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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qzs | ||||||
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タイトル | Crystal structure of mouse CNPase catalytic domain, G324D mutant | ||||||
![]() | 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() cyclic nucleotide catabolic process / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Markusson, S. / Kursula, P. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of mouse CNPase catalytic domain, G324D mutant 著者: Markusson, S. / Kursula, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2xmiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 24351.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P16330, ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.08 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 30% (v/v) Jeffamine ED-2003 and 0.1M HEPES (pH 7.0) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 17959 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 30.56 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 1300 / CC1/2: 0.319 / Rrim(I) all: 2.927 / % possible all: 98.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 2XMI 解像度: 1.8→37.74 Å / SU ML: 0.2678 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.4016 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.53 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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