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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sx7 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of broadly neutralizing antibody N49P9.3-FR3-3 Fab in complex with HIV-1 Clade A/E strain 93TH057 gp120 core | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN (免疫系) / HIV-1 / VRC01-CLASS ANTIBODY / CD4 BINDING SITE / CLADE A/E 93TH057 GP120 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX (ウイルス性) / N49P9.3-FR3-3 / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex (免疫系) | ||||||||||||
機能・相同性 | Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / エンベロープ (ウイルス) / clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Homo (ヒト属) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Tolbert, W.D. / Pazgier, M. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of broadly neutralizing antibody N49P9.3-FR3-3 Fab in complex with HIV-1 Clade A/E strain 93TH057 gp120 core 著者: Tolbert, W.D. / Pazgier, M. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7sx7.cif.gz | 626 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7sx7.ent.gz | 515.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7sx7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/7sx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sx/7sx7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6oz3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-抗体 , 2種, 4分子 HBLC
#2: 抗体 | 分子量: 25050.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo (ヒト属) / Cell (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 21763.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-タンパク質 / 糖 , 2種, 25分子 GA
#1: タンパク質 | 分子量: 39356.613 Da / 分子数: 2 / 変異: H375S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: HIV-1 Env / Cell (発現宿主): HEK 293 GnT1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW9 #4: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 2種, 446分子
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.59 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% PEG 3350 0.1 M HEPES pH 7.0 0.1 M magnesium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 73767 / % possible obs: 82.7 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.949 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.645 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2786 / CC1/2: 0.394 / Rpim(I) all: 0.645 / % possible all: 63.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6OZ3 解像度: 2.15→46.66 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 30.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→46.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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