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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qv8 | ||||||
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タイトル | Leishmania infantum BRC1 repeat in complex with LiRAD51 | ||||||
要素 |
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キーワード | RECOMBINATION (遺伝的組換え) / BRC repeat / homologous recombination (相同組換え) / Rad51 (Rad51) / recombinase. BRCA2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitotic recombination-dependent replication fork processing / DNA strand exchange activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / double-strand break repair via homologous recombination / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / ATP binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Leishmania infantum (幼児リーシュマニア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Pantelejevs, T. / Hyvonen, M. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2022 タイトル: Divergent binding mode for a protozoan BRC repeat to RAD51. 著者: Pantelejevs, T. / Hyvonen, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qv8.cif.gz | 73.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qv8.ent.gz | 42.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qv8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/7qv8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/7qv8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1n0wS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24838.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Leishmania infantum (幼児リーシュマニア) 遺伝子: RAD51, LINF_280010500, LINJ_28_0580 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4I3C9 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3660.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Leishmania infantum (幼児リーシュマニア) 遺伝子: LINF_200005600, LINJ_20_0070 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4HYJ9 |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.8 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 32% low-PEG-smear, 0.1M Tris pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: LN2 stream / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9159 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→59.61 Å / Num. obs: 12826 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 23.1 % / Biso Wilson estimate: 57.32 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 15.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.18 Å / 冗長度: 18.1 % / Num. unique obs: 632 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1N0W 解像度: 2.15→54.31 Å / SU ML: 0.4145 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 45.579 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 74.53 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→54.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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