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- PDB-7skt: Crystal structure of Nipah virus matrix protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7skt
タイトルCrystal structure of Nipah virus matrix protein
要素Matrix protein基質タンパク質
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Matrix / Dimer / Viral assembly (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


virion assembly / virion component / host cell cytoplasm / structural constituent of virion / host cell nucleus / host cell plasma membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
基質タンパク質 / Viral matrix protein, C-terminal domain / Viral matrix protein, N-terminal domain / 基質タンパク質
類似検索 - ドメイン・相同性
基質タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Nipah henipavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.048 Å
データ登録者Norris, M.J. / Saphire, E.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Not funded 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Measles and Nipah virus assembly: Specific lipid binding drives matrix polymerization.
著者: Norris, M.J. / Husby, M.L. / Kiosses, W.B. / Yin, J. / Saxena, R. / Rennick, L.J. / Heiner, A. / Harkins, S.S. / Pokhrel, R. / Schendel, S.L. / Hastie, K.M. / Landeras-Bueno, S. / Salie, Z.L. ...著者: Norris, M.J. / Husby, M.L. / Kiosses, W.B. / Yin, J. / Saxena, R. / Rennick, L.J. / Heiner, A. / Harkins, S.S. / Pokhrel, R. / Schendel, S.L. / Hastie, K.M. / Landeras-Bueno, S. / Salie, Z.L. / Lee, B. / Chapagain, P.P. / Maisner, A. / Duprex, W.P. / Stahelin, R.V. / Saphire, E.O.
履歴
登録2021年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein
B: Matrix protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9232
ポリマ－87,9232
非ポリマー00
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, 84.89 kDa by SEC-MALS, 電子顕微鏡法, dimer in solution by single particle analysis of negative stain TEM, microscopy, bimolecular fluorescence complementation (BiFC)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area24370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.445, 78.453, 135.38
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Matrix protein / 基質タンパク質 / Protein M


分子量: 43961.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nipah henipavirus (ウイルス)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9IK90
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M TRIS pH 7.5, 20% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.048→67.879 Å / Num. obs: 40796 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.42 %
詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last ...詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last updated 2020-04-13: http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Index/) and the actual quantities provided by MRFANA (https://github.com/githubgphl/MRFANA) from the autoPROC package (https://www.globalphasing.com/autoproc/). In general, the mmCIF categories here should provide items that are currently used in the PDB archive. If there are alternatives, the one recommended by the PDB developers has been selected. The distinction between *_all and *_obs quantities is not always clear: often only one version is actively used within the PDB archive (or is the one recommended by PDB developers). The intention of distinguishing between classes of reflections before and after some kind of observation criterion was applied, can in principle be useful - but such criteria change in various ways throughout the data processing steps (rejection of overloaded or too partial reflections, outlier/misfit rejections during scaling etc) and there is no retrospect computation of data scaling/merging statistics for the reflections used in the final refinement (where another observation criterion might have been applied). Typical data processing will usually only provide one version of statistics at various stages and these are given in the recommended item here, irrespective of the "_all" and "_obs" connotation, see e.g. the use of _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs, _reflns.pdbx_Rrim_I_all and _reflns.pdbx_Rpim_I_all. Please note that all statistics related to "merged intensities" (or "merging") are based on inverse-variance weighting of the individual measurements making up a symmetry-unique reflection. This is standard for several decades now, even if some of the dictionary definitions seem to suggest that a simple "mean" or "average" intensity is being used instead. R-values are always given for all symmetry-equivalent reflections following Friedel's law, i.e. Bijvoet pairs are not treated separately (since we want to describe the overall mean intensity and not the mean I(+) and I(-) here). The Rrim metric is identical to the Rmeas R-value and only differs in name. _reflns.pdbx_number_measured_all is the number of measured intensities just before the final merging step (at which point no additional rejection takes place). _reflns.number_obs is the number of symmetry-unique observations, i.e. the result of merging those measurements via inverse-variance weighting. _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI is based on the merged intensities (_reflns.number_obs) as expected. _reflns.pdbx_redundancy is synonymous with "multiplicity". The per-shell item _reflns_shell.number_measured_all corresponds to the overall value _reflns.pdbx_number_measured_all. The per-shell item _reflns_shell.number_unique_all corresponds to the overall value _reflns.number_obs. The per-shell item _reflns_shell.percent_possible_all corresponds to the overall value _reflns.percent_possible_obs. The per-shell item _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs corresponds to the overall value given as _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI. But be aware of the incorrect definition of the former in the current dictionary!
CC1/2: 0.999 / CC1/2 anomalous: -0.225 / Rmerge(I) obs: 0.0728 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.0806 / AbsDiff over sigma anomalous: 0.693 / Net I/σ(I): 13.91 / Num. measured all: 221300 / % possible anomalous: 98.5 / Redundancy anomalous: 2.85
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2CC1/2 anomalousRpim(I) allRrim(I) allAbsDiff over sigma anomalous% possible anomalousRedundancy anomalous% possible all
5.557-67.8794.910.024741.161073010730218721871-0.3380.01190.02750.6397.82.7597.4
4.411-5.5575.310.027641.71121611216211221121-0.3940.01280.03050.60799.12.8699.2
3.854-4.4114.830.031135.0798069806203220320.999-0.3530.01540.03490.6796.32.5796.3
3.501-3.8545.10.041629.991058310583207720770.999-0.320.02010.04640.74199.12.799.3
3.25-3.5015.340.051424.551098710987205620560.999-0.2090.02410.05690.70799.52.8199.1
3.059-3.255.560.079219.261148611486206420640.998-0.1360.03610.08730.72699.22.9399.5
2.906-3.0595.760.107714.851169211692202920290.997-0.1290.04840.11830.69399.63.0299.7
2.779-2.9065.20.173210.571045710457201120110.993-0.1340.08250.19270.73696.32.7496.3
2.672-2.7795.270.22048.841067010670202520250.991-0.0870.10560.24520.73499.52.7599.6
2.58-2.6725.580.24827.921149311493206020600.987-0.0070.11380.27370.799.42.9299.5
2.499-2.585.630.31016.741143411434203020300.98-0.0550.14150.34160.68699.22.9599.7
2.428-2.4995.740.36135.941161011610202320230.971-0.0730.16310.39720.69198.63.0199.2
2.364-2.4285.720.3985.311152411524201320130.971-0.0640.18010.43780.66398.82.9999.1
2.306-2.3645.780.44394.571182911829204520450.973-0.0180.19930.48750.68599.63.0199.9
2.254-2.3065.580.63173.851116211162200120010.94-0.0860.28950.69630.79297.62.9298.6
2.206-2.2545.660.58973.61146011460202520250.938-0.0560.26840.64960.69798.42.9598.7
2.162-2.2065.120.86612.5199399939194019400.914-0.050.41820.96580.67495.72.6695.4
2.121-2.1625.330.82662.671075010750201820180.916-0.0340.3930.91770.69199.42.7699.6
2.083-2.1215.51.10942.231103611036200520050.843-0.0440.51521.2260.66198.82.8599
2.048-2.0835.61.04682.31143611436204320430.896-0.0490.48071.15430.6698.72.998.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
autoPROC1.0.5 20210420data processing
XDSFeb 5, 2021データ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
TRUNCATE7.1.014data processing
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BK6

