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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qwd | ||||||||||||
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タイトル | CC-Type2-(Ug)4 | ||||||||||||
要素 | CC-Type2-(Ug)4 | ||||||||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN (De novo) / aib / coiled coil (コイルドコイル) / pentamer / 2-Aminoisobutyric acid (2-アミノイソ酪酸) | ||||||||||||
機能・相同性 | リン酸塩 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Martin, F.J.O. / Zieleniewski, F. / Dawson, W.M. / Woolfson, D.N. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CC-Type2-(Ug)4 著者: Martin, F.J.O. / Zieleniewski, F. / Dawson, W.M. / Woolfson, D.N. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qwd.cif.gz | 70.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qwd.ent.gz | 56.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qwd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/7qwd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/7qwd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7qweC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3330.839 Da / 分子数: 5 / 変異: W19BrPhe / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.14 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1.5 mM peptide, 50 mM SPG, 25 % w/v PEG 1500, at pH 6.0. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.919 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.919 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→43 Å / Num. obs: 32660 / % possible obs: 97.52 % / 冗長度: 76.4 % / Biso Wilson estimate: 17.13 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.4586 / Rpim(I) all: 0.04872 / Rrim(I) all: 0.4612 / Net I/σ(I): 11.11 |
反射 シェル | 解像度: 1.354→1.403 Å / 冗長度: 47.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.25 / Num. unique obs: 2788 / CC1/2: 0.357 / CC star: 0.725 / Rpim(I) all: 1.529 / Rrim(I) all: 10.61 / % possible all: 85.21 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.35→43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 4.98 / SU ML: 0.079 / SU R Cruickshank DPI: 0.0726 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 1.2 Å / 減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 57.85 Å2 / Biso mean: 23.86 Å2 / Biso min: 13.25 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.35→43 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.354→1.389 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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