bonazzi, S. / d'Hennezel, E. / Beckwith, R.E.J. / Xu, L. / Fazal, A. / Magracheva, A. / Ramesh, R. / Cernijenko, A. / Antonakos, B. / Bhang, H.C. / Caro, R.G. / Cobb, J.S. / Ornelas, E. / Ma, X. / Wartchow, C.A. / Clifton, M.C. / Forseth, R.R. / Fortnam, B.H. / Lu, H. / Csibi, A. / Tullai, J. / Carbonneau, S. / Thomsen, N.M. / Larrow, J. / Chie-Leon, B. / Hainzl, D. / Gu, Y. / Lu, D. / Meyer, M.J. / Alexander, D. / Kinyamu-Akunda, J. / Sabatos-Peyton, C.A. / Dales, N.A. / Zecri, F.J. / Jain, R.K. / Shulok, J. / Wang, Y.K. / Briner, K. / Porter, J.A. / Tallarico, J.A. / Engelman, J.A. / Dranoff, G. / Bradner, J.E. / Visser, M. / Solomon, J.M.
履歴
登録2022年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein cereblon
B: DNA damage-binding protein 1
C: IKZF2
D: Protein cereblon
E: DNA damage-binding protein 1
F: IKZF2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)288,16221
ポリマ－286,0586
非ポリマー2,10315
水34219
1
A: Protein cereblon
B: DNA damage-binding protein 1
C: IKZF2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,96210
ポリマ－143,0293
非ポリマー9337
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Protein cereblon
E: DNA damage-binding protein 1
F: IKZF2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,20011
ポリマ－143,0293
非ポリマー1,1718
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)180.892, 180.892, 555.884
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1304-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 69 or (resid 70 and (name...
21chain D
12(chain B and (resid 1 through 772 or (resid 773...
22(chain E and (resid 1 through 773 or (resid 774...
13chain C
23chain F
14chain L
24chain M

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 69 or (resid 70 and (name...A69
121(chain A and (resid 69 or (resid 70 and (name...A70
131(chain A and (resid 69 or (resid 70 and (name...A69 - 442
141(chain A and (resid 69 or (resid 70 and (name...A69 - 442
151(chain A and (resid 69 or (resid 70 and (name...A69 - 442
161(chain A and (resid 69 or (resid 70 and (name...A69 - 442
211chain DD69 - 442
112(chain B and (resid 1 through 772 or (resid 773...B1 - 772
122(chain B and (resid 1 through 772 or (resid 773...B773 - 776
132(chain B and (resid 1 through 772 or (resid 773...B1 - 1140
142(chain B and (resid 1 through 772 or (resid 773...B1 - 1140
152(chain B and (resid 1 through 772 or (resid 773...B1 - 1140
162(chain B and (resid 1 through 772 or (resid 773...B1 - 1140
212(chain E and (resid 1 through 773 or (resid 774...E1 - 773
222(chain E and (resid 1 through 773 or (resid 774...E774 - 776
232(chain E and (resid 1 through 773 or (resid 774...E1 - 1140
242(chain E and (resid 1 through 773 or (resid 774...E1 - 1140
252(chain E and (resid 1 through 773 or (resid 774...E1 - 1140
262(chain E and (resid 1 through 773 or (resid 774...E1 - 1140
113chain CC136 - 201
213chain FF136 - 201
114chain LL1
214chain MM1

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 Protein cereblon


分子量: 46465.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN, AD-006
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96SW2
#2: タンパク質 DNA damage-binding protein 1 / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / ...DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / HBV X-associated protein 1 / XAP-1 / UV-damaged DNA-binding factor / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / XPE-binding factor / XPE-BF / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe


分子量: 93347.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q16531

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド IKZF2


分子量: 3216.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZNFN1A2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53SU9

-
非ポリマー , 5種, 34分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-LWK / (3S)-3-[5-(1-benzylpiperidin-4-yl)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione


分子量: 417.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H27N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6 M potassium/sodium phosphate, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→49.89 Å / Num. obs: 93823 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.4 % / Biso Wilson estimate: 88.32 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.247 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.255 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 1537361
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.15-3.216.42.8117465945490.3930.7082.91.3100
17.25-49.8913.40.04593266960.9990.0120.04641.295.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.7データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6H0F

