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- PDB-7ty1: Crystal structure of apo eosinophil cationic protein (ribonucleas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ty1
タイトルCrystal structure of apo eosinophil cationic protein (ribonuclease 3) from Macaca fascicularis (MfECP)
要素Eosinophil cationic protein
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / MfECP / RNase 3 (リボヌクレアーゼ) / ribonuclease (リボヌクレアーゼ) / crab-eating macaque (カニクイザル) / long-tailed macaque / cynomolgus monkey / eosinophil cationic protein / ECP.
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA metabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / endonuclease activity / nucleic acid binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Eosinophil cationic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca fascicularis (カニクイザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tran, T.T.Q. / Pham, N.T.H. / Calmettes, C. / Doucet, N.
資金援助 米国, カナダ, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM105978 米国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN201605557 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN201706091 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)CREATE511956 カナダ
Fonds de Recherche du Quebec - Sante (FRQS)251848 カナダ
Fonds de Recherche du Quebec - Sante (FRQS)281993 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Ancestral sequence reconstruction dissects structural and functional differences among eosinophil ribonucleases.
著者: Tran, T.T.Q. / Narayanan, C. / Loes, A.N. / Click, T.H. / Pham, N.T.H. / Letourneau, M. / Harms, M.J. / Calmettes, C. / Agarwal, P.K. / Doucet, N.
履歴
登録2022年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eosinophil cationic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9718
ポリマ－15,9121
非ポリマー1,0597
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.330, 39.270, 76.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Eosinophil cationic protein / / ECP / Ribonuclease 3 / RNase 3


分子量: 15912.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Macaca fascicularis (カニクイザル)
遺伝子: RNASE3, RNS3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P47779, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 0.1M Citric acid pH 3.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.23985 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.23985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→38.02 Å / Num. obs: 10862 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.169 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.8-1.8612.80.783.610760.90.2270.814100
1.86-1.9412.30.6384.810410.9490.1880.666100
1.94-2.0312.60.536.710610.9740.1540.553100
2.03-2.1312.60.4069.210560.9870.1180.432100
2.13-2.2712.40.35910.910920.9880.1060.375100
2.27-2.4412.10.28113.210660.9920.0830.294100
2.44-2.6912.20.22116.310870.9920.0660.231100
2.69-3.0811.70.16220.310890.9950.0490.17100
3.08-3.88110.10225.511160.9970.0320.107100
3.88-38.0210.30.0729.14780.9980.0220.073100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å38.01 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QMT

1qmt


解像度: 1.8→38.01 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 23.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2498 1084 9.98 %
Rwork0.2067 9776 -
obs0.2109 10860 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.67 Å2 / Biso mean: 28.9247 Å2 / Biso min: 6.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→38.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1113 0 117 78 1308
Biso mean--46.26 31.79 -
残基数----134
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8-1.880.33681290.269911961325
1.88-1.980.27011350.219311951330
1.98-2.110.23431350.203211911326
2.11-2.270.26891300.206812141344
2.27-2.50.2641430.197811971340
2.5-2.860.27441280.208212261354
2.86-3.60.27061370.190612431380
3.6-38.010.20461470.208313141461
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01980.016-0.00660.02560.01250.01260.02080.1276-0.0242-0.0395-0.07060.0407-0.0666-0.0802-0.01940.04840.00750.01180.09-0.00890.059217.77423.5773-9.4006
20.04160.0382-0.00080.03560.01830.02690.11770.0083-0.0410.1041-0.07850.0047-0.25060.04190.00070.182-0.00320.00410.09870.01470.118419.00834.0245-21.5113
30.0812-0.0081-0.10710.06870.01060.0949-0.05950.1720.0127-0.0694-0.12250.13350.0331-0.202-0.04060.08170.03490.00640.165-0.03830.13377.83063.097-13.2835
40.01340.01810.03440.03730.05730.10960.03540.0537-0.06070.05030.076-0.04360.03780.04480.12870.2878-0.08770.18420.0176-0.21260.30193.8694-8.36-3.8889
50.00330.0003-0.00760.004-0.00210.00380.02890.0029-0.0061-0.0325-0.09320.05460.058-0.04280.00270.13520.04880.00010.2005-0.0590.1362-1.83612.7184-14.6524
60.01590.0148-0.00270.4907-0.12540.04270.04690.04340.0325-0.1204-0.0863-0.14570.0029-0.0354-0.04530.0908-0.00160.01350.1038-0.00140.05816.0372-1.8535-27.52
70.0402-0.04720.01710.3852-0.060.0284-0.11090.2149-0.12220.11120.04060.07690.1185-0.0578-0.11260.0912-0.03840.03120.1384-0.04660.12738.4681.9-4.694
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 0:17)A0 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 18:36)A18 - 36
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 37:55)A37 - 55
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 56:73)A56 - 73
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 74:81)A74 - 81
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 82:104)A82 - 104
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 105:133)A105 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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