PDB-7thw: Crystal Structure of the Soluble Domain of the Putative OmpA -Fam...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7thw

タイトル

Crystal Structure of the Soluble Domain of the Putative OmpA -Family Membrane Protein YPO0514 from Yersinia pestis

要素

Putative OmpA-family membrane protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / OmpA family protein /

Type VI secretion system /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Metal binding protein / UNKNOWN FUNCTION

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis CO92 (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Kim, Y. / Tesar, C. / Chhor, G. / Clancy, S. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Soluble Domain of the Putative OmpA -Family Membrane Protein YPO0514 from Yersinia pestis
著者: Kim, Y. / Tesar, C. / Chhor, G. / Clancy, S. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2022年1月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7thw.cif.gz	318.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7thw.ent.gz	226.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7thw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/7thw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/7thw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3icl-2 5y7d-d 1q9c-2 3uxm-4 4ffj-d 2m1w-d 2lue-d 4gxz-2 1kug-d 1b69-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP04712

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

その他のデータベース

TargetTrack: IDP04712

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative OmpA-family membrane protein

B: Putative OmpA-family membrane protein

C: Putative OmpA-family membrane protein

D: Putative OmpA-family membrane protein

ヘテロ分子

89.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative OmpA-family membrane protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative OmpA-family membrane protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Putative OmpA-family membrane protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Putative OmpA-family membrane protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.861, 123.099, 54.183
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 89.965, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Putative OmpA-family membrane protein 分子量: 22338.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 遺伝子: YPO0514 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A454Y5W9
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	Density meas: 1.79 Mg/m³ / 溶媒含有率: 31.11 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.3 M Magnesium Formate 0.1 M Tris:HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 29832 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 54.74 Å² / R_merge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / R_merge(I) obs: 0.776 / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 1116 / CC_1/2: 0.728 / % possible all: 72.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→49.59 Å / SU ML: 0.3798 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 36.013
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2688	1468	4.95 %
R_work	0.2263	28216	-
obs	0.2285	29684	93.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4979	0	9	33	5021

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0029	5102
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5454	6903
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	728
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051	892
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4279	1875

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.28	0.4026	114	0.3683	2181	X-RAY DIFFRACTION	72.4
2.28-2.37	0.4175	136	0.3455	2486	X-RAY DIFFRACTION	83.48
2.37-2.48	0.4186	126	0.3004	2756	X-RAY DIFFRACTION	90.57
2.48-2.61	0.3124	128	0.2728	2961	X-RAY DIFFRACTION	98.44
2.61-2.77	0.3005	184	0.2578	2966	X-RAY DIFFRACTION	99.12
2.77-2.99	0.2837	159	0.2567	2968	X-RAY DIFFRACTION	97.6
2.99-3.29	0.2957	138	0.2451	3010	X-RAY DIFFRACTION	99.49
3.29-3.76	0.2958	136	0.2218	2998	X-RAY DIFFRACTION	98.46
3.76-4.74	0.2138	164	0.1941	2963	X-RAY DIFFRACTION	97.63
4.74-49.59	0.2518	183	0.2059	2927	X-RAY DIFFRACTION	96.55

