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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qw7 | ||||||
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タイトル | Adenine-specific DNA methyltransferase M.BseCI complexed with AdoHcy and cognate fully methylated DNA duplex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / DNA-modification / Adenine-N6 methylation / Base flipping | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-methyltransferase activity / Damメチラーゼ / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / メチル化 / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Mitsikas, D.A. / Kouyianou, K. / Kotsifaki, D. / Providaki, M. / Bouriotis, V. / Glykos, N.M. / Kokkinidis, M. | ||||||
資金援助 | ギリシャ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of M.BseCI DNA methyltransferase from Geobacillus stearothermophilus. 著者: Mitsikas, D.A. / Kouyianou, K. / Kotsifaki, D. / Providaki, M. / Bouriotis, V. / Glykos, N.M. / Kokkinidis, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qw7.cif.gz | 298 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qw7.ent.gz | 211.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qw7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/7qw7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/7qw7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7qw5SC 7qw6C 7qw8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67761.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) 遺伝子: bseCIM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43423, Damメチラーゼ |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3059.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 3059.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) |
#4: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.54 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: Glycerol ethoxylate, Tris-HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97951 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97951 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→44.01 Å / Num. obs: 19732 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 72.05 Å2 / CC1/2: 0.927 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 0.68 / Net I/σ(I): 5.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 2.317 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 2101 / CC1/2: 0.189 / Rpim(I) all: 1.325 / Rrim(I) all: 2.683 / Χ2: 0.81 / % possible all: 82.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7QW5 解像度: 2.6→44.01 Å / SU ML: 0.4861 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.8442 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.9 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 74.63 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→44.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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