[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7sg3: The X-ray crystal structure of the Staphylococcus aureus Fatty Ac... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7sg3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | The X-ray crystal structure of the Staphylococcus aureus Fatty Acid Kinase B1 mutant A121I-A158L to 2.35 Angstrom resolution (Open form chain A, Palmitate bound) | ||||||
Components | Fatty Acid Kinase B1 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE/SUBSTRATE / Fatty acid kinase A / phosphorylation / fatty acid / N-terminus domain / LIGASE / TRANSFERASE-SUBSTRATE complex | ||||||
Function / homology | DegV / DegV, C-terminal domain / Uncharacterised protein, DegV family COG1307 / DegV domain profile. / lipid binding / PALMITIC ACID / DegV domain-containing protein MW0711 Function and homology information | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Cuypers, M.G. / Gullett, J.M. / Rock, C.O. / White, S.W. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2022 Title: Identification of structural transitions in bacterial fatty acid binding proteins that permit ligand entry and exit at membranes. Authors: Gullett, J.M. / Cuypers, M.G. / Grace, C.R. / Pant, S. / Subramanian, C. / Tajkhorshid, E. / Rock, C.O. / White, S.W. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7sg3.cif.gz | 269.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7sg3.ent.gz | 181.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7sg3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/7sg3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/7sg3 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 6mh9SC 6nm1C 7sclC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 32323.807 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: A121I, A158L Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: double mutant / Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Gene: MW0711 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8NXM4 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.76 % / Description: tiny plate |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: pH 6.5 0.1M MES/Imidazole, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350, 12.5% MPD, 0.03M NaNO3, 0.03M Na2HPO4, 0.03M (NH4)2SO4, Seeded from WT crystals |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Sep 21, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.35→49.46 Å / Num. obs: 20941 / % possible obs: 92 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 44.61 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.042 / Χ2: 0.38 / Net I/σ(I): 6.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.35→2.43 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1997 / CC1/2: 0.867 / Rpim(I) all: 0.298 / Χ2: 0.36 / % possible all: 90.7 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6MH9 Resolution: 2.35→41.48 Å / SU ML: 0.299 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / Phase error: 28.4049 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 58.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→41.48 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|