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- PDB-7qzd: Complex of rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR-P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qzd
タイトルComplex of rice blast (Magnaporthe oryzae) effector protein AVR-PikF with an engineered HMA domain of Pikp-1 (Pikp-SNK-EKE) from rice (Oryza sativa)
要素
  • Avr-Pik
  • Resistance protein Pikp-1
キーワードANTIFUNGAL PROTEIN / Plant immunity / pathogen effector / protein engineering (タンパク質工学) / blast disease
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to other organism / ADP binding / ATP hydrolysis activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein, plants / NB-ARC / NB-ARC domain / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily ...Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein, plants / NB-ARC / NB-ARC domain / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Avr-Pik / Resistance protein Pikp-1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
Pyricularia oryzae (イネいもち病菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Maidment, J.H.R. / Franceschetti, M. / Longya, A. / Banfield, M.J.
資金援助 日本, 9件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011216/1 日本
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P012574 日本
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BBS/E/J/000PR9795 日本
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M02198X 日本
European Research Council (ERC)743165 日本
The Thailand Research Fund (TRF)PHD/0152/2556 日本
John Innes Foundation 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)KAKENHI 15H05779 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)KAKENHI 20H00421 日本
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Effector target-guided engineering of an integrated domain expands the disease resistance profile of a rice NLR immune receptor.
著者: Maidment, J.H.R. / Shimizu, M. / Bentham, A.R. / Vera, S. / Franceschetti, M. / Longya, A. / Stevenson, C.E.M. / De la Concepcion, J.C. / Bialas, A. / Kamoun, S. / Terauchi, R. / Banfield, M.J.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Effector target-guided engineering of an integrated domain expands the disease resistance profile of a rice NLR immune receptor
著者: Maidment, J. / Shimizu, M. / Vera, S. / Franceschetti, M. / Longya, A. / Stevenson, C. / De la Concepcion, J. / Bialas, A. / Kamoun, S. / Terauchi, R. / Banfield, M.
履歴
登録2022年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Resistance protein Pikp-1
B: Resistance protein Pikp-1
C: Avr-Pik
E: Resistance protein Pikp-1
F: Resistance protein Pikp-1
G: Avr-Pik


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3906
ポリマ－55,3906
非ポリマー00
水1,964109
1
A: Resistance protein Pikp-1
B: Resistance protein Pikp-1
C: Avr-Pik


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6953
ポリマ－27,6953
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area11610 Å2
2
E: Resistance protein Pikp-1
F: Resistance protein Pikp-1
G: Avr-Pik


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6953
ポリマ－27,6953
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11380 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)67.381, 80.782, 103.804
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Resistance protein Pikp-1


分子量: 8430.855 Da / 分子数: 4 / 変異: S258E, N261K, K262E / 由来タイプ: 組換発現
詳細: expressed protein corresponds to residues 186-263 of wild type sequence. N-terminal GP is a scar from the cleaved expression tag
由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 遺伝子: Pikp-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E9KPB5
#2: タンパク質 Avr-Pik / Avr-Pik protein


分子量: 10833.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: expressed protein corresponds to residues 22-113 of wild type sequence. N-terminal M was added.
由来: (組換発現) Pyricularia oryzae (イネいもち病菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A219T3Y8
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: NULL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→103.8 Å / Num. obs: 28553 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 195704 / Scaling rejects: 28
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.276.70.7511687025120.8440.3020.8142.299
9.07-103.860.03527454570.9990.0150.03932.593.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5A6W

5a6w


解像度: 2.2→63.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / WRfactor Rfree: 0.2758 / WRfactor Rwork: 0.2169 / FOM work R set: 0.731 / SU B: 17.721 / SU ML: 0.214 / SU R Cruickshank DPI: 0.2819 / SU Rfree: 0.2367 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2855 1437 5 %RANDOM
Rwork0.2313 ---
obs0.234 27072 96.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.56 Å2 / Biso mean: 42.021 Å2 / Biso min: 19.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.79 Å20 Å2-0 Å2
2--3.51 Å20 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→63.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3526 0 0 109 3635
Biso mean---36.71 -
残基数----458
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0133575
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163608
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5971.634807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1921.68321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1765449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.69323.373166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.38815680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8461520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02747
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 115 -
Rwork0.363 2013 -
all-2128 -
obs--98.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.1495-1.2535-2.00195.2342-1.67315.77120.052-0.02450.6615-0.0962-0.006-0.4332-0.49410.4071-0.0460.1142-0.03860.0470.08070.010.2531-5.136311.7525-7.9365
23.40331.70030.06244.44130.76824.29340.0126-0.17990.3344-0.03880.19230.4207-0.4187-0.4626-0.20490.0640.03810.03620.10410.01770.1107-20.51346.26511.5914
35.29060.56860.51972.53540.06322.04150.1554-0.0899-0.1282-0.1132-0.1064-0.11410.1938-0.0328-0.0490.03150.01080.00020.03250.01160.0088-25.965-10.3748-2.3826
43.89512.57321.29475.0828-1.50116.81220.26110.1102-0.35660.1424-0.0158-0.52540.55050.2757-0.24530.10510.0186-0.08760.14730.00790.2171-38.2956-12.839124.2548
53.7566-1.50991.05134.04232.13292.91550.0617-0.1339-0.25320.24950.03920.26330.1257-0.2512-0.10090.03720.00850.03250.20760.01410.0651-54.1909-7.96814.6831
64.831-0.33830.39631.5725-0.3953.40080.0228-0.20870.420.1665-0.03760.0132-0.3893-0.02830.01480.11060.00790.02160.0519-0.03690.0522-59.67798.76318.3762
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A187 - 259
2X-RAY DIFFRACTION2B187 - 263
3X-RAY DIFFRACTION3C32 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4E188 - 259
5X-RAY DIFFRACTION5F187 - 262
6X-RAY DIFFRACTION6G32 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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