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.06256542539	2.21586540796	-0.57060565151	2.72665919498	-1.29972664638	4.2678125971	-0.390979357678	-1.57081488873	-1.82960427783	1.20031400217	0.795117801219	-0.750986001146	0.710563831007	-0.641725591825	-0.279684845984	0.899984077255	0.113678644743	-0.127061573752	0.703108411026	0.266870267177	1.07036109204	5.18528224918	-16.0922038723	-4.87239135205
2	2.1798687526	0.707252907957	2.21931490612	2.15968021544	3.62522967228	7.39645923769	-0.0377414978315	0.283453382393	0.559618971762	0.07409065128	0.318046536484	-0.67849855743	-0.595375119889	1.38484550362	-0.155967113057	0.603953683573	0.0845484014173	-0.143356088348	0.477257807892	0.114301364936	0.811259691464	11.4155315712	-7.04938112621	-2.61510654187
3	7.16038170463	1.33540046145	0.107647855887	5.38598979229	-1.02863736523	5.6977944627	0.451839036951	-1.41480959387	0.683441975035	1.62221984716	-0.264272193202	1.14514081459	0.976096368554	-0.389563045702	-0.188065943443	0.809427873436	-0.187935120119	0.125514659576	0.725436207631	-0.0318555834802	0.769129729109	5.69996940321	-0.434771680955	10.2323993026
4	5.28162808353	0.968626911899	-0.859143136882	4.24257412558	0.398851324547	7.9538575572	-0.0514259221149	-1.27283798683	0.855972565421	1.07137293233	0.801450716549	-0.796803200596	-0.0690081483141	2.04050456029	-0.0267880161619	0.750373955696	-0.0119300664503	-0.133465930429	0.618177276676	0.0707917149993	0.681251901297	15.3486057811	3.71479908818	3.57631833161
5	7.43954626346	-1.37282060884	-0.493565853982	5.73968778535	-0.0241144270068	5.74188695492	-0.370195816711	-0.0651686072938	0.170900922501	0.178992026199	0.401140858266	-0.506167764452	-0.0757630733734	0.504410861901	0.0735400579982	0.440317042208	-0.029118347741	-0.0613186068897	0.412724145161	0.056034940513	0.408335069884	9.86518055482	2.26741177094	-6.7011602961
6	9.20289643221	0.847346610895	0.398403815277	5.27106084192	0.321970233573	5.94443817124	0.454056222	-1.9116859695	2.24899234979	1.33657295177	0.067991560225	-0.49874672251	-0.11921294531	0.15511852546	0.174367519351	0.826411951576	-0.124741767018	-0.142300439797	0.64885290124	-0.00783630300514	0.752653573694	8.85683837282	12.4842499831	0.0925921155052
7	6.66119049385	-0.133730503818	1.20226283074	5.27783987807	0.889699706748	5.88670269128	-0.243529733072	0.533639948918	0.84129230811	-0.822040933247	0.152871507465	0.819523093628	-1.05995885688	-0.219752504594	0.2343416113	0.635428096255	-4.0394468777E-5	-0.138853358327	0.502908775871	0.0753520287218	0.470569278346	1.61843365628	4.94947967726	-13.4921043131
8	8.94369419911	-0.294884645913	-0.933330591098	6.02799054254	0.880922317507	8.2118528068	-0.767320042402	0.514402632847	-1.49059807214	-0.0651992097604	0.0980880375358	0.356801556314	1.34752343596	0.0659349243681	0.0313993916792	0.550286580415	-0.0115756683079	-0.00680374237417	0.51154013749	-0.0297998564467	0.775311128632	3.6770793853	-6.58860425692	-11.1643583488
9	9.54720780605	1.04917490578	1.25327602706	4.98778812018	0.50140238634	5.88233020213	-0.375231939646	-1.02009788528	0.577905721601	1.04806483022	-0.0847270881351	1.06663277904	-0.976217772808	-1.90181214991	0.26738635725	0.498232704687	0.0490812720504	-0.098896659849	0.658300347245	-0.126542503627	0.67236750617	-8.63759938923	5.61467876675	-5.01356473527
10	8.63704271102	-1.18940420297	-0.466014799226	6.06313764306	2.20471206162	5.03479718869	0.164969398795	1.56029642999	-1.42705469011	-0.0530299454084	-0.503411692966	0.831921374675	0.84627886065	-0.995064362808	0.136165012763	0.45772782233	0.00957403932954	-0.0847127157016	0.511977276551	-0.126032967164	0.578561714179	-7.55380106989	-6.30129825854	-10.5836165494
11	7.18445704259	0.131301191938	-2.70358456566	4.64184650228	0.921935783319	4.98599867191	-0.269073937582	0.730569508032	-2.09473816388	-0.681181690587	1.01982948888	-0.0134095215983	1.60886757063	-0.107965135144	0.00777116323648	1.34125114349	-0.723139480381	-0.182688383127	1.29780214182	0.339874156767	1.33078668453	-9.37021223886	-16.7157518918	-9.58428004136
