PDB-7snj: Structure of Bacple_01701, a 6-O-galactose porphyran sulfatase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7snj

タイトル

Structure of Bacple_01701, a 6-O-galactose porphyran sulfatase

要素

Arylsulfatase

アリールスルファターゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / 6-O-galactose porphyran sulfatase

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 硫酸エステル加水分解酵素 / sulfuric ester hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Phocaeicola plebeius DSM 17135 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Ulaganathan, T. / Cygler, M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: The porphyran degradation system of the human gut microbiota is complete, phylogenetically diverse and geographically structured across Asian populations
著者: Mathieu, S. / Touvrey, M. / Poulet, L. / Drouillard, S. / Ulaganathan, T.S. / Segurel, L. / Cygler, M. / Helbert, W.

履歴

登録	2021年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7snj.cif.gz	227.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7snj.ent.gz	181 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7snj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/7snj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/7snj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7snkC 7snoC 8ep4C 8ew1C 5g2vS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Arylsulfatase

ヘテロ分子

63.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.860, 154.860, 46.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-805- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Arylsulfatase / アリールスルファターゼ / 6-O-galactose porphyran sulfatase 分子量: 62645.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Phocaeicola plebeius DSM 17135 (バクテリア) 遺伝子: BACPLE_01701 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: B5CYA4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 硫酸エステル加水分解酵素

#1: タンパク質

Arylsulfatase /

アリールスルファターゼ / 6-O-galactose porphyran sulfatase

分子量: 62645.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Phocaeicola plebeius DSM 17135 (バクテリア)
遺伝子: BACPLE_01701
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: B5CYA4,

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 硫酸エステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 7種, 205分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-P4G / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / ジエチレングリコ-ルジエチルエ-テル / Diethylene glycol diethyl ether 分子量: 162.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.94 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 40% Peg 200, 100mM Sodium Citrate pH5.5, 30% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.03 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→50 Å / Num. obs: 77429 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.7 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 17.8
反射シェル	解像度: 1.74→1.86 Å / Num. unique obs: 11789 / CC_1/2: 0.75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19rc4_4035	精密化
autoPROC		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5G2V

5g2v

解像度: 1.74→44.7 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.218	3271	5 %
R_work	0.1875	-	-
obs	0.189	65435	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→44.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4134	0	64	196	4394

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4305
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.897	5799
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.821	593
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	588
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	745

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.77	0.6575	141	0.6133	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.79	0.4945	141	0.573	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.82	0.4745	141	0.4791	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.85	0.4105	141	0.4208	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.89	0.3787	141	0.3679	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.92	0.3383	142	0.3195	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.96	0.3292	140	0.2733	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.01	0.2506	141	0.2633	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.05	0.2875	141	0.2454	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.1	0.2473	143	0.251	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.16	0.254	139	0.2342	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.22	0.2373	142	0.2009	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.3	0.2322	142	0.1819	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.38	0.2018	142	0.1689	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.47	0.2341	141	0.1636	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.47-2.59	0.2247	143	0.1687	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.72	0.2157	144	0.1775	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.89	0.1986	142	0.1804	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.89-3.12	0.2132	143	0.1751	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.43	0.2138	142	0.1709	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-3.93	0.1729	145	0.1523	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.95	0.181	145	0.1349	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
4.95-44.7	0.1926	149	0.181	2845	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0007	-0.4852	0.0588	1.8928	-0.1282	0.5906	-0.0685	0.0232	-0.1145	0.0354	0.0227	-0.164	-0.0052	0.0935	0.0485	0.4247	-0.0838	0.0194	0.3816	-0.004	0.3518	35.8049	41.108	11.1354
2	1.3252	-0.9463	0.1106	5.5669	-0.0495	0.6026	-0.0377	-0.0781	-0.0609	0.7106	0.013	-0.2193	-0.2662	0.2119	0.0085	0.5402	-0.1222	-0.1003	0.4643	0.045	0.4766	46.6197	51.2816	21.2933
3	2.6022	-0.1931	0.1957	1.8622	0.1345	0.5152	-0.1685	0.1053	0.1492	0.0408	0.033	0.0121	-0.1364	0.0577	0.1337	0.5275	-0.1073	0.0179	0.4173	0.0258	0.3633	30.1292	53.79	10.9985
4	1.5032	-0.2624	-0.1228	1.0615	0.1361	0.5467	-0.0937	-0.0139	-0.0672	0.1128	0.0052	0.0877	-0.0208	0.0464	0.0842	0.4365	-0.0612	0.0393	0.3611	0.0002	0.3609	25.5489	42.1658	13.0063
5	2.0597	-1.0096	1.0546	2.424	-0.9708	2.143	-0.0389	0.1199	-0.536	0.046	-0.0346	0.332	0.2542	-0.0664	0.0093	0.4684	-0.0841	0.123	0.3835	-0.0431	0.6339	16.0434	25.3764	12.8186

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 121 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 122 through 196 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 197 through 246 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 247 through 482 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 483 through 536 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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