[日本語] English
万見
- PDB-7sa1: LRR-F-Box plant ubiquitin ligase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sa1
タイトルLRR-F-Box plant ubiquitin ligase
要素
  • F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
  • SKP1-like protein 1A
キーワードSIGNALING PROTEIN / rice D3 / ASK1 (MAP3K5) / E3-Ub ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


bud dilation / regulation of shoot system morphogenesis / shoot system morphogenesis / regulation of meristem structural organization / negative regulation of seed germination / positive regulation of response to water deprivation / cuticle development / 隔膜形成体 / auxin polar transport / jasmonic acid mediated signaling pathway ...bud dilation / regulation of shoot system morphogenesis / shoot system morphogenesis / regulation of meristem structural organization / negative regulation of seed germination / positive regulation of response to water deprivation / cuticle development / 隔膜形成体 / auxin polar transport / jasmonic acid mediated signaling pathway / ethylene-activated signaling pathway / response to jasmonic acid / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / response to water deprivation / negative regulation of DNA recombination / SCF複合体 / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cullin family protein binding / response to light stimulus / chromosome segregation / microtubule cytoskeleton organization / spindle / protein ubiquitination / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like domain superfamily / F-box-like / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / Fボックスタンパク質 / S-phase kinase-associated protein 1-like ...Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like domain superfamily / F-box-like / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / Fボックスタンパク質 / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / SKP1-like protein 1A / F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
Oryza sativa tropical japonica subgroup (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Palayam, M. / Shabek, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)2047396 米国
引用ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2022
タイトル: A conformational switch in the SCF-D3/MAX2 ubiquitin ligase facilitates strigolactone signalling.
著者: Tal, L. / Palayam, M. / Ron, M. / Young, A. / Britt, A. / Shabek, N.
履歴
登録2021年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SKP1-like protein 1A
B: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
C: SKP1-like protein 1A
D: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,24710
ポリマ－187,4384
非ポリマー8096
水32418
1
A: SKP1-like protein 1A
B: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,2306
ポリマ－93,7192
非ポリマー5104
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area33480 Å2
手法PISA
2
C: SKP1-like protein 1A
D: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,0174
ポリマ－93,7192
非ポリマー2982
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area33380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)231.929, 79.407, 150.595
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 127.980, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 SKP1-like protein 1A / SKP1-like 1 / UFO-binding protein 1


分子量: 17876.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SKP1A, ASK1, SKP1, UIP1, At1g75950, T4O12.17
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (バキュロウイルス科)
参照: UniProt: Q39255
#2: タンパク質 F-box/LRR-repeat MAX2 homolog / F-box and leucine-rich repeat MAX2 homolog / Protein DWARF 3


分子量: 75843.016 Da / 分子数: 2 / Mutation: D720K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ), (組換発現) Oryza sativa tropical japonica subgroup (イネ)
遺伝子: D3, Os06g0154200, LOC_Os06g06050, OSJNBa0085L11.6-1, D3
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (バキュロウイルス科)
参照: UniProt: Q5VMP0
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
配列の詳細Non-conserved disordered loop residues 478-515 have been eliminated for crystallization purposes by ...Non-conserved disordered loop residues 478-515 have been eliminated for crystallization purposes by introducing TEV cleavage (NLYFQS), creating fragments 1 to 477 and 516 to 720 that assembled together during purification.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.82 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Ammonium acetate, 0.1M Sodium formate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Sodium oxamate, 0.1M Tris, 0.1M Bicine and 30% PEG 500 ...詳細: 0.1M Ammonium acetate, 0.1M Sodium formate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Sodium oxamate, 0.1M Tris, 0.1M Bicine and 30% PEG 500 MME and PEG 20000 at pH 8.5.
PH範囲: 5.0-6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.21→48.9 Å / Num. obs: 34685 / % possible obs: 97.59 % / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 3.21→3.32 Å / Num. unique obs: 3119 / Rsym value: 0.715

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BRP

6brp


解像度: 3.21→48.9 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 1984 5.72 %
Rwork0.2078 32686 -
obs0.211 34670 97.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 169.19 Å2 / Biso mean: 45.172 Å2 / Biso min: 1.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.21→48.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11656 0 54 18 11728
Biso mean--55.49 11.74 -
残基数----1494
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211968
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45416254
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3851624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391878
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042090
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.21-3.290.33331200.26492009212986
3.29-3.380.33441340.25772267240195
3.38-3.480.36051420.24342265240796
3.48-3.60.33941380.23612306244497
3.6-3.720.27361360.2182313244998
3.72-3.870.25671420.20342360250299
3.87-4.050.2611520.19742355250799
4.05-4.260.26791400.190723932533100
4.26-4.530.22271420.173823722514100
4.53-4.880.23271460.17123962542100
4.88-5.370.21341510.177123912542100
5.37-6.140.27681420.213923952537100
6.14-7.740.25961470.222124142561100
7.74-48.90.21951520.20752450260298

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る