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万見
- PDB-7t00: Structure of EmrE-D3 mutant in complex with monobody L10 and benz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t00
タイトルStructure of EmrE-D3 mutant in complex with monobody L10 and benzyltrimethylammonium
要素
  • L10 monobody
  • Multidrug transporter EmrE
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Small Multidrug Resistance transporters / drug efflux pump / EmrE / Membrane protein (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


EmrE multidrug transporter complex / choline transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / amino-acid betaine transmembrane transporter activity / choline transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / xenobiotic transport / antiporter activity / response to osmotic stress / xenobiotic transmembrane transporter activity ...EmrE multidrug transporter complex / choline transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / amino-acid betaine transmembrane transporter activity / choline transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / xenobiotic transport / antiporter activity / response to osmotic stress / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / xenobiotic metabolic process / transmembrane transport / cellular response to xenobiotic stimulus / response to xenobiotic stimulus / DNA damage response / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Small drug/metabolite transporter protein family / Small multidrug resistance protein / Small Multidrug Resistance protein
類似検索 - ドメイン・相同性
benzyltrimethylammonium / Multidrug transporter EmrE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.91 Å
データ登録者Kermani, A.A. / Stockbridge, R.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1845012 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of bacterial small multidrug resistance transporter EmrE in complex with structurally diverse substrates.
著者: Kermani, A.A. / Burata, O.E. / Koff, B.B. / Koide, A. / Koide, S. / Stockbridge, R.B.
履歴
登録2021年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug transporter EmrE
C: L10 monobody
B: Multidrug transporter EmrE
D: L10 monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8295
ポリマ－43,6784
非ポリマー1501
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area20370 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)140.180, 50.120, 110.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.790, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Multidrug transporter EmrE / Efflux-multidrug resistance protein EmrE / Ethidium resistance protein / Methyl viologen resistance protein C


分子量: 11907.279 Da / 分子数: 2 / 変異: E25N, W31I, V34M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: emrE, eb, mvrC, b0543, JW0531 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23895
#2: 抗体 L10 monobody


分子量: 9931.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-E00 / benzyltrimethylammonium / ベンジルトリメチルアミニウム


分子量: 150.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.34 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.25, 33% PEG600, 0.1 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.907→70.007 Å / Num. obs: 5088 / % possible obs: 84.4 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.837 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 3.907→4.22 Å / Rmerge(I) obs: 1.222 / Num. unique obs: 339 / CC1/2: 0.433 / % possible all: 67.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7MH6

7mh6


解像度: 3.91→55.3 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3671 213 4.23 %
Rwork0.33 4827 -
obs0.3316 5080 69.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 201.39 Å2 / Biso min: 79.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.91→55.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2936 0 11 0 2947
Biso mean--154.26 --
残基数----383
LS精密化 シェル解像度: 3.91→4.052 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5946 76 -
Rwork0.4752 127 -
obs--18.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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