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万見
- PDB-7rpv: Crystal structure of affinity-enhancing and catalytically inactiv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rpv
タイトルCrystal structure of affinity-enhancing and catalytically inactive ACE2 in complex with SARS-CoV-2 RBD
要素
  • Processed angiotensin-converting enzyme 2
  • Spike protein S1
キーワードHydrolase/Viral protein / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / receptor binding domain (受容体) / engineered human ACE2 / enhanced affinity / catalytic-null / zinc binding site / Hydrolase-Viral protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amino acid transport / アンジオテンシン変換酵素2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction ...positive regulation of amino acid transport / アンジオテンシン変換酵素2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / angiotensin maturation / maternal process involved in female pregnancy / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / Attachment and Entry / carboxypeptidase activity / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / ウイルスのライフサイクル / blood vessel diameter maintenance / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / 繊毛 / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endocytic vesicle membrane / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / endopeptidase activity / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / Potential therapeutics for SARS / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / 小胞体 / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / アンジオテンシン変換酵素 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. ...Collectrin-like domain profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / アンジオテンシン変換酵素 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質 / アンジオテンシン変換酵素2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Chen, Y. / Tolbert, D.W. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other governmentStart-up funds from the Uniformed Services University of the Health Sciences 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Engineered ACE2-Fc counters murine lethal SARS-CoV-2 infection through direct neutralization and Fc-effector activities.
著者: Chen, Y. / Sun, L. / Ullah, I. / Beaudoin-Bussieres, G. / Anand, S.P. / Hederman, A.P. / Tolbert, W.D. / Sherburn, R. / Nguyen, D.N. / Marchitto, L. / Ding, S. / Wu, D. / Luo, Y. / ...著者: Chen, Y. / Sun, L. / Ullah, I. / Beaudoin-Bussieres, G. / Anand, S.P. / Hederman, A.P. / Tolbert, W.D. / Sherburn, R. / Nguyen, D.N. / Marchitto, L. / Ding, S. / Wu, D. / Luo, Y. / Gottumukkala, S. / Moran, S. / Kumar, P. / Piszczek, G. / Mothes, W. / Ackerman, M.E. / Finzi, A. / Uchil, P.D. / Gonzalez, F.J. / Pazgier, M.
履歴
登録2021年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月29日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Processed angiotensin-converting enzyme 2
E: Spike protein S1
B: Processed angiotensin-converting enzyme 2
F: Spike protein S1
C: Processed angiotensin-converting enzyme 2
G: Spike protein S1
D: Processed angiotensin-converting enzyme 2
H: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)380,05936
ポリマ－374,4898
非ポリマー5,57128
水543
1
A: Processed angiotensin-converting enzyme 2
E: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0159
ポリマ－93,6222
非ポリマー1,3937
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Processed angiotensin-converting enzyme 2
F: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0159
ポリマ－93,6222
非ポリマー1,3937
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Processed angiotensin-converting enzyme 2
G: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0159
ポリマ－93,6222
非ポリマー1,3937
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Processed angiotensin-converting enzyme 2
H: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,0159
ポリマ－93,6222
非ポリマー1,3937
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.666, 136.307, 132.673
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.510, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Processed angiotensin-converting enzyme 2


分子量: 69120.570 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2, UNQ868/PRO1885 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYF1
#2: タンパク質
Spike protein S1


分子量: 24501.592 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#3: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.56 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH6.5, 20% PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.54→50 Å / Num. obs: 56056 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 108.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Rpim(I) all: 0.14 / Rrim(I) all: 0.262 / Χ2: 1.128 / Net I/σ(I): 3.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.54-3.6131.3327710.4470.8961.6111.10296.8
3.61-3.683.11.14627670.5740.7591.3811.08597
3.68-3.753.20.9827390.6230.6441.1771.10896.7
3.75-3.823.20.73328010.7610.4780.8791.12897.5
3.82-3.913.20.72628000.7090.4720.871.14697.9
3.91-43.20.64127690.650.4270.7741.0697.6
4-4.13.10.63126400.7310.4210.7631.11192.1
4.1-4.213.20.49827040.8530.3210.5951.12195
4.21-4.333.60.43128500.880.2660.5071.14999.4
4.33-4.473.60.34228150.9070.210.4021.07799.2
4.47-4.633.60.30928390.9520.1890.3631.18199.4
4.63-4.823.60.29128550.9290.180.3431.11399.3
4.82-5.043.50.28828670.9280.1780.341.11799.4
5.04-5.33.50.24928510.940.1550.2941.11199.4
5.3-5.633.40.23828270.9450.1510.2831.08599
5.63-6.073.20.21927270.9470.1450.2641.0994.9
6.07-6.683.50.19128120.9610.1180.2251.06897.9
6.68-7.643.60.12728920.980.0770.1491.06199.3
7.64-9.613.50.07328630.9920.0450.0861.05299.2
9.61-503.40.05328670.940.0350.0641.57196.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R4L, 6M0J

1r4l

6m0j


解像度: 3.54→47.92 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2918 2659 4.75 %
Rwork0.2435 53286 -
obs0.2457 55945 96.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 300.57 Å2 / Biso mean: 122.788 Å2 / Biso min: 33.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.54→47.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25345 0 340 3 25688
Biso mean--126.05 37.15 -
残基数----3125
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.54-3.60.3861190.36872430254983
3.6-3.670.42081430.35142756289997
3.67-3.750.36111370.33352771290896
3.75-3.830.35031560.31372801295797
3.83-3.920.36081600.31382800296098
3.92-4.010.35831840.29482762294697
4.01-4.120.36491250.29532612273791
4.12-4.240.24341210.26962846296798
4.24-4.380.27741270.24892880300799
4.38-4.540.31641490.22622851300099
4.54-4.720.27941600.24132861302199
4.72-4.930.30281390.24072864300399
4.93-5.190.31611180.240428963014100
5.19-5.520.28761560.23092873302999
5.52-5.940.30781420.25232857299998
5.94-6.540.27541170.26042756287395
6.54-7.480.24381600.23342866302699
7.49-9.420.21381290.18572928305799
9.42-47.920.23821170.1812876299395

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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