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Yorodumi- PDB-7r38: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Pyr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7r38 | |||||||||
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Title | Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Pyrococcus furiosus in complex with S-inosyl-L-homocysteine | |||||||||
Components | Adenosylhomocysteinase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Complex / S-adenosyl-L-homocysteine (SAH) / S-adenosyl-L-methionine (SAM) | |||||||||
Function / homology | Function and homology information adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / one-carbon metabolic process / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Pyrococcus furiosus (archaea) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | |||||||||
Authors | Saleem-Batcha, R. / Popadic, D. / Andexer, J.N. | |||||||||
Funding support | Germany, 2items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Pyrococcus furiosus in complex with S-inosyl-L-homocysteine Authors: Saleem-Batcha, R. / Popadic, D. / Andexer, J.N. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7r38.cif.gz | 418.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7r38.ent.gz | 284.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7r38.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r38 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/7r38 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5axaS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 49620.258 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pyrococcus furiosus (archaea) / Strain: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / Gene: ahcY, PF0343 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P50251, adenosylhomocysteinase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 / Details: 26% (w/v) PEG 1500 with 100 mM MMT, pH 8.0 |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 13, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→82.254 Å / Num. obs: 48734 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 32.17 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 15.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.085 Å / Num. unique obs: 2405 / CC1/2: 0.86 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5axa Resolution: 2.05→53.4 Å / SU ML: 0.2122 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.4576 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.13 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→53.4 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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