PDB-7tif: 2.85 Angstroem crystal structure of Arginyltransferase 1 (ATE1) f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tif

タイトル

2.85 Angstroem crystal structure of Arginyltransferase 1 (ATE1) from Saccharomyces cerevisiae

要素

Arginyl-tRNA--protein transferase 1

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / arginylation /

tRNA (転移RNA) /

GNAT

機能・相同性

機能・相同性情報

protein arginylation /

arginyltransferase / arginyl-tRNA--protein transferase activity /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Van, V. / Ejimogu, N.-E. / Smith, A.T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: The Structure of Saccharomyces cerevisiae Arginyltransferase 1 (ATE1).
著者: Van, V. / Ejimogu, N.E. / Bui, T.S. / Smith, A.T.

履歴

登録	2022年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2022年10月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tif.cif.gz	2.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tif.ent.gz	1.9 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tif.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/7tif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/7tif	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

B: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

C: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

D: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

E: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

F: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

G: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

H: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

I: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

J: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

K: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

L: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

ヘテロ分子

743 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
62.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.4 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.6 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.4 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

H: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

9

I: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.3 kDa, 1 ポリマー
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10

J: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
60.8 kDa, 1 ポリマー
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11

K: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

12

L: Arginyl-tRNA--protein transferase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	235.270, 235.270, 171.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃
Space group name Hall	P4cw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z+3/4 #3: y,-x,z+1/4 #4: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Arginyl-tRNA--protein transferase 1 / Arginyltransferase 1 / R-transferase 1 / Arginine-tRNA--protein transferase 1 分子量: 59954.367 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ATE1, YGL017W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16639, arginyltransferase
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 2.5 % isopropanol, 1 mM dithiotreitol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年10月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→68.23 Å / Num. obs: 216864 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 75.44 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 2.85→2.952 Å / Num. unique obs: 21570 / CC_1/2: 0.33

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.85→65.25 Å / SU ML: 0.4166 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.8599
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2571	10891	5.02 %
R_work	0.1998	205881	-
obs	0.2027	216772	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 88.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→65.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	44699	0	1261	64	46024

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0101	46816
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2327	63283
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0651	6603
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	7862
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.1335	17220

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.85-2.88	0.3642	353	0.3271	6838	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.88-2.92	0.3707	336	0.3293	6832	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.92-2.95	0.368	339	0.3032	6873	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.95-2.99	0.3406	313	0.2903	6914	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.99-3.03	0.3268	360	0.27	6827	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.07	0.3086	425	0.2628	6779	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.11	0.3297	342	0.2637	6852	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.16	0.3169	353	0.2447	6878	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.16-3.21	0.317	369	0.2393	6809	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.21-3.26	0.3073	329	0.242	6892	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.32	0.2959	395	0.2439	6801	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.38	0.3371	356	0.2468	6837	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.44	0.2762	367	0.2286	6821	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.51	0.2878	364	0.2152	6890	X-RAY DIFFRACTION	100
3.51-3.59	0.2633	337	0.2012	6891	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-3.67	0.2426	374	0.1923	6852	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.67-3.77	0.2637	395	0.199	6757	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-3.87	0.262	361	0.1926	6902	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-3.98	0.2657	324	0.1867	6923	X-RAY DIFFRACTION	100
3.98-4.11	0.2562	346	0.1847	6877	X-RAY DIFFRACTION	100
4.11-4.26	0.2355	380	0.179	6798	X-RAY DIFFRACTION	100
4.26-4.43	0.2214	400	0.1645	6850	X-RAY DIFFRACTION	100
4.43-4.63	0.206	403	0.1525	6838	X-RAY DIFFRACTION	100
4.63-4.87	0.2311	407	0.1644	6811	X-RAY DIFFRACTION	100
4.87-5.18	0.2315	328	0.1676	6933	X-RAY DIFFRACTION	100
5.18-5.58	0.2619	373	0.1989	6879	X-RAY DIFFRACTION	100
5.58-6.14	0.2498	359	0.1951	6895	X-RAY DIFFRACTION	100
6.14-7.03	0.2547	388	0.2007	6887	X-RAY DIFFRACTION	99.99
7.03-8.85	0.2336	371	0.1854	6937	X-RAY DIFFRACTION	100
8.85-65.25	0.2242	344	0.1927	7008	X-RAY DIFFRACTION	99.22

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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