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- PDB-7u0n: Crystal structure of chimeric omicron RBD (strain BA.1) complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u0n
タイトルCrystal structure of chimeric omicron RBD (strain BA.1) complexed with human ACE2
要素
  • Angiotensin-converting enzyme 2アンジオテンシン変換酵素2
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / coronavirus (オルトコロナウイルス亜科)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amino acid transport / アンジオテンシン変換酵素2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction ...positive regulation of amino acid transport / アンジオテンシン変換酵素2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / angiotensin maturation / maternal process involved in female pregnancy / metallocarboxypeptidase activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Attachment and Entry / carboxypeptidase activity / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / ウイルスのライフサイクル / blood vessel diameter maintenance / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / 繊毛 / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endocytic vesicle membrane / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Induction of Cell-Cell Fusion / Potential therapeutics for SARS / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / apical plasma membrane / 小胞体 / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / アンジオテンシン変換酵素 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
アンジオテンシン変換酵素2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Geng, Q. / Shi, K. / Ye, G. / Zhang, W. / Aihara, H. / Li, F.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01AI089728 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01AI089728 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2022
タイトル: Structural Basis for Human Receptor Recognition by SARS-CoV-2 Omicron Variant BA.1.
著者: Geng, Q. / Shi, K. / Ye, G. / Zhang, W. / Aihara, H. / Li, F.
履歴
登録2022年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme 2
B: Angiotensin-converting enzyme 2
E: Spike protein S1
F: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,72029
ポリマ－187,0754
非ポリマー5,64525
水23413
1
A: Angiotensin-converting enzyme 2
E: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,95312
ポリマ－93,5372
非ポリマー2,41510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Angiotensin-converting enzyme 2
F: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,76717
ポリマ－93,5372
非ポリマー3,23015
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.130, 120.179, 113.325
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.440, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain "A" and (resid 19 through 30 or resid 32...
21(chain "B" and (resid 19 through 30 or resid 32...
12(chain "E" and (resid 334 through 516 or resid 523 through 526))
22(chain "F" and resid 334 through 526)

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.956502505759, 0.246182212283, 0.156516052951), (0.169836331876, 0.0337021504823, 0.984895824658), (0.237188905413, 0.96863743651, -0.074046875293)12.0868714918, -22.8753048394, 1.35593064008
2given(-0.979682378294, 0.191489284228, 0.0596178805987), (0.068835003894, 0.0418420552643, 0.996750211763), (0.188372449949, 0.980602415068, -0.0541730898395)17.3574036821, -22.3185896915, 1.02086634688

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABEF

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme 2 / アンジオテンシン変換酵素2 / ACE-related carboxypeptidase / Angiotensin-converting enzyme homolog / ACEH / Metalloprotease MPROT15


分子量: 69153.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BYF1, アンジオテンシン変換酵素2
#2: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 24383.633 Da / 分子数: 2 / Fragment: receptor binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
株: OmicronΟ
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

-
糖 , 3種, 14分子

#3: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 24分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.31 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→113 Å / Num. obs: 61585 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 87.71 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.61→2.68 Å / Num. unique obs: 110 / CC1/2: 0.689

