PDB-7qrd: Crystal structure of mouse CARM1 in complex with histone H3_10-25

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qrd

タイトル

Crystal structure of mouse CARM1 in complex with histone H3_10-25

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1
SER-THR-GLY-GLY-LYS-ALA-PRO-URU-LYS-GLN-LEU-ALA-THR-LYS-ALA-ALA

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学))

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / negative regulation of dendrite development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Marechal, N. / Cura, V. / Troffer-Charlier, N. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CARM1 Transition State Mimics
著者: Marechal, N. / Cura, V. / Troffer-Charlier, N. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2022年1月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qrd.cif.gz	836.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qrd.ent.gz	711.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qrd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/7qrd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/7qrd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7qphC 5ih3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

L: SER-THR-GLY-GLY-LYS-ALA-PRO-URU-LYS-GLN-LEU-ALA-THR-LYS-ALA-ALA

M: SER-THR-GLY-GLY-LYS-ALA-PRO-URU-LYS-GLN-LEU-ALA-THR-LYS-ALA-ALA

ヘテロ分子

176 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.183, 99.204, 208.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 ABCDLM

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 42783.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド	SER-THR-GLY-GLY-LYS-ALA-PRO-URU-LYS-GLN-LEU-ALA-THR-LYS-ALA-ALA 分子量: 1588.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Histone H3.1 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)

#1: タンパク質

Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4

分子量: 42783.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4
発現宿主:

Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase

#2: タンパク質・ペプチド

SER-THR-GLY-GLY-LYS-ALA-PRO-URU-LYS-GLN-LEU-ALA-THR-LYS-ALA-ALA

分子量: 1588.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Histone H3.1 / 由来: (合成)

Mus musculus (ハツカネズミ)

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非ポリマー , 5種, 585分子

#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト / マロン酸分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#5: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#6: 化合物	ChemComp-QVR / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R})-2-(6-aminopurin-9-yl)-5-[(~{E})-prop-1-enyl]oxolane-3,4-diol 分子量: 277.279 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₅N₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris-HCl pH 7.5 50 mM NaCl 1 mM TCEP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→46.1 Å / Num. obs: 105764 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 43.4 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.125 / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 3.52 / Num. unique obs: 729 / CC_1/2: 0.273 / R_pim(I) all: 1.604 / R_rim(I) all: 3.52 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20rc2_4400	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2→41.65 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2536	5252	4.98 %
R_work	0.2224	100207	-
obs	0.224	105459	99.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 146.43 Å² / B_iso mean: 50.4733 Å² / B_iso min: 22.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→41.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11519	0	148	575	12242
B_iso mean	-	-	50.34	44.18	-
残基数	-	-	-	-	1437

