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- PDB-7qyq: Crystal structure of a DyP-type peroxidase from Pseudomonas putida -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qyq
タイトルCrystal structure of a DyP-type peroxidase from Pseudomonas putida
要素Dyp-type peroxidase family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / DyP / heme (ヘム) / Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ) / lignin (リグニン) / ABTS
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Dyp-type peroxidase, C-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Dyp-type peroxidase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.599 Å
データ登録者Borges, P.T. / Silva, D. / Frazao, C. / Martins, L.O.
資金援助European Union, 英国, 2件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionB-LigZymes H2020-MSCA-RISE 2018European Union
Foundation for Science and Technology (FCT)PTDC/BII-BBF/29564/2017 英国
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2022
タイトル: Unveiling molecular details behind improved activity at neutral to alkaline pH of an engineered DyP-type peroxidase.
著者: Borges, P.T. / Silva, D. / Silva, T.F.D. / Brissos, V. / Canellas, M. / Lucas, M.F. / Masgrau, L. / Melo, E.P. / Machuqueiro, M. / Frazao, C. / Martins, L.O.
履歴
登録2022年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dyp-type peroxidase family protein
B: Dyp-type peroxidase family protein
C: Dyp-type peroxidase family protein
D: Dyp-type peroxidase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,7718
ポリマ－125,3054
非ポリマー2,4664
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12920 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area42360 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)141.951, 141.951, 177.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-409-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 97 or resid 99 through 258 or resid 260 through 285 or resid 288))
21(chain B and (resid 3 through 97 or resid 99 through 258 or resid 260 through 285 or resid 288))
31(chain C and (resid 3 through 97 or resid 99 through 258 or resid 260 through 285 or resid 288))
41(chain D and (resid 3 through 97 or resid 99 through 258 or resid 260 through 285 or resid 288))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 3 through 97 or resid 99 through 258 or resid 260 through 285 or resid 288))A3 - 97
121(chain A and (resid 3 through 97 or resid 99 through 258 or resid 260 through 285 or resid 288))A99 - 258
131(chain A and (resid 3 through 97 or resid 99 through 258 or resid 260 through 285 or resid 288))A260 - 285
141(chain A and (resid 3 through 97 or resid 99 through 258 or resid 260 through 285 or resid 288))A288
211(chain B and (resid 3 through 97 or resid 99 through 258 or resid 260 through 285 or resid 288))B3 - 97
221(chain B and (resid 3 through 97 or resid 99 through 258 or resid 260 through 285 or resid 288))B99 - 258
231(chain B and (resid 3 through 97 or resid 99 through 258 or resid 260 through 285 or resid 288))B260 - 285
241(chain B and (resid 3 through 97 or resid 99 through 258 or resid 260 through 285 or resid 288))B288
311(chain C and (resid 3 through 97 or resid 99 through 258 or resid 260 through 285 or resid 288))C3 - 97
321(chain C and (resid 3 through 97 or resid 99 through 258 or resid 260 through 285 or resid 288))C99 - 258
331(chain C and (resid 3 through 97 or resid 99 through 258 or resid 260 through 285 or resid 288))C260 - 285
341(chain C and (resid 3 through 97 or resid 99 through 258 or resid 260 through 285 or resid 288))C288
411(chain D and (resid 3 through 97 or resid 99 through 258 or resid 260 through 285 or resid 288))D3 - 97
421(chain D and (resid 3 through 97 or resid 99 through 258 or resid 260 through 285 or resid 288))D99 - 258
431(chain D and (resid 3 through 97 or resid 99 through 258 or resid 260 through 285 or resid 288))D260 - 285
441(chain D and (resid 3 through 97 or resid 99 through 258 or resid 260 through 285 or resid 288))D288

-
要素

#1: タンパク質
Dyp-type peroxidase family protein /


分子量: 31326.199 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ)
株: ATCC 47054 / DSM 6125 / CFBP 8728 / NCIMB 11950 / KT2440
遺伝子: PP_3248 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88HV5
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.13 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M magnesium formate dihydrate and 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: -h,-k,l / Fraction: 0.18
反射解像度: 2.599→101.051 Å / Num. obs: 64014 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 9.49
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Num. unique obs: 12914 / CC1/2: 0.316 / Rpim(I) all: 0.381

