PDB-7t0k: Crystal structure of S25-2 Fab Unliganded 4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7t0k

タイトル

Crystal structure of S25-2 Fab Unliganded 4

要素

S25-2 Fab heavy chain
S25-2 Fab light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

Antibody (抗体) /

Fab /

Carbohydrate (炭水化物) /

Induced fit (酵素反応) / Conformational selection

機能・相同性

IODIDE ION

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Legg, M.S.G. / Blackler, R.J. / Evans, S.V.

資金援助

オーストリア, 3件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Antigen binding by conformational selection in near-germline antibodies.
著者: Blackler, R.J. / Muller-Loennies, S. / Pokorny-Lehrer, B. / Legg, M.S.G. / Brade, L. / Brade, H. / Kosma, P. / Evans, S.V.

履歴

登録	2021年11月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7t0k.cif.gz	349.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7t0k.ent.gz	281.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7t0k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/7t0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/7t0k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7t0fC 7t0gC 7t0hC 7t0iC 7t0jC 1q9kS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: S25-2 Fab light chain

H: S25-2 Fab heavy chain

A: S25-2 Fab light chain

B: S25-2 Fab heavy chain

C: S25-2 Fab light chain

D: S25-2 Fab heavy chain

E: S25-2 Fab light chain

F: S25-2 Fab heavy chain

ヘテロ分子

198 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: S25-2 Fab light chain

H: S25-2 Fab heavy chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
49.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: S25-2 Fab light chain

B: S25-2 Fab heavy chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
49.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: S25-2 Fab light chain

D: S25-2 Fab heavy chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
49.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

E: S25-2 Fab light chain

F: S25-2 Fab heavy chain

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
49.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.558, 135.497, 73.977
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.260, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	L	1 - 217
2	1	A	1 - 217
1	2	L	1 - 218
2	2	C	1 - 218
1	3	L	1 - 217
2	3	E	1 - 217
1	4	H	1 - 222
2	4	B	1 - 222
1	5	H	1 - 222
2	5	D	1 - 222
1	6	H	1 - 222
2	6	F	1 - 222
1	7	A	1 - 217
2	7	C	1 - 217
1	8	A	1 - 219
2	8	E	1 - 219
1	9	B	1 - 221
2	9	D	1 - 221
1	10	B	1 - 222
2	10	F	1 - 222
1	11	C	1 - 217
2	11	E	1 - 217
1	12	D	1 - 222
2	12	F	1 - 222

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

#1: 抗体	S25-2 Fab light chain 分子量: 24242.898 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c / 解説: hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	S25-2 Fab heavy chain 分子量: 24182.045 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c / 解説: hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物	... ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物分子量: 126.904 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium iodide, 20% PEG 3350, 5 mM 4-O-methoxymethyl-KdoOMe

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / タイプ: その他 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→40 Å / Num. obs: 122420 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.107 / Χ²: 1.332 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 502071

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	4.2	0.69	6073	0.83	0.388	0.793	0.886	100
2.03-2.07	4.2	0.595	6102	0.842	0.335	0.684	0.926	100
2.07-2.11	4.2	0.526	6161	0.855	0.295	0.604	0.983	100
2.11-2.15	4.2	0.459	6060	0.888	0.257	0.527	1.026	100
2.15-2.2	4.2	0.412	6124	0.91	0.23	0.473	1.071	100
2.2-2.25	4.2	0.367	6137	0.924	0.205	0.421	1.16	100
2.25-2.31	4.2	0.337	6110	0.92	0.189	0.387	1.175	100
2.31-2.37	4.2	0.311	6131	0.936	0.174	0.357	1.257	100
2.37-2.44	4.2	0.27	6095	0.952	0.151	0.31	1.358	100
2.44-2.52	4.2	0.231	6118	0.962	0.13	0.266	1.503	100
2.52-2.61	4.2	0.199	6125	0.967	0.112	0.229	1.52	100
2.61-2.71	4.2	0.168	6104	0.972	0.095	0.194	1.594	100
2.71-2.84	4.2	0.143	6140	0.981	0.082	0.165	1.653	100
2.84-2.99	4.1	0.119	6119	0.986	0.068	0.137	1.737	99.9
2.99-3.17	4	0.099	6117	0.989	0.058	0.115	1.827	100
3.17-3.42	3.9	0.084	6145	0.99	0.05	0.099	1.663	99.9
3.42-3.76	3.8	0.071	6120	0.992	0.043	0.083	1.508	99.6
3.76-4.31	3.8	0.062	6123	0.993	0.037	0.072	1.321	99.4
4.31-5.42	3.8	0.054	6128	0.994	0.032	0.063	1.307	99.3
5.42-40	3.9	0.05	6188	0.996	0.029	0.058	1.233	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Q9K

1q9k

解像度: 2→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 5.91 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2545	6135	5 %	RANDOM
R_work	0.2216	-	-	-
obs	0.2232	116254	99.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 113.75 Å² / B_iso mean: 44.563 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.05 Å²	0 Å²	0.25 Å²
2-	-	-3.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13480	0	34	389	13903
B_iso mean	-	-	46.06	39.82	-
残基数	-	-	-	-	1752

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.02	13827
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	12606
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.441	1.945	18804
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.18	3	29158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.597	5	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.124	23.779	553
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.94	15	2226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.773	15	71
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	2108
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	15565
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	3146

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	L	12054	0.09
1	2	A	12054	0.09
2	1	L	12198	0.09
2	2	C	12198	0.09
3	1	L	12066	0.09
3	2	E	12066	0.09
4	1	H	11754	0.09
4	2	B	11754	0.09
5	1	H	11806	0.08
5	2	D	11806	0.08
6	1	H	11576	0.08
6	2	F	11576	0.08
7	1	A	12150	0.09
7	2	C	12150	0.09
8	1	A	12227	0.09
8	2	E	12227	0.09
9	1	B	12189	0.08
9	2	D	12189	0.08
10	1	B	11853	0.09
10	2	F	11853	0.09
11	1	C	12125	0.09
11	2	E	12125	0.09
12	1	D	11863	0.08
12	2	F	11863	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.005→2.057 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.343	453	-
R_work	0.299	8339	-
all	-	8792	-
obs	-	-	96.79 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)