PDB-7u5f: Crystal structure of guanylate kinase from Pseudomonas aeruginosa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7u5f

タイトル

Crystal structure of guanylate kinase from Pseudomonas aeruginosa PAO1 in complex with GMP

要素

Guanylate kinase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / SSGCID /

Guanylate kinase /

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / GMP / ATP-binding / Nucleotide-binding / GMP kinase /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

guanylate kinase /

guanylate kinase activity /

リン酸化 /

ATP binding /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of guanylate kinase from Pseudomonas aeruginosa PAO1 in complex with GMP
著者: Abendroth, J. / DeBouver, N.D. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2022年3月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7u5f.cif.gz	401.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7u5f.ent.gz	271.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7u5f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/7u5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/7u5f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2an9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7u5f-2 7s5e-1 7s5e-3 5fvd-1 6wct-1 7s5e-4 5c5y-2 4hld-d 4qg7-d 7s5e-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Guanylate kinase

B: Guanylate kinase

C: Guanylate kinase

D: Guanylate kinase

ヘテロ分子

97.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Guanylate kinase

C: Guanylate kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
48.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Guanylate kinase

D: Guanylate kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	46.500, 122.900, 149.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 2 through 20 or (resid 21...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 2 through 20 or (resid 21...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 2 through 20 or (resid 21...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 2 through 41 or (resid 42...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	SER	ALA	A	1 - 114
d_1	2	ens_1	SER	ALA	A	116 - 163
d_1	3	ens_1	ALA	ALA	A	165 - 196
d_1	4	ens_1	5GP	5GP	B
d_2	1	ens_1	SER	ALA	C	1 - 114
d_2	2	ens_1	SER	LEU	C	116 - 131
d_2	3	ens_1	SER	ALA	C	133 - 164
d_2	4	ens_1	ALA	ALA	C	166 - 197
d_2	5	ens_1	5GP	5GP	D
d_3	1	ens_1	SER	ALA	E	1 - 114
d_3	2	ens_1	SER	LEU	E	116 - 131
d_3	3	ens_1	SER	ALA	E	134 - 165
d_3	4	ens_1	ALA	ALA	E	167 - 198
d_3	5	ens_1	5GP	5GP	F
d_4	1	ens_1	SER	ALA	G	1 - 114
d_4	2	ens_1	SER	LEU	G	116 - 131
d_4	3	ens_1	SER	ALA	G	134 - 165
d_4	4	ens_1	ALA	ALA	G	167 - 198
d_4	5	ens_1	5GP	5GP	H

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.998944088743, 0.0235279907391, 0.039460628703), (-0.0264226035922, -0.99686987655, -0.0745137252167), (0.0375839538269, -0.0754776978852, 0.996438941198)	-2.71156554799, 1.22064267808, 0.192345569903
2	given	(-0.649461331551, -0.758970476672, 0.0465166030498), (-0.747222039801, 0.625677851077, -0.224023324472), (0.140922681125, -0.180252717626, -0.97347303801)	-32.7829638348, -7.67094737134, 63.5844554965
3	given	(0.634679688783, 0.76297149026, -0.122703698791), (0.766301032294, -0.600867401652, 0.227466686654), (0.0998219442346, -0.238396456944, -0.966024176077)	33.7644981688, 6.95482409216, 62.8874328443

#1: タンパク質	Guanylate kinase / / GMP kinase 分子量: 24017.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: gmk, PA5336 / プラスミド: Psaea.01463.a.AE1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HTM2, guanylate kinase
#2: 化合物	ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP / グアニル酸分子量: 363.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.7 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Molecular Dimensions/Calibre Morpheus screen A4 (12.5% v/v PEG1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% v/v MPD, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 100 mM MES/imidazole, pH 6.5) + 20 ...詳細: Molecular Dimensions/Calibre Morpheus screen A4 (12.5% v/v PEG1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% v/v MPD, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 100 mM MES/imidazole, pH 6.5) + 20 mg/mL PsaeA.01463.a.AE1.PW38943, tray 320331 a4, direct cryoprotection, puck avk9-3, 2022-02-03_aps21idf

結晶

マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.7 %

結晶化

温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Molecular Dimensions/Calibre Morpheus screen A4 (12.5% v/v PEG1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% v/v MPD, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 100 mM MES/imidazole, pH 6.5) + 20 ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年2月3日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 58685 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 39.57 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_rim(I) all: 0.058 / Χ²: 0.902 / Net I/σ(I): 20.85