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.02	0.4697	158	0.4584	3123	3281	93
2.02-2.05	0.4533	190	0.4213	3270	3460	100
2.05-2.07	0.4176	194	0.4016	3300	3494	100
2.07-2.1	0.3805	156	0.3827	3331	3487	100
2.1-2.12	0.3768	160	0.3589	3325	3485	100
2.12-2.15	0.3655	166	0.3493	3348	3514	100
2.15-2.18	0.3482	187	0.3425	3281	3468	100
2.18-2.22	0.3623	180	0.3297	3321	3501	100
2.22-2.25	0.3735	187	0.3187	3268	3455	99
2.25-2.29	0.3472	178	0.3068	3334	3512	100
2.29-2.33	0.3286	162	0.2857	3287	3449	100
2.33-2.37	0.2871	157	0.271	3361	3518	100
2.37-2.42	0.2926	169	0.2529	3336	3505	100
2.42-2.46	0.2567	194	0.2438	3262	3456	100
2.46-2.52	0.2633	162	0.2475	3382	3544	100
2.52-2.58	0.3086	174	0.2522	3326	3500	100
2.58-2.64	0.2881	166	0.2468	3322	3488	99
2.64-2.71	0.2646	181	0.233	3315	3496	99
2.71-2.79	0.2881	160	0.2305	3370	3530	100
2.79-2.88	0.271	174	0.2288	3333	3507	100
2.88-2.99	0.2627	157	0.2367	3371	3528	100
2.99-3.1	0.2702	199	0.2338	3336	3535	99
3.1-3.25	0.2973	165	0.2369	3339	3504	100
3.25-3.42	0.2424	178	0.2079	3407	3585	100
3.42-3.63	0.2107	151	0.1856	3356	3507	100
3.63-3.91	0.2009	201	0.1698	3376	3577	100
3.91-4.3	0.1938	192	0.1514	3392	3584	100
4.3-4.93	0.1708	161	0.1413	3450	3611	100
4.93-6.2	0.1978	183	0.1705	3468	3651	100
6.2-41.65	0.2254	210	0.2033	3517	3727	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6296	-0.4616	-0.1917	1.4043	0.1829	1.4796	-0.0465	0.131	0.2393	0.0588	-0.0125	-0.1311	-0.4798	0.3661	0.0604	0.5821	-0.2121	0.0449	0.4216	0.0448	0.3492	54.7583	40.1853	134.7156
2	1.5949	1.1673	0.2715	3.7316	0.3451	1.0476	0.0267	-0.1087	-0.0006	-0.096	-0.1478	-0.3746	-0.4695	0.6259	0.1276	0.3703	-0.0997	0.0572	0.5369	0.0731	0.2912	61.5851	20.8023	123.0156
3	0.9653	0.3394	0.0059	1.3786	0.1495	1.6259	0.0659	0.1364	-0.0339	-0.2724	-0.1803	-0.2009	-0.0497	0.6528	0.0458	0.3115	-0.0738	0.0644	0.5724	0.0829	0.3388	62.0821	18.9823	121.4392
4	0.9011	-0.3836	0.6147	2.0059	0.6115	1.0754	-0.0234	0.143	-0.2079	-0.1786	-0.0774	0.0761	0.0346	0.291	0.1068	0.4931	-0.0761	0.12	0.4468	0.0579	0.3784	53.3725	17.6251	115.0678
5	2.1819	-0.9685	-0.41	4.7991	-1.3021	2.9646	0.0853	-0.1964	-0.1294	0.7089	-0.2581	0.2666	-0.7872	0.6945	0.2553	0.5078	-0.1131	0.0305	0.5991	-0.0301	0.4099	61.5255	-4.0708	135.7199
6	1.4288	-0.2104	-0.2172	1.6944	0.6245	2.4896	0.247	0.1867	0.0458	-0.2132	-0.1036	0.0761	-0.4177	-0.5073	-0.1091	0.4436	0.2048	0.032	0.4996	0.0967	0.2888	19.5548	19.1727	114.7989
7	0.7798	0.7728	0.123	0.4996	0.4569	0.4493	0.1565	0.0784	0.0105	0.1267	-0.034	0.0857	-0.427	-0.094	-0.0802	0.4976	0.0112	0.0574	0.4349	0.0168	0.3263	32.6648	26.7043	144.523
8	2.64	-0.8921	0.0058	1.2688	0.9458	2.212	0.1647	0.0232	-0.1069	0.0378	-0.1542	0.1172	-0.2353	-0.3408	-0.0355	0.465	0.0882	0.1108	0.566	0.0294	0.3343	17.1239	21.0683	138.0717
9	1.1938	0.031	0.2473	0.909	0.8222	2.6401	0.0991	-0.051	0.0883	-0.0076	-0.0722	0.0913	-0.3842	-0.5646	-0.0282	0.3321	0.1027	0.0632	0.4675	0.0727	0.2944	17.0947	21.6667	140.5618
10	2.8261	0.5266	-0.2212	1.5519	0.4774	5.3263	0.2578	-0.0651	-0.0703	-0.1684	0.0198	-0.0981	-0.7686	0.0975	-0.3526	0.4258	0.0685	0.0448	0.3255	0.0748	0.3981	24.8479	28.8875	142.2632
11	1.8487	-0.2686	-0.1559	1.1772	-0.2292	2.2303	0.1178	0.0211	0.2721	-0.0341	-0.0147	0.0428	-0.669	-0.2913	-0.0418	0.6238	0.1822	0.0999	0.3897	0.0065	0.3723	22.6396	40.9504	177.9022
12	1.2487	-0.1958	0.4182	-0.0401	0.0173	1.3381	0.2244	-0.0016	-0.0879	0.0763	-0.1456	0.158	-0.1108	-0.3492	-0.0533	0.1875	-0.0011	0.0429	0.2763	-0.0143	0.2955	29.7144	12.5196	194.4726
