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万見
- PDB-7rqh: Crystal Structure of carboxyl-terminal processing protease A muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rqh
タイトルCrystal Structure of carboxyl-terminal processing protease A mutant S302A, CtpA_S302A, of Pseudomonas aeruginosa
要素Probable carboxyl-terminal protease
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / CtpA / CTP
機能・相同性
機能・相同性情報


cell envelope organization / cell envelope / cell wall biogenesis / protein secretion by the type III secretion system / outer membrane-bounded periplasmic space / endopeptidase activity / ペリプラズム / serine-type endopeptidase activity / シグナル伝達 / タンパク質分解 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
C-terminal-processing peptidase S41A / tail specific protease / Tail specific protease / Peptidase family S41 / PDZ domain 6 / PDZドメイン / ClpP/crotonase-like domain superfamily / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable carboxyl-terminal protease
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hsu, H.C. / Li, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 AI136901 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Pseudomonas aeruginosa C-Terminal Processing Protease CtpA Assembles into a Hexameric Structure That Requires Activation by a Spiral-Shaped Lipoprotein-Binding Partner.
著者: Hsu, H.C. / Wang, M. / Kovach, A. / Darwin, A.J. / Li, H.
履歴
登録2021年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable carboxyl-terminal protease
B: Probable carboxyl-terminal protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6132
ポリマ－85,6132
非ポリマー00
水0
1
A: Probable carboxyl-terminal protease

A: Probable carboxyl-terminal protease

A: Probable carboxyl-terminal protease

B: Probable carboxyl-terminal protease

B: Probable carboxyl-terminal protease

B: Probable carboxyl-terminal protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,8386
ポリマ－256,8386
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
crystal symmetry operation4_455x-1/3,y+1/3,z+1/31
crystal symmetry operation5_455-y-1/3,x-y+1/3,z+1/31
crystal symmetry operation6_455-x+y-1/3,-x+1/3,z+1/31
Buried area18670 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area70410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)189.650, 189.650, 131.105
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Probable carboxyl-terminal protease


分子量: 42806.336 Da / 分子数: 2 / 変異: S302A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: PA5134 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HU50

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.0, and 0.6 M ammonium dihydrogen phosphate at a concentration of 33 mg/mL
PH範囲: 4.0 -4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07803 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07803 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→94.82 Å / Num. obs: 28884 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 10.6 % / Num. unique obs: 4245 / CC1/2: 0.524 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19_4092)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7RPQ

7rpq


解像度: 3.2→43.03 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 32.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2654 1415 4.9 %
Rwork0.2409 --
obs0.2422 28849 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→43.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3931 0 0 0 3931
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033977
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7395383
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.155555
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045641
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005703
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.310.47641510.37892723X-RAY DIFFRACTION100
3.31-3.450.33851630.33632768X-RAY DIFFRACTION100
3.45-3.60.30081210.29222771X-RAY DIFFRACTION99
3.6-3.790.28571410.25922744X-RAY DIFFRACTION100
3.79-4.030.32121370.27892705X-RAY DIFFRACTION98
4.03-4.340.21511360.21552730X-RAY DIFFRACTION99
4.34-4.780.24551250.21022768X-RAY DIFFRACTION100
4.78-5.470.24161420.22392775X-RAY DIFFRACTION100
5.47-6.890.29891380.25182762X-RAY DIFFRACTION100
6.89-43.030.2411610.22342688X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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