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 2AJF

2ajf


解像度: 2.61→30.11 Å / SU ML: 0.2981 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.5048
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 1734 4.76 %
Rwork0.1884 34727 -
obs0.1906 36461 54.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 93.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→30.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12740 0 355 13 13108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001913453
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.557218272
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06411987
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00332325
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4514907
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
12AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.96101698646
22BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.683059416847
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.61-2.680.903540.5749106X-RAY DIFFRACTION1.99
2.68-2.770.4743170.4255407X-RAY DIFFRACTION7.76
2.77-2.870.431420.3574714X-RAY DIFFRACTION13.79
2.87-2.980.3685720.32891127X-RAY DIFFRACTION21.71
2.98-3.120.3755980.32691657X-RAY DIFFRACTION31.94
3.12-3.280.31381200.30612449X-RAY DIFFRACTION46.68
3.28-3.490.30142230.27293729X-RAY DIFFRACTION71.59
3.49-3.760.29232500.22614699X-RAY DIFFRACTION89.33
3.76-4.130.21362070.18644682X-RAY DIFFRACTION87.81
4.13-4.730.19322210.15154989X-RAY DIFFRACTION94.38
4.73-5.950.21792300.17275055X-RAY DIFFRACTION94.8
5.95-30.110.21582500.16925113X-RAY DIFFRACTION95.11
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.402241116591.63894129775-2.411589431792.09173454467-1.402242016762.39474632021-0.397197506980.148738004629-0.788339082593-0.153441187494-0.0182766287564-0.5645158729460.721115269153-0.1403394191020.3912984288640.6629423282230.0280922047296-0.04637698494220.4313430306750.06224032481640.61484339078430.7146624454-10.642205803151.8195962921
23.750534694871.52634350857-1.461463847243.4562963301-1.394716750483.353263977530.0872225196167-0.08300142164710.4968217126360.6601586731740.0596370440839-0.12231107819-0.1202873902550.216007978924-0.1327719473440.4644845781940.115997165929-0.02742321630610.4174930571890.1542211341660.71048137914143.601963867914.015926461842.2960731579
32.34032939869-0.0668720573472-1.453755264462.20084787248-1.608989235394.327958416970.8212805561990.08154027226010.9274038655651.07868212342-0.833817673259-0.710274789105-1.20456763320.212554384132-0.05139333309160.976349855647-0.263339266198-0.1605489535470.7664706040650.3389335160911.0014462049219.675572910210.694191749858.3259656925
44.043867250831.50556221179-1.807051250762.565314129490.2867391573012.54301910117-0.6002578469051.86069570286-0.000197256057468-0.4925904854770.554598243827-0.1491843025830.659643204238-0.944260930161-0.05691685990880.3825421314250.197465080997-0.01753771290610.5527683000390.4349837541320.48387919809731.01267257692.8466320727238.8262549766
52.825170634380.130935707225-0.4967983501532.5897748397-0.6344198607263.00923055938-0.1131148677181.790602206840.102464693384-0.9217178541760.3478082125730.484751875150.25543272988-0.880228083458-0.2490398572660.844908073728-0.216867574898-0.01861487733791.467206874130.1717839959660.656267449974-2.6530427726339.1860055772-15.8737741127
62.761208765181.690233460251.466938141073.47432871489-2.32246536265.05471785066-0.1766579438031.036167427631.11679355096-0.1126185290120.5709527396741.01871909309-1.10667393671-1.10562050476-0.2045806566890.6386051889830.15785688351-0.001773709010751.217386666940.4912850533551.03098537776-25.575571618338.02875281215.48137046305
73.92832859410.672617264698-0.6500647584772.00193592017-1.661849709952.49523671024-0.505851613660.637371692973-0.565177165019-0.4279990299460.5106948941470.1608793998930.297733281284-0.4131525192810.05246738681730.468890748715-0.06068298391740.04801158633470.374237592937-0.03935001709620.549525587966-14.297192398321.021533854510.1417479822
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 19 through 251 )AA19 - 2511 - 233
22chain 'A' and (resid 252 through 293 )AA252 - 293234 - 275
33chain 'A' and (resid 294 through 431 )AA294 - 431276 - 413
44chain 'A' and (resid 432 through 614 )AA432 - 614414 - 596
55chain 'B' and (resid 19 through 129 )BH19 - 1291 - 111
66chain 'B' and (resid 130 through 194 )BH130 - 194112 - 176
77chain 'B' and (resid 195 through 293 )BH195 - 293177 - 275
88chain 'B' and (resid 294 through 431 )BH294 - 431276 - 413
99chain 'B' and (resid 432 through 614 )BH432 - 614414 - 596
1010chain 'E' and (resid 334 through 353 )ET334 - 3531 - 20
1111chain 'E' and (resid 354 through 375 )ET354 - 37521 - 42
1212chain 'E' and (resid 376 through 390 )ET376 - 39043 - 57
1313chain 'E' and (resid 391 through 403 )ET391 - 40358 - 70
1414chain 'E' and (resid 404 through 459 )ET404 - 45971 - 126
1515chain 'E' and (resid 460 through 526 )ET460 - 526127 - 188
1616chain 'F' and (resid 333 through 353 )FV333 - 3531 - 21
1717chain 'F' and (resid 354 through 363 )FV354 - 36322 - 31
1818chain 'F' and (resid 364 through 380 )FV364 - 38032 - 48
1919chain 'F' and (resid 381 through 394 )FV381 - 39449 - 62
2020chain 'F' and (resid 395 through 421 )FV395 - 42163 - 89
2121chain 'F' and (resid 422 through 459 )FV422 - 45990 - 127
2222chain 'F' and (resid 460 through 479 )FV460 - 479128 - 147
2323chain 'F' and (resid 480 through 506 )FV480 - 506148 - 174
2424chain 'F' and (resid 507 through 528 )FV507 - 528175 - 190

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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