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- PDB-7u0s: Crystal Structure of FK506-binding protein 1A from Aspergillus fu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u0s
タイトルCrystal Structure of FK506-binding protein 1A from Aspergillus fumigatus Bound to Ascomycin
要素FK506-binding protein 1A
キーワードANTIFUNGAL PROTEIN / SSGCID / PPIase (プロリルイソメラーゼ) / Rapamycin-binding protein / FKBP (FKBP) / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (プロリルイソメラーゼ) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Chem-KXX / FK506-binding protein 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Neosartorya fumigata (アスペルギルス・フミガーツス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者DeBouver, N.D. / Fox III, D. / Hoy, M.J. / Heitman, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Structure-Guided Synthesis of FK506 and FK520 Analogs with Increased Selectivity Exhibit In Vivo Therapeutic Efficacy against Cryptococcus.
著者: Hoy, M.J. / Park, E. / Lee, H. / Lim, W.Y. / Cole, D.C. / DeBouver, N.D. / Bobay, B.G. / Pierce, P.G. / Fox 3rd, D. / Ciofani, M. / Juvvadi, P.R. / Steinbach, W. / Hong, J. / Heitman, J.
履歴
登録2022年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FK506-binding protein 1A
B: FK506-binding protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,47512
ポリマ－33,5372
非ポリマー2,93810
水3,981221
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.810, 91.470, 35.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 FK506-binding protein 1A / FKBP / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase / Rapamycin-binding protein


分子量: 16768.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (アスペルギルス・フミガーツス)
株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: fpr1A, AFUA_6G12170 / プラスミド: AsfuA.18727.a.TM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4WLV6, プロリルイソメラーゼ

-
非ポリマー , 7種, 231分子

#2: 化合物 ChemComp-KXX / (3S,4R,5S,8R,9E,12S,14S,15R,16S,18R,19R,22R,26aS)-8-ethyl-5,19-dihydroxy-3-{(1E)-1-[(1R,3R,4R)-4-hydroxy-3-methoxycyclohexyl]prop-1-en-2-yl}-14,16-dimethoxy-4,10,12,18-tetramethyl-5,6,8,11,12,13,14,15,16,17,18,19,24,25,26,26a-hexadecahydro-3H-15,19-epoxypyrido[2,1-c][1,4]oxazacyclotricosine-1,7,20,21(4H,23H)-tetrone / アスコマイシン / Ascomycin


分子量: 792.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H69NO12 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 免疫抑制剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.47 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: [Barcode: 321029a1] [pin_id: kzq0-6] [collection: aps21idf 9/16/2021] [crystallization conditions: JCSG+ A1 - 0.2M lithium sulfate, pH 4.5, 50% (v/v) PEG 400] [cryo: direct]

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年9月16日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40.75 Å / Num. obs: 32881 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.846 % / Biso Wilson estimate: 19.13 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 0.911 / Net I/σ(I): 13.78 / Num. measured all: 159338 / Scaling rejects: 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.744.9150.532.911535236523470.8820.59399.2
1.74-1.794.8790.4233.6111476237623520.9210.47499
1.79-1.844.9130.3374.4711050226722490.9510.37799.2
1.84-1.94.8650.255.7910785223022170.9730.2899.4
1.9-1.964.8930.2027.210480215721420.9810.22699.3
1.96-2.034.8740.1559.049997205920510.9870.17499.6
2.03-2.114.8670.13210.289860203820260.990.14899.4
2.11-2.194.8780.1111.979419194019310.9930.12399.5
2.19-2.294.8680.09813.289059186518610.9930.1199.8
2.29-2.44.8780.08714.938713179217860.9940.09899.7
2.4-2.534.880.07916.128310170717030.9950.08999.8
2.53-2.694.8610.06918.377817161416080.9950.07799.6
2.69-2.874.8520.06220.447361152115170.9960.06999.7
2.87-3.14.8320.05323.36881142714240.9970.05999.8
3.1-3.44.8190.04726.556400133113280.9970.05399.8
3.4-3.84.7870.04528.695725119811960.9970.05199.8
3.8-4.394.7520.04230.255127108010790.9970.04799.9
4.39-5.384.6670.04231.242709219150.9960.04799.3
5.38-7.64.5830.04329.5133237337250.9970.04998.9
7.6-40.754.1270.04429.3217504414240.9960.05196.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.20-4438精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HWC