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2-2.05	6.151	0.672	2.98	4267	0.893	0.736	100
2.05-2.11	6.162	0.529	3.75	4195	0.942	0.579	99.9
2.11-2.17	6.147	0.389	5.05	4028	0.961	0.425	100
2.17-2.24	6.174	0.322	5.96	3974	0.978	0.352	100
2.24-2.31	6.167	0.264	7.12	3817	0.982	0.289	100
2.31-2.39	6.165	0.215	8.55	3679	0.988	0.235	99.9
2.39-2.48	6.153	0.17	10.58	3627	0.992	0.186	99.9
2.48-2.58	6.165	0.139	12.82	3471	0.994	0.152	100
2.58-2.7	6.142	0.112	15.46	3286	0.995	0.123	100
2.7-2.83	6.142	0.088	19.1	3161	0.997	0.097	100
2.83-2.98	6.117	0.066	24.28	3042	0.998	0.072	100
2.98-3.16	6.102	0.05	30.55	2879	0.999	0.055	100
3.16-3.38	6.101	0.041	36.41	2709	0.999	0.045	99.9
3.38-3.65	6.059	0.033	42.23	2534	0.999	0.037	100
3.65-4	6.045	0.029	48.65	2333	0.999	0.032	99.9
4-4.47	6.014	0.026	53.38	2133	0.999	0.028	100
4.47-5.16	5.972	0.024	55.23	1914	1	0.026	99.9
5.16-6.32	5.88	0.026	52.62	1600	0.999	0.029	99.9
6.32-8.94	5.745	0.023	54.98	1296	1	0.026	99.9
8.94-50	5.12	0.022	57.02	740	0.999	0.024	96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.20.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2AN9 as per Morda

2an9

解像度: 2→47.41 Å / SU ML: 0.2324 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.9069
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2273	2026	3.45 %	0
R_work	0.1856	56642	-	-
obs	0.1871	58668	99.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6089	0	97	430	6616

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0067	6324
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8101	8597
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0545	972
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	1177
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9497	2319

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.753059056778
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.43351335308
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.10858504563

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.05	0.3392	146	0.2631	3962	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.05-2.11	0.2773	148	0.2326	3998	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.11-2.17	0.2264	160	0.2087	3955	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.24	0.2549	150	0.2054	4006	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.24-2.32	0.3019	132	0.2073	4012	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.32-2.41	0.2523	148	0.2025	3991	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.41-2.52	0.2525	143	0.1987	4016	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.52-2.65	0.2157	132	0.1963	4026	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.65-2.82	0.2406	156	0.2077	4014	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.82-3.04	0.2147	133	0.1945	4044	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.04-3.34	0.2291	155	0.1852	4074	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.34-3.83	0.2309	138	0.1695	4096	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.83-4.82	0.1694	138	0.1501	4127	X-RAY DIFFRACTION	99.95
4.82-47.41	0.2336	147	0.1857	4321	X-RAY DIFFRACTION	99.36

