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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rjc | ||||||||||||||||||
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タイトル | Complex III2 from Candida albicans, inhibitor free, Rieske head domain in intermediate position | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Candida albicans / mitochondrial complex III2 / indazole-derivative inhibitor / Rieske head domain | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of filamentous growth / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / mitochondrial respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / ヘテロクロマチン ...regulation of filamentous growth / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / mitochondrial respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / ヘテロクロマチン / 細胞呼吸 / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metalloendopeptidase activity / electron transfer activity / oxidoreductase activity / heme binding / ミトコンドリア / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Candida albicans (酵母) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Di Trani, J.M. / Rubinstein, J.L. | ||||||||||||||||||
資金援助 | カナダ, スウェーデン, 5件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2022 タイトル: Rieske head domain dynamics and indazole-derivative inhibition of Candida albicans complex III. 著者: Justin M Di Trani / Zhongle Liu / Luke Whitesell / Peter Brzezinski / Leah E Cowen / John L Rubinstein / 要旨: Electron transfer between respiratory complexes drives transmembrane proton translocation, which powers ATP synthesis and membrane transport. The homodimeric respiratory complex III (CIII) oxidizes ...Electron transfer between respiratory complexes drives transmembrane proton translocation, which powers ATP synthesis and membrane transport. The homodimeric respiratory complex III (CIII) oxidizes ubiquinol to ubiquinone, transferring electrons to cytochrome c and translocating protons through a mechanism known as the Q cycle. The Q cycle involves ubiquinol oxidation and ubiquinone reduction at two different sites within each CIII monomer, as well as movement of the head domain of the Rieske subunit. We determined structures of Candida albicans CIII by cryoelectron microscopy (cryo-EM), revealing endogenous ubiquinone and visualizing the continuum of Rieske head domain conformations. Analysis of these conformations does not indicate cooperativity in the Rieske head domain position or ligand binding in the two CIIIs of the CIII dimer. Cryo-EM with the indazole derivative Inz-5, which inhibits fungal CIII and is fungicidal when administered with fungistatic azole drugs, showed that Inz-5 inhibition alters the equilibrium of Rieske head domain positions. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rjc.cif.gz | 600.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rjc.ent.gz | 508.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rjc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/7rjc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/7rjc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Ubiquinol--cytochrome-c reductase ... , 5種, 5分子 ADFHI
#1: タンパク質 | 分子量: 48004.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母) 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 参照: UniProt: A0A1D8PP59 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 32261.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母) 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 参照: UniProt: A0A1D8PHA3 |
#5: タンパク質 | 分子量: 11125.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母) 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 参照: UniProt: A0A1D8PHA2 |
#6: タンパク質 | 分子量: 16042.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母) 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 参照: UniProt: A0A1D8PJT8 |
#7: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4538.231 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母) 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 参照: UniProt: A0A1D8PLP3 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 K
#2: タンパク質 | 分子量: 43738.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母) 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 参照: UniProt: P0C8L0 |
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-Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 3種, 4分子 GBME
#4: タンパク質 | 分子量: 14440.710 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母) 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 参照: UniProt: Q5ABS1 |
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#8: タンパク質 | 分子量: 39593.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母) 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 参照: UniProt: P83782 |
#9: タンパク質 | 分子量: 23233.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母) 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 参照: UniProt: A0A1D8PJX3, quinol-cytochrome-c reductase |
-非ポリマー , 4種, 6分子
#10: 化合物 | #11: 化合物 | #12: 化合物 | ChemComp-HEC / | #13: 化合物 | ChemComp-FES / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Respiratory complex III2 from Candida albicans / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Candida albicans SC5314 (酵母) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 42 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58556 / 対称性のタイプ: POINT |