+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7r0i | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STRUCTURAL BASIS OF ION UPTAKE IN COPPER-TRANSPORTING P1B-TYPE ATPASES | ||||||
要素 | Putative copper-exporting P-type ATPase A | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ATPase (ATPアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / copper ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Salustros, N. / Groenberg, C. / Wang, K. / Gourdon, P. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural basis of ion uptake in copper-transporting P 1B -type ATPases. 著者: Salustros, N. / Gronberg, C. / Abeyrathna, N.S. / Lyu, P. / Oradd, F. / Wang, K. / Andersson, M. / Meloni, G. / Gourdon, P. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7r0i.cif.gz | 164.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7r0i.ent.gz | 104 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7r0i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/7r0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/7r0i | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 7r0gC 7r0hC 3rfuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70411.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) 遺伝子: XD40_1059, XD48_1194 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A117KM49 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-K / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.44 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 1.5 M ammonium citrate, 0.1 M MES pH=5.5, 5.0 mM 06:0 Lyso PC |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 55972 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 78.05 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0684 / Rpim(I) all: 0.02837 / Rrim(I) all: 0.07416 / Net I/σ(I): 19.66 |
反射 シェル | 解像度: 2.705→2.802 Å / Rmerge(I) obs: 1.283 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2798 / CC1/2: 0.482 / CC star: 0.806 / Rpim(I) all: 0.6053 / Rrim(I) all: 1.423 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3RFU 解像度: 2.7→45.65 Å / SU ML: 0.4419 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.7017 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 93.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.65 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|