6h0f


解像度: 3.15→49.89 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2433 4704 5.02 %
Rwork0.2127 88970 -
obs0.2142 93674 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 310.49 Å2 / Biso mean: 117.1793 Å2 / Biso min: 67.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.15→49.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19355 0 121 19 19495
Biso mean--123.87 90.92 -
残基数----2456
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2274X-RAY DIFFRACTION5.192TORSIONAL
12D2274X-RAY DIFFRACTION5.192TORSIONAL
21B5006X-RAY DIFFRACTION5.192TORSIONAL
22E5006X-RAY DIFFRACTION5.192TORSIONAL
31C166X-RAY DIFFRACTION5.192TORSIONAL
32F166X-RAY DIFFRACTION5.192TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.15-3.190.43351630.378429053068
3.19-3.220.36081510.35429143065
3.22-3.260.39981770.339228873064
3.26-3.30.33291670.334528973064
3.3-3.350.36381370.326229543091
3.35-3.390.33561670.301928763043
3.39-3.440.32081630.303229053068
3.44-3.490.31331600.287729213081
3.49-3.550.30481560.277129413097
3.55-3.610.31261410.264129203061
3.61-3.670.30821430.262229273070
3.67-3.730.26411610.25129063067
3.73-3.810.29581470.242929413088
3.81-3.880.27111540.233629493103
3.88-3.970.23731670.225629213088
3.97-4.060.25271470.210329393086
4.06-4.160.26071390.200629683107
4.16-4.270.23491470.186729413088
4.27-4.40.2491380.181529863124
4.4-4.540.18961670.162429453112
4.54-4.70.15471550.159929523107
4.7-4.890.20111380.160930133151
4.89-5.120.18441690.167129453114
5.12-5.380.23721490.188529993148
5.38-5.720.23691530.195730053158
5.72-6.160.2611860.202929853171
6.16-6.780.20751680.198830223190
6.78-7.760.18971770.186330473224
7.76-9.760.18771470.161631403287
9.77-49.890.23361700.215133193489
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.70610.5005-0.69462.0459-1.35282.15910.08-0.28150.04550.1218-0.0474-0.00740.0533-0.036101.1757-0.23970.04990.96370.04151.0685-35.8255-96.910677.5358
22.50541.84320.59822.1061-0.0281.6574-0.1240.53360.2041-0.22420.0181-0.0221-0.3411-0.246201.3285-0.2503-0.15090.9940.15931.2314-67.7358-96.167265.1671
31.2981-1.0127-0.70942.65880.40191.9299-0.0655-0.26130.06910.29580.2027-0.14070.13790.2218-00.9958-0.14570.09080.9162-0.09360.9334-10.8635-63.44181.951
43.44231.47811.71274.23290.64983.0091-0.01150.21430.5339-0.54490.02850.4078-0.3246-0.2061-0.00051.2594-0.13420.14520.90380.18360.7824-24.4233-61.786250.3806
53.31390.15490.96321.89110.09112.34880.0240.4028-0.5381-0.62140.17480.30520.7094-0.2087-0.00011.3714-0.24850.1650.9065-0.0140.8856-23.0705-86.20149.3102
60.6372-0.41380.91541.7084-0.35732.1444-0.24680.15170.30090.07650.2394-0.47340.4780.4219-0.00021.25450.06520.24390.9777-0.16691.18716.0132-87.405360.5358
70.22260.0401-0.04190.0653-0.03570.0357-0.21350.47260.2869-0.69360.19690.02020.1225-0.9263-0.00211.3841-0.4058-0.26791.59710.12491.1923-86.9464-108.675474.2105
80.09930.0185-0.12640.0052-0.01460.1187-0.17960.0244-0.1640.3790.50120.07260.1461-0.51490.00111.2746-0.2059-0.09530.9344-0.08650.9306-80.0674-104.717476.6767
90.0676-0.0481-0.02520.03860.03080.19920.53720.0254-0.5443-0.42330.0369-0.74230.14710.3558-0.00091.465-0.0801-0.09791.00570.09970.9139-74.2906-108.577980.5629
102.74320.5209-1.51720.86860.30742.392-0.1270.26070.036-0.15960.0717-0.01820.01880.1734-00.8757-0.02570.06941.16240.09181.014920.5201-21.38499.2197
112.88921.1021.14160.88790.48192.11140.0879-0.38250.15550.35970.01630.3675-0.379-0.3417-00.81210.01210.07261.48210.00011.177135.87211.483129.4595
121.2527-0.6642-0.10423.1802-0.64241.63230.05910.20280.0612-0.3724-0.02840.09240.1825-0.197-0.00010.8084-0.11540.00631.15980.07290.9256-20.8329-24.5583.2101
133.3450.4212-0.10292.10510.71722.0569-0.0298-0.52210.20570.5473-0.0428-0.24060.03730.1705-00.9914-0.04210.06811.09020.13650.8263-2.7926-26.928837.4826
142.9444-0.79-0.50991.46911.69613.1132-0.0758-0.062-0.81020.2819-0.14110.13161.020.2103-0.00041.3762-0.08650.21310.91610.14421.2098-7.1163-53.427319.6712
150.09790.0723-0.1150.1408-0.21830.2320.3217-0.3568-0.3904-0.0462-0.7781-0.2715-0.35670.7761-0.00130.8807-0.0201-0.14071.50160.00321.168351.767212.123121.5278
160.0361-0.0326-0.01540.0546-0.00650.0854-0.19230.3229-1.0743-0.3189-0.34990.2775-0.02770.0639-0.00290.8586-0.07590.11451.60690.16950.842949.78185.817414.5592
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 69 through 317 )A69 - 317
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 318 through 442 )A318 - 442
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 336 )B1 - 336
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 337 through 810 )B337 - 810
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 811 through 1061 )B811 - 1061
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1062 through 1140 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 136 through 140 )C136 - 140
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 141 through 151 )C141 - 151
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 152 through 163 )C152 - 163
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 69 through 317 )D69 - 317
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 318 through 442 )D318 - 442
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 1 through 336 )E1 - 336
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 337 through 991 )E337 - 991
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 992 through 1140 )E992 - 1140
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 136 through 151 )F136 - 151
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 152 through 163 )F152 - 163

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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