12	4.1129360742	0.560508237298	0.200827055948	1.1007903382	-0.601468022599	6.58901552158	0.26645377904	1.33064667027	0.966880879513	-0.760155917154	0.0740445026141	0.60005587158	-0.0524497760163	-0.46233457228	-0.215774537706	0.963897722867	0.0880965879764	-0.277616898756	0.554159754145	0.140202558528	1.00453380134	23.2710721531	2.78678575583	12.4874483628
13	3.55537599667	-2.30510324148	-0.102202411653	7.47795498764	0.188024006111	9.07684555719	0.125804562735	0.124986064471	0.184842961133	-0.328090250395	-0.0391504866338	0.119904909432	-0.0502511971952	0.328465621968	-0.095647473647	0.47207386921	0.0405622527325	-0.0128853324338	0.431950630015	0.0434207795957	0.466207209616	31.7204264154	-0.311068102503	24.4737887092
14	7.25437671781	-4.07587487768	-1.62842780192	3.75418406045	-1.24759605492	4.27788386076	0.611944214371	1.19619910197	2.10189175624	-1.34474481701	-0.389655932455	-1.75487413122	0.32320011783	-0.281433858512	-0.154672366639	1.06067179415	-0.104036873429	-0.0354593652666	0.594098687014	0.137218360281	1.00709810059	5.20256422937	-13.7846045106	4.80930142469
15	4.57418679287	0.316915467635	-1.16949157333	5.14268426314	3.30851909341	2.9921305799	-0.519866626368	0.200422216695	-0.171762917747	-0.564853296348	0.00109682545017	-1.60401350299	0.145178631568	1.72660589222	1.14794224752	0.499035106206	-0.136783683016	-0.00544156925868	0.463897522022	0.009123289276	0.576468727637	11.4750887943	-22.8697306121	2.54761905059
16	6.48337353102	1.89443781677	4.03548137552	3.04188490501	-0.0909384773454	5.4258129423	-0.618073245788	2.95063925304	-1.20319100281	-0.911327534273	0.598196289296	0.461663166009	0.561462413679	1.94494677144	0.35149756751	0.913278007805	0.121512915344	0.128890203101	0.925495284821	-0.159221930329	0.73559363881	5.90746937284	-30.3068409667	-10.4638734355
17	7.78822627753	-1.56563239505	0.586798390676	7.02674605472	6.05788706883	5.15531156847	-0.479125426866	0.293987589187	-0.685338705483	-1.54031445128	0.388268967678	-0.480090568509	-0.884568051732	2.34607965078	0.465558495423	0.801808943603	-0.0710164561002	-0.103011782523	0.505952654031	0.107070316681	0.694055568786	17.284051153	-32.1979829467	-1.03610042557
18	4.54627277493	3.25226117037	0.364934487229	7.15246198574	-0.0377117429238	8.34235582053	-0.484370268343	0.76235793059	0.234707382596	0.190061779448	0.440581039862	-0.396038722691	0.28995363998	0.708170035862	-0.116420401551	0.425835598589	0.0804547770658	-0.057781102517	0.499816571229	0.0682150538521	0.387922284909	9.78665916686	-32.1910799426	6.66723550413
19	9.13370490757	-3.08301697723	0.705162064554	2.23379822458	0.453818553909	8.7811023981	0.154182962841	1.61982224332	-1.07362991586	-1.56982376846	0.0968408880459	0.431904580188	0.86396639321	0.780121559885	-0.312733648032	0.760699380373	0.0822878706635	0.0170124631864	0.629460933058	0.0031886014885	0.85693238777	9.11282051416	-42.49645106	0.0375474282412
20	6.94920496418	-0.630212315206	-1.70267266124	6.95550423202	0.761694362045	9.34365949007	-0.0291565766786	-0.125830809934	-0.843523477172	0.657370952404	-0.0250756983222	-0.45453183297	1.04096882545	-0.451328679256	0.133192092286	0.516302796561	-0.027049031867	0.0731001824135	0.432109309263	0.0709612926494	0.485640907821	1.61629007956	-34.8460703075	13.4191648594
21	8.40697502991	1.52617024488	1.66357086968	7.72459115145	0.127355731823	2.62577674657	-0.045401370489	-0.469642967149	0.769512390847	0.679677370721	-0.0775666416502	0.192719376622	-0.294620768038	-0.35311546958	-0.127525566134	0.62822065322	-0.00762211086023	-0.0922651216321	0.61921828349	-0.00279169220126	0.50702042432	3.66933909301	-23.3293539957	11.0867320937