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IIZ

2iiz


解像度: 2.599→101.051 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 187.64 / 位相誤差: 31.19 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2353 2703 4.22 %
Rwork0.2191 61314 -
obs0.2198 64014 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 151.36 Å2 / Biso mean: 52.3773 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.599→101.051 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8731 0 172 139 9042
Biso mean--41.98 44.38 -
残基数----1133
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5366X-RAY DIFFRACTION8.409TORSIONAL
12B5366X-RAY DIFFRACTION8.409TORSIONAL
13C5366X-RAY DIFFRACTION8.409TORSIONAL
14D5366X-RAY DIFFRACTION8.409TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5992-2.64651.327710.3105330699
2.6465-2.69740.29213327100
2.6974-2.75250.28983950.283292788
2.7525-2.81230.27373344100
2.8123-2.87780.26443340100
2.8778-2.94970.30083750.2576295989
2.9497-3.02950.2573377100
3.0295-3.11860.29323100.2386299691
3.1186-3.21930.24463366100
3.2193-3.33440.23912980.2332304591
3.3344-3.46790.22873343100
3.4679-3.62570.23192280.2081313293
3.6257-3.81690.19713366100
3.8169-4.0560.21652320.185316093
4.056-4.36920.18521770.1832320195
4.3692-4.80890.20871520.1775320895
4.8089-5.50470.20291500.193326496
5.5047-6.93510.22262030.2152324394
6.9351-101.0510.24351790.238341095
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5128-0.6690.45162.52851.09972.86490.49420.8456-0.1242-0.4147-0.6924-0.2405-0.34490.95160.05710.47850.0001-0.0910.7519-0.02970.2205-48.191646.94166.3117
20.3809-0.2402-0.33240.5860.06621.2927-0.1210.1231-0.1335-0.11-0.25970.12940.18270.1344-0.67110.6052-0.0821-0.00640.5399-0.139-0.3525-61.859237.1568.3717
33.2270.2396-1.36046.11252.41816.22530.27020.0817-0.26650.0763-0.2544-0.21160.6919-0.29480.21920.39630.004-0.02410.42670.06330.2106-52.160930.901923.9482
40.5707-0.34890.34991.7239-0.18112.48190.09740.09590.1454-0.0441-0.2103-0.2166-0.08510.11670.00210.37430.01830.02120.5168-0.02180.0453-61.347547.754615.7124
54.829-0.975-2.88655.5230.70065.2994-0.2833-0.1589-0.0088-0.2941-0.1956-0.5146-0.18391.10270.2530.3627-0.0067-0.06410.61550.06030.1493-44.48642.283312.3909
61.01831.55560.33575.46613.26425.36780.1592-0.49610.20670.2388-0.74140.70380.117-0.69820.23740.4269-0.0652-0.12370.5924-0.05220.3037-59.595551.427234.9101
71.7084-1.13761.20083.03361.73123.6684-0.0121-0.69540.39610.56040.0204-0.2464-0.44690.40920.17660.5918-0.2072-0.08260.6105-0.10790.2145-48.601259.017237.3129
82.9478-0.3321.13122.8846-0.31314.6009-0.2632-0.03820.0894-0.0073-0.1437-0.6852-0.03780.75160.06980.3883-0.0818-0.02540.60630.03170.173-45.545748.946527.9162
91.12651.1458-0.02631.6596-1.51334.5579-0.2762-0.0686-0.15910.0609-0.2258-0.49910.2140.91190.0430.3558-0.0507-0.03460.6038-0.04920.1579-47.95740.661524.6053
101.6150.33652.35051.9213-0.1136.06310.1145-0.0803-0.23060.1485-0.1029-0.19940.58860.4723-0.12170.3357-0.0403-0.00910.42040.06230.201-51.791538.634619.7502
118.1024-2.56032.7836.7146-4.5127.82620.1885-0.8804-0.3846-0.2852-0.12530.6521.2547-0.4988-0.00960.5506-0.0127-0.00510.6985-0.05060.4502-110.052836.199636.2827
121.10930.6128-0.32573.7119-1.73255.45740.0280.2563-0.1384-0.25770.11160.3380.3452-0.4833-0.03260.33470.0511-0.03560.5028-0.08050.2101-101.028539.711622.5278
136.47252.35982.9514.81292.36386.3614-0.36240.01360.4813-0.5820.01080.2197-1.0034-0.56320.39290.52990.13250.03420.3655-0.00870.1265-101.946457.788729.6355
141.45880.1531.75521.97730.25282.35820.19680.0079-0.26010.01740.0440.11460.1768-0.2712-0.10860.39280.07580.00660.4358-0.02060.2357-94.335638.568233.4758
152.9018-0.97761.4994.54610.99054.01230.18750.198-0.09950.1001-0.44611.14170.0308-1.35860.24310.47770.0489-0.05570.778-0.07070.388-110.858444.476337.6371
164.60591.41742.72472.32151.59118.63370.2934-0.1776-0.25550.24070.0116-0.27270.07040.9201-0.45390.57590.0976-0.03920.57490.02750.0827-84.1851.077144.9726
170.99490.03270.46710.70570.81041.11820.0574-0.47070.01540.4078-0.17850.010.0118-0.1302-0.04160.64050.0932-0.03830.6113-0.02320.0256-89.308751.50357.5658
181.57751.82951.21942.44790.51683.35430.1201-0.41220.17520.3319-0.09060.3825-0.0395-0.706-0.06330.57010.1959-0.02160.72810.00830.1806-99.798851.512148.1286