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.37608901616	-0.856197170122	2.25377591974	8.21483970089	-0.293163603162	4.39136188757	0.0800019571397	0.0360760187266	-0.22568694468	-0.538456546211	0.0190821031845	0.0579644258771	0.388104953211	-0.055085361877	-0.0476599957094	0.32540116202	0.00031204334595	0.0422107345949	0.273130429628	0.0219966549888	0.179749568558	-9.0593978186	-21.0701640372	17.8331854659
2	3.91279338587	0.300850312106	-1.29258669826	2.2355735285	-0.427033186858	4.51371431064	0.0145233918275	0.486557473684	-0.0884352700559	-0.379301181791	0.0399154063305	0.0452398746162	0.0832508032789	-0.451331791836	-0.0413926939756	0.298881187273	-0.0075338359613	0.00481256770599	0.274977953327	0.0111554165999	0.247371135596	-11.4021689829	-14.0294534306	7.70956838911
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25	5.24290234521	1.1670739652	0.4620189052	4.74785994674	0.184769360159	3.34927349972	-0.0441066331326	-0.00961080384539	-0.303116482577	-0.709111656021	-0.0224359019007	-0.0363007836036	0.0842697401937	-0.106793053711	0.0249785352237	0.364238655994	0.0432009705138	0.0121019873934	0.22951573155	-0.0295588633322	0.204760457932	17.5910359519	13.3981694732	43.7295963084
26	6.09658297255	-0.211966844196	0.391263987916	6.86581915676	-0.684419814609	1.93881342334	0.0994616429753	-0.433738254385	0.784526199912	1.4549812762	-0.0754602544924	-0.184715103188	-0.784764327985	-0.25032719655	-0.0526914668019	0.60977035829	-0.0298375935971	-0.020803480236	0.391209759515	-0.0605038049077	0.668896949118	27.9406965242	28.7250050429	54.1720179106
27	5.3173647001	-0.0113657525472	-0.638568414473	5.59682690392	-1.27140322047	4.35061603476	0.0961084224368	-0.571954865578	0.379572054232	1.02155916326	-0.264080853963	-0.902113912783	-0.204724985481	0.661089508389	0.0752635142588	0.381610371314	0.0179718066789	-0.0859633359597	0.388457317104	0.0588490910562	0.537082982368	30.719065138	18.0877692232	52.0916530943
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29	5.03896220875	1.38815661497	-0.341557638619	6.34740058935	2.27892885155	6.91140985598	0.366504037887	-0.874143598974	-0.120045319188	0.928462157238	-0.60193013302	0.748534465917	0.982198371992	-1.0295710823	0.269243219001	0.401303090805	-0.0765666903947	0.127370954025	0.38934607611	-0.0283970528314	0.393315210821	-4.92682124114	5.77571625533	29.7716192249

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 32 )	A	A	2 - 32	1 - 31
2	2	chain 'A' and (resid 33 through 122 )	A	A	33 - 122	32 - 121
3	3	chain 'A' and (resid 123 through 139 )	A	A	123 - 139	122 - 132
4	4	chain 'A' and (resid 140 through 152 )	A	A	140 - 152	133 - 145
5	5	chain 'A' and (resid 153 through 204 )	A	A	153 - 204	146 - 197
6	6	chain 'B' and (resid 2 through 26 )	B	C	2 - 26	1 - 25
7	7	chain 'B' and (resid 27 through 46 )	B	C	27 - 46	26 - 45
8	8	chain 'B' and (resid 47 through 91 )	B	C	47 - 91	46 - 90
9	9	chain 'B' and (resid 92 through 111 )	B	C	92 - 111	91 - 110
10	10	chain 'B' and (resid 112 through 124 )	B	C	112 - 124	111 - 123
11	11	chain 'B' and (resid 125 through 139 )	B	C	125 - 139	124 - 133
12	12	chain 'B' and (resid 140 through 152 )	B	C	140 - 152	134 - 146
13	13	chain 'B' and (resid 153 through 185 )	B	C	153 - 185	147 - 179
14	14	chain 'B' and (resid 186 through 204 )	B	C	186 - 204	180 - 198
15	15	chain 'C' and (resid 2 through 26 )	C	E	2 - 26	1 - 25
16	16	chain 'C' and (resid 27 through 46 )	C	E	27 - 46	26 - 45
17	17	chain 'C' and (resid 47 through 101 )	C	E	47 - 101	46 - 100
18	18	chain 'C' and (resid 102 through 124 )	C	E	102 - 124	101 - 123
19	19	chain 'C' and (resid 125 through 139 )	C	E	125 - 139	124 - 134
20	20	chain 'C' and (resid 140 through 185 )	C	E	140 - 185	135 - 180
21	21	chain 'C' and (resid 186 through 203 )	C	E	186 - 203	181 - 198
22	22	chain 'D' and (resid 2 through 17 )	D	G	2 - 17	1 - 16
23	23	chain 'D' and (resid 18 through 32 )	D	G	18 - 32	17 - 31
24	24	chain 'D' and (resid 33 through 111 )	D	G	33 - 111	32 - 110
25	25	chain 'D' and (resid 112 through 124 )	D	G	112 - 124	111 - 123
26	26	chain 'D' and (resid 125 through 139 )	D	G	125 - 139	124 - 134
27	27	chain 'D' and (resid 140 through 159 )	D	G	140 - 159	135 - 154
28	28	chain 'D' and (resid 160 through 185 )	D	G	160 - 185	155 - 180
29	29	chain 'D' and (resid 186 through 204 )	D	G	186 - 204	181 - 199

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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