22	1.99421512217	3.49753140181	2.02390874279	7.10637769621	-1.77320233999	9.47868281036	-2.77550481964	2.61651095271	0.00162226611426	-1.0199135961	1.04938638227	1.7008683922	1.99861928979	-1.75266398838	1.18804433831	0.780145879127	-0.178602088072	-0.0467495044106	0.645159804509	-0.118198259378	0.688283556887	-8.63614686799	-35.6084426473	4.95709347278
23	4.39448557827	4.31562442161	-0.66331584841	4.17024049422	-0.462431649282	4.30691979169	0.260088656274	-0.336490043828	0.958562842609	0.81903793967	0.2942508326	1.22640482169	0.7835876934	-0.486386648586	-0.489353772467	0.571678710525	-0.0646013702854	0.00788201911349	0.605453806677	-0.0042430144887	0.555381010116	-8.12707300887	-24.3403832978	10.5572801808
24	2.91004114886	3.2497289427	-4.49161734087	3.79981162347	-4.12789279224	1.98867660773	0.428671329951	0.265589413579	0.946116878162	0.430455865743	0.731426626445	2.34993502593	-3.40471574415	-1.81146590795	-0.883565392411	1.61077345589	-0.147399546438	-0.533569237144	-0.0261149577868	0.514383069782	2.29134667555	-7.66564576581	-13.6805259465	9.82334035889
25	4.08262178341	-0.967409618895	-5.10683458125	2.05581805404	2.58405716038	7.51840833412	-1.04318856266	2.61890036711	0.112791811763	-0.978232592458	0.748293684327	1.46761988831	0.828004340273	-0.820041648666	0.905703079121	1.11757850398	0.00591365643225	-0.0713495407166	0.892330905866	0.147207076152	1.44268529223	28.999919087	-46.5432541416	-18.8830476313
26	2.38695674053	1.30657254276	2.29271871413	1.81522872517	0.358197578331	4.62336804293	0.0359077200403	-0.21801885152	-1.56723625694	1.0610269913	-0.042879732521	1.50330134233	-0.352877984132	-0.778555738098	-0.419697435538	1.18846367544	-0.0714921343402	0.142754130812	0.62167990973	0.110218539142	0.883336728118	18.5635798371	-31.9177372486	-15.6285715268
27	3.70990273782	-1.35798568764	-2.26305493707	5.78074308528	-0.163524871915	6.02394808799	0.376080252792	-2.32838568441	-0.540519376145	1.73904803346	-0.214536434341	-0.283346159929	-0.302837801845	0.799345557418	-0.0972416004099	1.18743330659	-0.254786702726	-0.156522711165	0.739821690041	0.108704660849	0.764906854675	28.5170502099	-29.7631088854	-7.57960300151
28	2.34130298977	-2.3720660155	0.226492186417	8.64017475992	-1.61217083019	3.28201355925	-0.294828125015	-0.754355857051	0.793466337535	1.62960231975	0.304479739175	0.367570899018	-0.169849274997	-0.580487479815	-0.0590308003816	0.777321316422	-0.167828195181	0.0246771669294	0.574562543464	0.0364767084993	0.663289914623	29.3280926095	-26.2896728726	-18.3962866521
29	9.99163945252	-0.395088430435	-3.57905992826	7.78038249373	0.130192673604	2.76619507377	1.36524809438	0.00195401790165	1.06741581638	0.378881700843	-1.12993343105	-0.274522708196	-2.19386503306	-0.376891475154	-0.206884930549	0.983762915721	-0.0735093968062	-0.0797968794417	0.642195023365	0.0194201859434	0.72746694346	26.9722023655	-17.7689901931	-18.9814794643
30	3.33495821211	2.31363031255	-1.33236529225	5.35071210173	1.61541387367	8.49805775483	-0.02121744751	-0.013443276191	-0.695065653333	0.552812955253	0.068389076941	-0.886370884414	0.43157255395	1.16363300265	-0.0410778096917	0.592507279765	0.0401282062448	-0.180204462158	0.661242286361	0.0446245265319	0.709374691333	36.4808993714	-33.9901137711	-24.4403315809
31	2.28730683005	1.10150943589	-1.10332529745	4.26379314331	0.74962455134	8.40800432648	0.762715435652	1.21453695833	0.212749881598	0.174785114643	0.167590716275	0.600076990271	-1.19946930799	-0.460744846273	-0.219429972589	0.753876463009	0.080713336892	-0.0721233293505	0.752567988943	0.0499135753416	0.650364379612	26.3665592696	-25.608058481	-34.2517508391
32	2.70429720641	1.69248832834	-0.764890912118	6.02164260834	-0.874829041848	9.08295193133	0.413638172687	-0.271585307952	-0.695820572595	-0.36634628515	-0.191195083431	-0.379531761263	2.33163812007	0.751899911612	-0.0220227980711	1.13859100762	0.0427508981406	-0.0528125668405	0.677050752292	0.191536213312	0.589365160025	32.3471899995	-37.8633600963	-33.785782222

