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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t3c | ||||||
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タイトル | GATOR1-RAG-RAGULATOR - Dual Complex | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / Complex / GTPase activating protein / nutrient sensing / metabolism | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GATOR1 complex / regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / regulation of cholesterol efflux / positive regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / aorta morphogenesis ...GATOR1 complex / regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / regulation of cholesterol efflux / positive regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / aorta morphogenesis / protein localization to cell junction / regulation of TORC1 signaling / protein localization to lysosome / regulation of TOR signaling / TORC1 signaling / endosome organization / fibroblast migration / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / lysosome localization / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / kinase activator activity / protein localization to membrane / cardiac muscle tissue development / enzyme-substrate adaptor activity / vacuolar membrane / ventricular septum development / endosomal transport / azurophil granule membrane / regulation of cell size / negative regulation of kinase activity / small GTPase-mediated signal transduction / Macroautophagy / lysosome organization / roof of mouth development / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / mTORC1-mediated signalling / tertiary granule membrane / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / ficolin-1-rich granule membrane / RHOG GTPase cycle / regulation of receptor recycling / positive regulation of TOR signaling / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / response to amino acid / cellular response to nutrient levels / positive regulation of autophagy / specific granule membrane / protein-membrane adaptor activity / negative regulation of TORC1 signaling / Regulation of PTEN gene transcription / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to starvation / cellular response to amino acid starvation / GTPase activator activity / viral genome replication / negative regulation of autophagy / cellular response to amino acid stimulus / RNA splicing / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cholesterol homeostasis / positive regulation of interleukin-8 production / regulation of cell growth / TP53 Regulates Metabolic Genes / phosphoprotein binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / MAP2K and MAPK activation / response to virus / small GTPase binding / positive regulation of protein localization to nucleus / GDP binding / protein localization / glucose homeostasis / late endosome / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / GTPase binding / late endosome membrane / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / molecular adaptor activity / endosome membrane / lysosome / intracellular signal transduction / membrane raft / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / GTPase activity / DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||
データ登録者 | Egri, S.B. / Shen, K. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures of the human GATOR1-Rag-Ragulator complex reveal a spatial-constraint regulated GAP mechanism. 著者: Shawn B Egri / Christna Ouch / Hui-Ting Chou / Zhiheng Yu / Kangkang Song / Chen Xu / Kuang Shen / 要旨: mTORC1 controls cellular metabolic processes in response to nutrient availability. Amino acid signals are transmitted to mTORC1 through the Rag GTPases, which are localized on the lysosomal surface ...mTORC1 controls cellular metabolic processes in response to nutrient availability. Amino acid signals are transmitted to mTORC1 through the Rag GTPases, which are localized on the lysosomal surface by the Ragulator complex. The Rag GTPases receive amino acid signals from multiple upstream regulators. One negative regulator, GATOR1, is a GTPase activating protein (GAP) for RagA. GATOR1 binds to the Rag GTPases via two modes: an inhibitory mode and a GAP mode. How these two binding interactions coordinate to process amino acid signals is unknown. Here, we resolved three cryo-EM structural models of the GATOR1-Rag-Ragulator complex, with the Rag-Ragulator subcomplex occupying the inhibitory site, the GAP site, and both binding sites simultaneously. When the Rag GTPases bind to GATOR1 at the GAP site, both Rag subunits contact GATOR1 to coordinate their nucleotide loading states. These results reveal a potential GAP mechanism of GATOR1 during the mTORC1 inactivation process. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7t3c.cif.gz | 741.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7t3c.ent.gz | 601.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7t3c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7t3c_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7t3c_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7t3c_validation.xml.gz | 110.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7t3c_validation.cif.gz | 171.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/7t3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/7t3c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 25654MC 7t3aC 7t3bC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-GATOR complex protein ... , 3種, 3分子 BAC
#1: タンパク質 | 分子量: 43711.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NPRL2, TUSC4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WTW4 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 181478.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DEPDC5, KIAA0645 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75140 |
#8: タンパク質 | 分子量: 63680.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NPRL3, C16orf35, CGTHBA, MARE / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12980 |
-Ragulator complex protein ... , 5種, 10分子 HOGNJQIPFM
#3: タンパク質 | 分子量: 13637.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR3, MAP2K1IP1, MAPKSP1, PRO2783 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UHA4 #4: タンパク質 | 分子量: 13517.450 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR2, MAPBPIP, ROBLD3, HSPC003 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2Q5 #5: タンパク質 | 分子量: 9622.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR5, HBXIP, XIP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43504 #6: タンパク質 | 分子量: 10753.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR4, C7orf59 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q0VGL1 #7: タンパク質 | 分子量: 17762.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR1, C11orf59, PDRO, PP7157 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6IAA8 |
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-Ras-related GTP-binding protein ... , 3種, 4分子 DKEL
#9: タンパク質 | 分子量: 36615.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRAGA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7L523 #10: タンパク質 | | 分子量: 44195.734 Da / 分子数: 1 / Mutation: F92A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRAGC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q9HB90, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 #11: タンパク質 | | 分子量: 44298.859 Da / 分子数: 1 / Mutation: S75N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRAGC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HB90 |
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-非ポリマー , 2種, 6分子
#12: 化合物 | #13: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: GATOR1-RAG-RAGULATOR - Dual Complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): -3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 52.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 56117 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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