+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t9g | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of VcINDY-Na+ | ||||||||||||||||||
要素 | DASS family sodium-coupled anion symporter | ||||||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / TRANSPORTER (運搬体タンパク質) | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | citrate transmembrane transporter activity / Citrate transporter-like domain / Citrate transporter / Sodium/sulphate symporter, conserved site / Sodium:sulfate symporter family signature. / Solute carrier family 13 / succinate transmembrane transporter activity / 生体膜 / Transporter, NadC family 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Sauer, D.B. / Marden, J.J. / Song, J.M. / Wang, D.N. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
| ||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural basis of ion - substrate coupling in the Na-dependent dicarboxylate transporter VcINDY. 著者: David B Sauer / Jennifer J Marden / Joseph C Sudar / Jinmei Song / Christopher Mulligan / Da-Neng Wang / 要旨: The Na-dependent dicarboxylate transporter from Vibrio cholerae (VcINDY) is a prototype for the divalent anion sodium symporter (DASS) family. While the utilization of an electrochemical Na gradient ...The Na-dependent dicarboxylate transporter from Vibrio cholerae (VcINDY) is a prototype for the divalent anion sodium symporter (DASS) family. While the utilization of an electrochemical Na gradient to power substrate transport is well established for VcINDY, the structural basis of this coupling between sodium and substrate binding is not currently understood. Here, using a combination of cryo-EM structure determination, succinate binding and site-directed cysteine alkylation assays, we demonstrate that the VcINDY protein couples sodium- and substrate-binding via a previously unseen cooperative mechanism by conformational selection. In the absence of sodium, substrate binding is abolished, with the succinate binding regions exhibiting increased flexibility, including HPb, TM10b and the substrate clamshell motifs. Upon sodium binding, these regions become structurally ordered and create a proper binding site for the substrate. Taken together, these results provide strong evidence that VcINDY's conformational selection mechanism is a result of the sodium-dependent formation of the substrate binding site. | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7t9g.cif.gz | 287.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7t9g.ent.gz | 234.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7t9g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/7t9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/7t9g | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 25757MC 7t9fC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10969 (タイトル: Particle stacks for VcINDY in 300mM NaCl / Data size: 35.4 Data #1: Particle stack of VcINDY in 300 mM NaCl [picked particles - multiframe - processed]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48157.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: VC0395_0108, GG844_00510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3AG83 #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: VcINDY in the Ci-Na+ state / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 1.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 平均露光時間: 2.34 sec. / 電子線照射量: 65 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4253 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1520631 | |||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 144865 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5UL9 Accession code: 5UL9 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|