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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rfk | ||||||
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タイトル | CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA and Inhibitor Sinefungin | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA Adenine Methylation (DNAメチル化) / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / TRANSFERASE (転移酵素) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-methyltransferase activity / Damメチラーゼ / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Horton, J.R. / Cheng, X. / Zhou, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Epigenetics / 年: 2022 タイトル: Repurposing epigenetic inhibitors to target the Clostridioides difficile- specific DNA adenine methyltransferase and sporulation regulator CamA. 著者: Zhou, J. / Horton, J.R. / Yu, D. / Ren, R. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Cheng, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rfk.cif.gz | 992 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rfk.ent.gz | 676.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rfk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/7rfk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/7rfk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 68887.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル) 株: 630 / 遺伝子: CD630_27580 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q183J3, Damメチラーゼ |
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-DNA鎖 , 2種, 6分子 EGIDFH
#2: DNA鎖 | 分子量: 4325.825 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル) #3: DNA鎖 | 分子量: 4232.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル) |
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-非ポリマー , 4種, 1195分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.51 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 21~24% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1 M Tris-HCl pH 7.0~7.5, 0.28 M potassium citrate PH範囲: 7-7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→47.29 Å / Num. obs: 177994 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 34.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.279 / Rpim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.75 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 15920 / CC1/2: 0.395 / Rpim(I) all: 0.676 / % possible all: 84.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7LT5 解像度: 2.05→47.29 Å / SU ML: 0.2851 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.568 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→47.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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