5hwc


解像度: 1.7→40.75 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1921 1988 6.05 %
Rwork0.1683 30884 -
obs0.1697 32872 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 66.93 Å2 / Biso mean: 25.707 Å2 / Biso min: 12.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→40.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1796 0 194 227 2217
Biso mean--29.03 39.69 -
残基数----238
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.740.28491440.23642124226899
1.74-1.790.21931390.22342183232299
1.79-1.840.22821300.21042155228599
1.84-1.90.23971480.19292179232799
1.9-1.970.19041390.17392174231399
1.97-2.050.21371370.15762177231499
2.05-2.140.18091430.1612185232899
2.14-2.250.18871460.16421972343100
2.25-2.40.2031400.16121922332100
2.4-2.580.19151370.160322142351100
2.58-2.840.17631420.169822242366100
2.84-3.250.2251420.174422492391100
3.25-4.10.17861470.14922642411100
4.1-40.750.16411540.1662367252199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.70165.6289-5.965.5673-6.04359.33060.1893-0.4407-0.26120.8208-0.23110.56060.3802-0.44330.06330.2717-0.03990.12890.2114-0.00910.39376.33116.344823.51
22.4276-1.46913.96329.1093-0.97926.8341-0.0254-0.02080.28560.35050.0406-0.431-0.13180.2464-0.05940.1747-0.02620.04410.2092-0.01590.224618.825717.144719.3433
35.44840.4025-2.68542.1253-0.41032.81170.05040.18130.1073-0.1136-0.03840.12840.0396-0.0129-0.00820.14780.0057-0.040.1107-0.00220.113215.17987.94811.5868
45.70130.98311.2625.0059-1.95828.15490.15170.3997-0.4417-0.39110.07470.06380.6131-0.2686-0.20190.1520.04120.00640.1351-0.05590.196116.57340.549510.1234
59.0138-1.7162-2.98132.16460.31461.28750.0628-0.02750.0081-0.0055-0.0057-0.0431-0.01450.064-0.03680.1409-0.0145-0.01130.1334-0.02940.110123.72849.144414.2341
67.59925.6898-2.63387.709-3.24592.9869-0.22690.5540.1686-0.40760.36480.64570.266-0.3004-0.13770.1560.0051-0.0230.1434-0.01470.148710.11135.845212.5765
72.1373.0288-0.58524.3855-1.49854.1515-0.10960.4936-0.7273-0.1890.0627-0.30520.47640.00960.01050.2842-0.00960.05010.1825-0.04870.193237.0665-25.31738.9168
87.0717-4.3448-1.63127.29532.34414.82530.0106-0.48450.02010.87440.0716-0.39760.36540.1161-0.07790.2968-0.026-0.06270.2220.02630.180445.3836-18.400121.9913
96.30772.58424.69893.527-0.0166.6608-0.09950.341-0.1443-0.29620.266-0.2053-0.29990.3926-0.16010.1283-0.01980.0440.1356-0.01530.135941.1598-11.61547.7554
102.41111.59192.26523.06131.12332.3723-0.40810.7659-0.1282-0.67750.4166-0.2710.02640.1793-0.03670.2795-0.05050.0790.2695-0.03750.16139.2733-10.4916-0.3885
115.98536.335-6.11816.9967-6.60456.31930.0855-0.21130.44670.19940.00290.0131-0.18950.1637-0.13080.1729-0.0038-0.00720.22060.00110.196943.4613-4.833612.3354
127.4431-1.2552-1.63112.009-3.21567.1401-0.0745-0.77110.6440.5944-0.08320.1934-0.4966-0.55280.07250.23180.00020.03750.1757-0.06010.132732.7512-9.913818.1765
137.8931-3.43252.28143.65521.54324.2773-0.013-0.0588-0.03190.1780.0798-0.1710.08330.0823-0.03790.1724-0.03450.02010.09530.02530.150639.6878-18.73913.6576
148.88770.13580.93857.0634-5.42379.504-0.1342-0.08260.2832-0.1110.02650.1818-0.1913-0.37110.10130.1196-0.0072-0.02450.1324-0.04680.121425.2152-13.06056.0844
154.75181.10515.98141.58111.25957.55160.01530.2775-0.26-0.10540.0834-0.11550.12630.2499-0.06370.1746-0.02610.02580.1462-0.00280.113736.757-14.92516.7045
165.7048-1.0634-4.27652.7492-0.35523.77890.1055-1.01760.82730.8235-0.3324-0.3299-0.19390.7080.30290.3227-0.0231-0.01980.3514-0.04440.316950.963-10.042921.6858
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 20 )A15 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 38 )A21 - 38
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 39 through 68 )A39 - 68
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 69 through 86 )A69 - 86
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 87 through 126 )A87 - 126
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 127 through 141 )A127 - 141
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 28 through 38 )B28 - 38
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 39 through 50 )B39 - 50
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 51 through 60 )B51 - 60
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 61 through 72 )B61 - 72
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 73 through 79 )B73 - 79
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 80 through 86 )B80 - 86
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 87 through 106 )B87 - 106
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 107 through 120 )B107 - 120
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 121 through 136 )B121 - 136
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 137 through 141 )B137 - 141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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