6bk6


解像度: 2.048→29.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.436 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.204 / SU Rfree Blow DPI: 0.177 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.177
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2561 2099 -RANDOM
Rwork0.2141 ---
obs0.2161 40680 98.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 54.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.805 Å20 Å20 Å2
2---7.3015 Å20 Å2
3----3.5036 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.048→29.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4393 0 0 204 4597
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0088883HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9516005HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2653SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1384HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4495HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion596SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6613SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.24
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.18
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.06 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4161 43 -
Rwork0.3358 --
obs0.3403 814 97.61 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.84560.30030.48670.65011.19834.69550.0029-0.0155-0.157-0.0155-0.0215-0.2653-0.157-0.26530.0186-0.18550.0383-0.00780.08540.02220.0544-10.144323.565521.5604
25.4149-0.9192-0.01361.934-0.64763.80410.18-0.05160.1505-0.0516-0.18490.23240.15050.23240.0049-0.2159-0.00650.00750.0744-0.00950.065919.057812.157213.6582
34.9183-0.4106-0.0880.80970.30691.17010.04390.01670.01980.0167-0.0331-0.10740.0198-0.1074-0.0109-0.16590.00010.02220.09050.05010.008213.941215.219612.5122
42.46060.32050.48170.92510.80244.97310.0338-0.0718-0.2701-0.071800.2163-0.27010.2163-0.0338-0.215-0.0202-0.00290.0677-0.06370.12725.023527.55435.2881
53.6362-0.00350.8134.84221.26070.86770.0291-0.09890.2104-0.0989-0.0294-0.04040.2104-0.04040.0003-0.20970.0338-0.00460.1225-0.00310.0135-3.092125.900548.091
65.36910.3756-0.37451.16160.33762.05630.08140.06650.09860.06650.05960.12070.09860.1207-0.1411-0.15640.0373-0.02670.05150.00130.01610.980125.778947.0177
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|43 - 181}A43 - 181
2X-RAY DIFFRACTION2{A|182 - 262}A182 - 262
3X-RAY DIFFRACTION3{A|263 - 351}A263 - 351
4X-RAY DIFFRACTION4{B|44 - 180}B44 - 180
5X-RAY DIFFRACTION5{B|181 - 262}B181 - 262
6X-RAY DIFFRACTION6{B|263 - 351}B263 - 351

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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