PDB-7qwi: Vanadate complex of the vanadium-dependent bromoperoxidase from C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qwi

タイトル

Vanadate complex of the vanadium-dependent bromoperoxidase from Corallina pilulifera

要素

Vanadium-dependent bromoperoxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

Vanadium protein (バナジウム) / halogen binding /

haloperoxidase.

機能・相同性

機能・相同性情報

臭化物ペルオキシダーゼ /

bromide peroxidase activity /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Corallina pilulifera (ピリヒバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Isupov, M.N. / Mitchell, D. / Littelchild, J.A. / Garcia-Rodriguez, E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: R396W mutant of the vanadium-dependent bromoperoxidase from Corallina pilulifera
著者: Isupov, M.N. / Mitchell, D. / Littelchild, J.A. / Garcia-Rodriguez, E.

履歴

登録	2022年1月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qwi.cif.gz	573.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qwi.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qwi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/7qwi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/7qwi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7qvwC 7qw3C 7qyyC 1up8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Vanadium-dependent bromoperoxidase

BBB: Vanadium-dependent bromoperoxidase

CCC: Vanadium-dependent bromoperoxidase

DDD: Vanadium-dependent bromoperoxidase

ヘテロ分子

269 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Vanadium-dependent bromoperoxidase

BBB: Vanadium-dependent bromoperoxidase

CCC: Vanadium-dependent bromoperoxidase

DDD: Vanadium-dependent bromoperoxidase

ヘテロ分子

AAA: Vanadium-dependent bromoperoxidase

BBB: Vanadium-dependent bromoperoxidase

CCC: Vanadium-dependent bromoperoxidase

DDD: Vanadium-dependent bromoperoxidase

ヘテロ分子

AAA: Vanadium-dependent bromoperoxidase

BBB: Vanadium-dependent bromoperoxidase

CCC: Vanadium-dependent bromoperoxidase

DDD: Vanadium-dependent bromoperoxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
808 kDa, 12 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	199.601, 199.601, 199.601
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	DDD-601- NA
2	1	BBB-1353- HOH
3	1	BBB-1392- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth seq-ID: 2 - 598 / Label seq-ID: 2 - 598

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	1	AAA	A
2	2	1	BBB	B
3	3	2	AAA	A
4	4	2	CCC	C
5	5	3	AAA	A
6	6	3	DDD	D
7	7	4	BBB	B
8	8	4	CCC	C
9	9	5	BBB	B
10	10	5	DDD	D
11	11	6	CCC	C
12	12	6	DDD	D

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	Vanadium-dependent bromoperoxidase / V-BPO / Vanadium haloperoxidase 分子量: 65614.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Corallina pilulifera (ピリヒバ) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O81959, 臭化物ペルオキシダーゼ

-
非ポリマー , 9種, 3041分子

#2: 化合物	ChemComp-VO4 / VANADATE ION / バナジン酸塩分子量: 114.939 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド / 臭化物分子量: 79.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-144 / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / メチルトリス(ヒドロキシメチル)アミニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃
#7: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#8: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#9: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#10: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 2952 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50 mM Tris-H2SO4, pH 6.8, 0.4M KBr, 1mM Na3VO4, 20% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→14.965 Å / Num. obs: 142571 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 4.9 % / CC_1/2: 0.977 / R_sym value: 0.155 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / Num. unique obs: 2680 / CC_1/2: 0.809 / R_sym value: 0.502

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1up8

1up8

解像度: 2.15→14.965 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / WR_factor R_free: 0.177 / WR_factor R_work: 0.131 / SU B: 4.775 / SU ML: 0.122 / Average fsc free: 0.9389 / Average fsc work: 0.9526 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.173 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1945	7104	5.022 %
R_work	0.1443	134358	-
all	0.147	-	-
obs	-	141462	98.889 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.248 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→14.965 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18448	0	365	2952	21765

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	19633
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.333	1.652	26648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.081	5	2519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.498	23.48	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.457	15	3119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.836	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	2552
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	15156
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	10469
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	13468
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	2388
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.085	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.238	0.2	180
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.248	4.478	9696
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.809	7.484	12152
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.582	5.045	9936
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.469	8.059	14432
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.985	33.418	90367
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.054	0.05	20441
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.044	0.05	20482
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.052	0.05	20448
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.053	0.05	20347
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.05	0.05	20410
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.052	0.05	20391

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05356	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05356	0.05009
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04373	0.05009
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04373	0.05009
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05234	0.05009
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05234	0.05009
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05251	0.05009
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05251	0.05009
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05029	0.05009
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05029	0.05009
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05225	0.05009
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05225	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.206	0.249	529	0.187	9926	X-RAY DIFFRACTION	99.6189
2.206-2.266	0.224	531	0.175	9679	X-RAY DIFFRACTION	99.4255
2.266-2.332	0.243	490	0.17	9405	X-RAY DIFFRACTION	99.3574
2.332-2.404	0.212	495	0.155	9090	X-RAY DIFFRACTION	99.3676
2.404-2.483	0.231	463	0.158	8896	X-RAY DIFFRACTION	99.2997
2.483-2.57	0.224	438	0.157	8577	X-RAY DIFFRACTION	99.2951
2.57-2.667	0.237	434	0.152	8272	X-RAY DIFFRACTION	99.0218
2.667-2.776	0.218	439	0.153	7886	X-RAY DIFFRACTION	98.9422
2.776-2.899	0.23	410	0.151	7650	X-RAY DIFFRACTION	98.9321
2.899-3.04	0.225	351	0.158	7244	X-RAY DIFFRACTION	98.4701
3.04-3.205	0.191	376	0.158	6970	X-RAY DIFFRACTION	99.1898
3.205-3.399	0.201	375	0.156	6619	X-RAY DIFFRACTION	99.5445
3.399-3.634	0.177	326	0.134	6183	X-RAY DIFFRACTION	99.3134
3.634-3.924	0.166	293	0.122	5776	X-RAY DIFFRACTION	98.9726
3.924-4.299	0.147	284	0.107	5294	X-RAY DIFFRACTION	98.6733
4.299-4.806	0.126	234	0.101	4857	X-RAY DIFFRACTION	99.0082
4.806-5.548	0.142	229	0.107	4304	X-RAY DIFFRACTION	99.4733
5.548-6.792	0.155	198	0.134	3668	X-RAY DIFFRACTION	99.6906
6.792-9.594	0.154	144	0.14	2875	X-RAY DIFFRACTION	99.7357
9.594-14.965	0.172	65	0.151	1187	X-RAY DIFFRACTION	72.0783

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関連情報:EMDBヘッダ

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