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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7twm | ||||||
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タイトル | Structure of a borosin methyltransferase from Mycena rosella with peptide CspL(MroMCspL) in complex with SAH | ||||||
要素 | MroMCspL | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / RIPPs / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / borosin / MroMA | ||||||
機能・相同性 | S-アデノシル-L-ホモシステイン 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycena rosella (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å | ||||||
データ登録者 | Zheng, Y. / Ongpipattanakul, C. / Nair, S.K. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022 タイトル: Bioconjugate Platform for Iterative Backbone N -Methylation of Peptides. 著者: Zheng, Y. / Ongpipattanakul, C. / Nair, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7twm.cif.gz | 318.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7twm.ent.gz | 256.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7twm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/7twm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tw/7twm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7twkSC 7twlC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43996.301 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycena rosella (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 化合物 | ChemComp-SAH / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.33 % |
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結晶化 | 温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG 4000, and 100 mM sodium cacodylate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→82.7 Å / Num. obs: 145206 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 18.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 1.31 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1457 / % possible all: 94 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7TWK 解像度: 1.93→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 3.071 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 154.99 Å2 / Biso mean: 34.743 Å2 / Biso min: 15.53 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.93→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.932→1.982 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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