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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qu6 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the N-terminal domain of Siglec-8 | |||||||||
要素 | Sialic acid-binding Ig-like lectin 8 | |||||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Siglec / sialic acid / antibody | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sialic acid binding / transmembrane signaling receptor activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / carbohydrate binding / cell adhesion / signal transduction / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å | |||||||||
データ登録者 | Lenza, M.P. / Atxabal, U. / Nycholat, C.M. / Oyenarte, I. / Paulson, J.C. / Franconetti, A. / Quintana, J.I. / Unione, L. / Delgado, S. / Jimenez-Barbero, J. / Ereno-Orbea, J. | |||||||||
資金援助 | European Union, スペイン, 2件
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引用 | ジャーナル: Jacs Au / 年: 2023 タイトル: Structures of the Inhibitory Receptor Siglec-8 in Complex with a High-Affinity Sialoside Analogue and a Therapeutic Antibody. 著者: Lenza, M.P. / Atxabal, U. / Nycholat, C. / Oyenarte, I. / Franconetti, A. / Quintana, J.I. / Delgado, S. / Nunez-Franco, R. / Garnica Marroquin, C.T. / Coelho, H. / Unione, L. / Jimenez-Oses, ...著者: Lenza, M.P. / Atxabal, U. / Nycholat, C. / Oyenarte, I. / Franconetti, A. / Quintana, J.I. / Delgado, S. / Nunez-Franco, R. / Garnica Marroquin, C.T. / Coelho, H. / Unione, L. / Jimenez-Oses, G. / Marcelo, F. / Schubert, M. / Paulson, J.C. / Jimenez-Barbero, J. / Ereno-Orbea, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qu6.cif.gz | 352.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qu6.ent.gz | 287.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qu6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qu6_validation.pdf.gz | 470.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qu6_full_validation.pdf.gz | 477 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7qu6_validation.xml.gz | 33 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qu6_validation.cif.gz | 45.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/7qu6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/7qu6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7quhC 7quiC 2n7aS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17638.475 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIGLEC8, SAF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NYZ4 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.01 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris HCl pH 6.5, and 27% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.34→83.82 Å / Num. obs: 36480 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 34.8 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rpim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.34→2.42 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 1.249 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 3624 / CC1/2: 0.63 / Rpim(I) all: 0.526 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2N7A 解像度: 2.34→83.758 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.66 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.34 Å2 / Biso mean: 39.4992 Å2 / Biso min: 16.37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.34→83.758 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -17.4814 Å / Origin y: 6.4114 Å / Origin z: -41.8436 Å
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精密化 TLSグループ |
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