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 133 through 142 )	A	A	133 - 142	1 - 10
2	2	chain 'A' and (resid 143 through 150 )	A	A	143 - 150	11 - 18
3	3	chain 'A' and (resid 151 through 162 )	A	A	151 - 162	19 - 30
4	4	chain 'A' and (resid 163 through 186 )	A	A	163 - 186	31 - 54
5	5	chain 'A' and (resid 187 through 209 )	A	A	187 - 209	55 - 77
6	6	chain 'A' and (resid 210 through 227 )	A	A	210 - 227	78 - 88
7	7	chain 'A' and (resid 228 through 247 )	A	A	228 - 247	89 - 108
8	8	chain 'A' and (resid 248 through 262 )	A	A	248 - 262	109 - 123
9	9	chain 'A' and (resid 263 through 274 )	A	A	263 - 274	124 - 135
10	10	chain 'A' and (resid 275 through 291 )	A	A	275 - 291	136 - 152
11	11	chain 'A' and (resid 292 through 297 )	A	A	292 - 297	153 - 158
12	12	chain 'B' and (resid 136 through 186 )	B	B	136 - 186	1 - 46
13	13	chain 'B' and (resid 187 through 292 )	B	B	187 - 292	47 - 144
14	14	chain 'C' and (resid 133 through 142 )	C	C	133 - 142	1 - 10
15	15	chain 'C' and (resid 143 through 150 )	C	C	143 - 150	11 - 18
16	16	chain 'C' and (resid 151 through 167 )	C	C	151 - 167	19 - 32
17	17	chain 'C' and (resid 168 through 186 )	C	C	168 - 186	33 - 51
18	18	chain 'C' and (resid 187 through 209 )	C	C	187 - 209	52 - 74
19	19	chain 'C' and (resid 210 through 227 )	C	C	210 - 227	75 - 85
20	20	chain 'C' and (resid 228 through 247 )	C	C	228 - 247	86 - 105
21	21	chain 'C' and (resid 248 through 262 )	C	C	248 - 262	106 - 120
22	22	chain 'C' and (resid 263 through 274 )	C	C	263 - 274	121 - 132
23	23	chain 'C' and (resid 275 through 290 )	C	C	275 - 290	133 - 148
24	24	chain 'C' and (resid 291 through 297 )	C	C	291 - 297	149 - 155
25	25	chain 'D' and (resid 134 through 142 )	D	D	134 - 142	1 - 9
26	26	chain 'D' and (resid 143 through 169 )	D	D	143 - 169	10 - 31
27	27	chain 'D' and (resid 170 through 190 )	D	D	170 - 190	32 - 52
28	28	chain 'D' and (resid 191 through 209 )	D	D	191 - 209	53 - 71
29	29	chain 'D' and (resid 210 through 234 )	D	D	210 - 234	72 - 88
30	30	chain 'D' and (resid 235 through 262 )	D	D	235 - 262	89 - 116
31	31	chain 'D' and (resid 263 through 274 )	D	D	263 - 274	117 - 128
32	32	chain 'D' and (resid 275 through 292 )	D	D	275 - 292	129 - 146

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)