191.32291.43181.04232.9880.40771.46590.0116-0.03830.19620.1617-0.04920.683-0.214-0.38140.19370.54380.1975-0.02590.5955-0.08550.1957-102.028253.491339.3521
201.9009-0.38890.02363.08740.83223.3157-0.09460.0286-0.214-0.00070.03330.4607-0.1907-0.42940.01010.38720.1610.04050.52140.06320.0724-102.452650.171233.2891
214.15193.21032.53363.27511.98271.6679-0.8028-0.9134-0.12110.2520.10190.30270.5988-0.59630.75780.7541-0.03640.11780.5117-0.04830.2741-71.480817.386149.8714
220.9940.2969-0.16920.2860.09070.71670.0446-0.09120.02080.0809-0.09230.138-0.110.42670.14910.6406-0.0338-0.04930.4589-0.0164-0.147-65.832432.895947.489
233.1755-0.7702-0.78565.98430.73964.9747-0.1856-0.0445-0.0266-0.2833-0.157-0.53930.49080.84150.31390.3753-0.00850.060.3220.0650.2733-57.222224.57832.1829
242.6335-0.53140.04920.91270.50853.9708-0.0572-0.0592-0.2580.17690.01280.3209-0.0841-0.2606-0.12010.45920.0369-0.01130.32130.04560.0989-75.878829.498940.1291
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371.07660.1272-0.06431.4067-0.67553.2558-0.14220.2470.0749-0.13710.00760.0759-0.2448-0.2675-0.03550.580.0446-0.01150.7603-0.0562-0.0235-85.602655.4074-2.1562
382.13620.82631.24581.42272.23623.4922-0.02440.26950.2549-0.4733-0.17440.2076-0.9098-0.25510.27840.64810.15970.02820.60090.04690.1523-88.443665.54777.1509
390.73110.02020.18171.34240.65362.5265-0.1298-0.10110.24120.10330.01940.1154-0.8114-0.4989-0.03580.65790.24530.00580.5911-0.0240.0111-91.043667.301715.7843
403.2070.77331.46631.22960.87324.9687-0.08160.07250.4248-0.03320.07790.1846-0.74150.02830.06870.59560.17380.04460.55360.04630.0274-87.901568.447421.5224
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 3:10)A3 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 11:58)A11 - 58
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 59:78)A59 - 78
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 79:138)A79 - 138
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 139:158)A139 - 158
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 159:168)A159 - 168
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 169:185)A169 - 185
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 186:223)A186 - 223
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 224:247)A224 - 247
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 248:285)A248 - 285
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 3:10)B3 - 10
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 11:58)B11 - 58
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 59:78)B59 - 78
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 79:138)B79 - 138
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 139:158)B139 - 158
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 159:168)B159 - 168
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 169:185)B169 - 185
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 186:223)B186 - 223
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 224:247)B224 - 247
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 248:286)B248 - 286
21X-RAY DIFFRACTION21(chain C and resid 3:10)C3 - 10
22X-RAY DIFFRACTION22(chain C and resid 11:58)C11 - 58
23X-RAY DIFFRACTION23(chain C and resid 59:78)C59 - 78
24X-RAY DIFFRACTION24(chain C and resid 79:138)C79 - 138
25X-RAY DIFFRACTION25(chain C and resid 139:158)C139 - 158
26X-RAY DIFFRACTION26(chain C and resid 159:168)C159 - 168
27X-RAY DIFFRACTION27(chain C and resid 169:185)C169 - 185
28X-RAY DIFFRACTION28(chain C and resid 186:223)C186 - 223
29X-RAY DIFFRACTION29(chain C and resid 224:247)C224 - 247
30X-RAY DIFFRACTION30(chain C and resid 248:285)C248 - 285
31X-RAY DIFFRACTION31(chain D and resid 3:10)D3 - 10
32X-RAY DIFFRACTION32(chain D and resid 11:58)D11 - 58
33X-RAY DIFFRACTION33(chain D and resid 59:78)D59 - 78
34X-RAY DIFFRACTION34(chain D and resid 79:138)D79 - 138
35X-RAY DIFFRACTION35(chain D and resid 139:158)D139 - 158
36X-RAY DIFFRACTION36(chain D and resid 159:168)D159 - 168
37X-RAY DIFFRACTION37(chain D and resid 169:185)D169 - 185
38X-RAY DIFFRACTION38(chain D and resid 186:223)D186 - 223
39X-RAY DIFFRACTION39(chain D and resid 224:247)D224 - 247
40X-RAY DIFFRACTION40(chain D and resid 248:285 )D248 - 285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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