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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t0a | ||||||
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タイトル | Cryptococcus neoformans protein farnesyltransferase co-crystallized with FPP and inhibitor 2f | ||||||
要素 |
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キーワード | Transferase/Inhibitor / Inhibitor / Protein prenylyltransferase / Antifungal (抗真菌薬) / TRANSFERASE (転移酵素) / Transferase-Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 プレニル化 / protein prenyltransferase activity / protein geranylgeranyltransferase type I / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity / protein farnesyltransferase complex / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cryptococcus neoformans var. grubii H99 (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.099 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Y. / Shi, Y. / Beese, L.S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Structure-Guided Discovery of Potent Antifungals that Prevent Ras Signaling by Inhibiting Protein Farnesyltransferase. 著者: Wang, Y. / Xu, F. / Nichols, C.B. / Shi, Y. / Hellinga, H.W. / Alspaugh, J.A. / Distefano, M.D. / Beese, L.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7t0a.cif.gz | 195.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7t0a.ent.gz | 149.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7t0a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/7t0a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/7t0a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7t08C 7t09C 7t0bC 7t0cC 7t0dC 7t0eC 8e9eC 3sfxS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 40913.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii H99 (菌類) 株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_02229 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J9VSJ6 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 56806.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans var. grubii H99 (菌類) 株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_05740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T2BPA1, protein farnesyltransferase |
-非ポリマー , 6種, 486分子
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-ZN / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-XMY / ( | #7: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.86 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 100mM CAPSO pH9.5, 50-75mM Li2SO4, 200mM NaCl, 16%-21% PEG4000. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.099→49.93 Å / Num. obs: 76837 / % possible obs: 99.71 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.08403 / Rpim(I) all: 0.03654 / Rrim(I) all: 0.09181 / Net I/σ(I): 14.54 |
反射 シェル | 解像度: 2.099→2.174 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.772 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / Num. unique obs: 7492 / CC1/2: 0.872 / CC star: 0.965 / Rpim(I) all: 0.3423 / Rrim(I) all: 0.8461 / % possible all: 98.21 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3SFX 解像度: 2.099→49.93 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.69 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 128.33 Å2 / Biso mean: 41.124 Å2 / Biso min: 17.16 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.099→49.93 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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