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Yorodumi- PDB-7svp: Structure of compound 34 bound to human Phospholipase D2 catalyti... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7svp | ||||||
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Title | Structure of compound 34 bound to human Phospholipase D2 catalytic domain | ||||||
Components | Phospholipase D2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / phosphodiesterase / HKD motif / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Synthesis of PG / N-acylphosphatidylethanolamine-specific phospholipase D activity / phospholipase D / phosphatidic acid biosynthetic process / synaptic vesicle recycling / Synthesis of PA / phospholipase D activity / phospholipid catabolic process / regulation of vesicle-mediated transport / small GTPase-mediated signal transduction ...Synthesis of PG / N-acylphosphatidylethanolamine-specific phospholipase D activity / phospholipase D / phosphatidic acid biosynthetic process / synaptic vesicle recycling / Synthesis of PA / phospholipase D activity / phospholipid catabolic process / regulation of vesicle-mediated transport / small GTPase-mediated signal transduction / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / RAC2 GTPase cycle / Role of phospholipids in phagocytosis / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / phosphatidylinositol binding / presynapse / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Metrick, C.M. / Chodaparambil, J.V. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Acs Med.Chem.Lett. / Year: 2022 Title: Discovery of Phospholipase D Inhibitors with Improved Drug-like Properties and Central Nervous System Penetrance. Authors: May-Dracka, T.L. / Gao, F. / Hopkins, B.T. / Hronowski, X. / Chen, T. / Chodaparambil, J.V. / Metrick, C.M. / Cullivan, M. / Enyedy, I. / Kaliszczak, M. / Kankel, M.W. / Marx, I. / Michell- ...Authors: May-Dracka, T.L. / Gao, F. / Hopkins, B.T. / Hronowski, X. / Chen, T. / Chodaparambil, J.V. / Metrick, C.M. / Cullivan, M. / Enyedy, I. / Kaliszczak, M. / Kankel, M.W. / Marx, I. / Michell-Robinson, M.A. / Murugan, P. / Kumar, P.R. / Rooney, M. / Schuman, E. / Sen, A. / Wang, T. / Ye, T. / Peterson, E.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7svp.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7svp.ent.gz | 718.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7svp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/7svp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/7svp | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6ohoS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 72846.781 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PLD2 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: O14939, phospholipase D #2: Chemical | ChemComp-CI0 / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.6 Details: 0.08 M sodium cacodylate pH 6.6, 14% PEG 8000, 20% glycerol, 0.16 M calcium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 0.97 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 20, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→111 Å / Num. obs: 57790 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 60.85 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.28 / Net I/σ(I): 3.82 |
Reflection shell | Resolution: 3.05→3.14 Å / Num. unique obs: 2260 / CC1/2: 0.445 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6OHO Resolution: 2.9→111 Å / SU ML: 0.527 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 40.9543 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 63.88 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→111 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.9→111 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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