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- PDB-7quh: Siglec-8 in complex with therapeutic Fab AK002. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7quh
タイトルSiglec-8 in complex with therapeutic Fab AK002.
要素
  • (Sialic acid-binding immunoglobulin-type lectin) x 2
  • Sialic acid-binding Ig-like lectin 8
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / siglec (SIGLEC) / sialic acid (シアル酸) / antibody (抗体)
機能・相同性
機能・相同性情報


sialic acid binding / transmembrane signaling receptor activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / carbohydrate binding / 細胞接着 / シグナル伝達 / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
抗体 / 免疫グロブリンフォールド / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. ...抗体 / 免疫グロブリンフォールド / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Sialic acid-binding Ig-like lectin 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.867 Å
データ登録者Lenza, M.P. / Oyenarte, I. / Jimenez Barbero, J. / Ereno Orbea, J.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITNEuropean Union
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2023
タイトル: Structures of the Inhibitory Receptor Siglec-8 in Complex with a High-Affinity Sialoside Analogue and a Therapeutic Antibody.
著者: Lenza, M.P. / Atxabal, U. / Nycholat, C. / Oyenarte, I. / Franconetti, A. / Quintana, J.I. / Delgado, S. / Nunez-Franco, R. / Garnica Marroquin, C.T. / Coelho, H. / Unione, L. / Jimenez-Oses, ...著者: Lenza, M.P. / Atxabal, U. / Nycholat, C. / Oyenarte, I. / Franconetti, A. / Quintana, J.I. / Delgado, S. / Nunez-Franco, R. / Garnica Marroquin, C.T. / Coelho, H. / Unione, L. / Jimenez-Oses, G. / Marcelo, F. / Schubert, M. / Paulson, J.C. / Jimenez-Barbero, J. / Ereno-Orbea, J.
履歴
登録2022年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Sialic acid-binding immunoglobulin-type lectin
L: Sialic acid-binding immunoglobulin-type lectin
A: Sialic acid-binding Ig-like lectin 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1253
ポリマ－85,1253
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area25380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.343, 44.554, 111.387
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.410, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 Sialic acid-binding immunoglobulin-type lectin


分子量: 23603.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Sialic acid-binding immunoglobulin-type lectin


分子量: 23203.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Sialic acid-binding Ig-like lectin 8 / Siglec-8 / Sialoadhesin family member 2 / SAF-2


分子量: 38317.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIGLEC8, SAF2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NYZ4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶溶媒含有率: 37.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M ammonium chloride 20% PEG3350 pH6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.867→42.32 Å / Num. obs: 14935 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 41.5 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.233 / Rpim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.87→2.97 Å / Rmerge(I) obs: 1.042 / Num. unique obs: 1575 / CC1/2: 0.678 / Rpim(I) all: 0.446

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QU6

7qu6


解像度: 2.867→42.319 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2836 769 5.15 %
Rwork0.2246 14166 -
obs0.2277 14935 95.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.89 Å2 / Biso mean: 44.8681 Å2 / Biso min: 22.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.867→42.319 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4329 0 0 0 4329
残基数----563
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.867-3.0880.38631640.2992949100
3.088-3.39870.32211550.27492933100
3.3987-3.89020.33751280.2301239582
3.8902-4.90.23591430.19162842100
4.9-42.3190.24071790.1963047100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.5232 Å / Origin y: 20.8487 Å / Origin z: 23.7127 Å
111213212223313233
T0.3189 Å20.0538 Å20.0128 Å2-0.2898 Å2-0.0554 Å2--0.2698 Å2
L1.3537 °2-0.2781 °20.5594 °2-0.1481 °2-0.2535 °2--0.2862 °2
S-0.1217 Å °-0.0592 Å °-0.0306 Å °0.0638 Å °0.0863 Å °0.0144 Å °-0.0887 Å °-0.0268 Å °0.0303 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 220
2X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 225
3X-RAY DIFFRACTION1allA19 - 153

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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