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Yorodumi- PDB-7u0n: Crystal structure of chimeric omicron RBD (strain BA.1) complexed... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7u0n | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of chimeric omicron RBD (strain BA.1) complexed with human ACE2 | ||||||||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / coronavirus | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Metallocarboxypeptidases / angiotensin-mediated drinking behavior / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Metallocarboxypeptidases / angiotensin-mediated drinking behavior / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / angiotensin maturation / maternal process involved in female pregnancy / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / Attachment and Entry / carboxypeptidase activity / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / viral life cycle / blood vessel diameter maintenance / regulation of transmembrane transporter activity / brush border membrane / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / cilium / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endocytic vesicle membrane / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Induction of Cell-Cell Fusion / Potential therapeutics for SARS / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / membrane raft / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / membrane / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.61 Å | ||||||||||||
Authors | Geng, Q. / Shi, K. / Ye, G. / Zhang, W. / Aihara, H. / Li, F. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: J.Virol. / Year: 2022 Title: Structural Basis for Human Receptor Recognition by SARS-CoV-2 Omicron Variant BA.1. Authors: Geng, Q. / Shi, K. / Ye, G. / Zhang, W. / Aihara, H. / Li, F. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7u0n.cif.gz | 761.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7u0n.ent.gz | 558.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7u0n.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u0n | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2ajfS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS ensembles :
NCS oper:
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABEF
#1: Protein | Mass: 69153.664 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ACE2, UNQ868/PRO1885 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) References: UniProt: Q9BYF1, angiotensin-converting enzyme 2 #2: Protein | Mass: 24383.633 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: receptor binding domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Strain: Omicron / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) |
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-Sugars , 3 types, 14 molecules
#3: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 5 types, 24 molecules
#6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-CL / #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-MG / | #10: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.95 Å3/Da / Density % sol: 58.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG6000, 100 mM sodium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-1 / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 S 16M / Detector: PIXEL / Date: Jan 11, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.61→113 Å / Num. obs: 61585 / % possible obs: 92.6 % / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 87.71 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 9.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.61→2.68 Å / Num. unique obs: 110 / CC1/2: 0.689 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: PDB entry 2AJF Resolution: 2.61→30.11 Å / SU ML: 0.2981 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 33.5048 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 93.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.61→30.11 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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