13	1.2275	-0.1499	-0.4087	1.7015	-0.1573	1.4996	0.0994	0.0415	0.0283	0.1562	-0.1612	0.1966	-0.2376	-0.5014	0.0187	0.2917	0.1141	0.0775	0.4567	-0.053	0.3402	14.1363	20.1887	190.9775
14	1.1064	0.2569	-0.1916	2.2082	-0.221	1.6067	0.0833	0.0491	-0.1923	0.0064	-0.1276	-0.0925	-0.1641	-0.2145	0.0552	0.3733	0.094	0.0594	0.5102	-0.0243	0.3377	22.6873	18.4672	197.4438
15	0.516	0.0218	-0.8225	3.4932	1.6491	2.8928	0.0756	0.1051	-0.0416	-0.587	-0.4389	0.0892	-0.849	-0.2051	0.3938	0.5067	0.0872	-0.0725	0.7178	0.008	0.5373	13.6442	-2.7926	176.7642
16	1.5514	0.3239	-0.2632	2.039	-0.1304	2.4962	0.1843	-0.1897	0.1002	0.0695	-0.1104	-0.1157	-0.2739	0.3232	-0.0552	0.2766	-0.148	0.0132	0.3312	-0.0353	0.3107	56.8201	18.1526	197.7624
17	0.7863	-0.698	0.2085	0.8714	-0.5417	1.0158	0.1904	0.1142	0.137	-0.1709	-0.1148	-0.0541	-0.2851	-0.0459	-0.0499	0.4101	-0.0066	0.0804	0.3651	-0.026	0.2874	43.9993	26.3847	168.0112
18	2.1566	0.0793	0.8157	0.6936	0.2668	2.8453	0.165	0.4681	0.0258	-0.0637	-0.0682	-0.1076	0.022	0.3709	-0.1151	0.3188	-0.0303	0.1198	0.4723	0.0254	0.3592	59.1525	19.9102	174.3917
19	1.3333	0.4055	0.6126	1.2553	-1.2798	2.4672	0.0072	0.2765	-0.0167	-0.1237	-0.0803	-0.1444	-0.1273	0.6468	0.0704	0.2355	-0.0347	0.0736	0.4237	-0.042	0.3069	59.2098	20.5096	171.9586
20	1.2182	-0.8841	0.9344	1.5925	0.246	2.8079	0.0001	0.1637	-0.0562	-0.1373	-0.0611	0.0662	-0.6366	0.0435	0.1269	0.3848	-0.1143	0.0483	0.348	0.0016	0.3925	52.2964	28.5604	170.2249
21	2.3887	-1.4036	1.0086	2.8243	-1.1017	0.6281	0.2419	-0.3271	0.0174	0.1359	-0.3109	0.0881	0.3321	0.2858	0.1013	0.7289	0.0758	0.1575	0.6632	-0.0542	0.5139	30.6316	27.5618	182.1543
22	4.565	1.2566	0.9752	3.6489	0.0805	3.1036	-0.4011	-0.0609	-0.6244	0.0664	0.1299	0.0642	0.5893	-0.8271	0.4018	0.8239	-0.0476	0.098	0.6602	0.1177	0.6582	46.1022	27.2192	130.4697
23	0.8778	-0.2252	0.4672	0.1158	-0.0806	1.6068	0.1929	0.0248	-0.2443	-0.0179	-0.0665	-0.1207	-0.0786	0.3414	-0.099	0.2606	0.0211	0.049	0.3024	0.0059	0.2674	46.1628	12.1086	118.1118
24	1.618	-1.0768	0.0227	2.5689	-0.0836	0.6954	0.0584	-0.0701	-0.0835	-0.3083	0.0404	0.1884	-0.4688	-1.0466	-0.0078	0.4377	0.1542	0.0448	0.4356	0.0058	0.3037	14.8352	21.9583	189.4528

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 136 through 282)	A	136 - 282
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 337 through 365)	A	337 - 365
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 366 through 445)	A	366 - 445
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 446 through 477)	A	446 - 477
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 478 through 499)	A	478 - 499
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 136 through 282)	B	136 - 282
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 283 through 336)	B	283 - 336
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 337 through 365)	B	337 - 365
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 366 through 445)	B	366 - 445
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 446 through 478)	B	446 - 478
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 136 through 282)	C	136 - 282
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 283 through 336)	C	283 - 336
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 366 through 445)	C	366 - 445
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 446 through 477)	C	446 - 477
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 478 through 499)	C	478 - 499
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 136 through 282)	D	136 - 282
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 283 through 336)	D	283 - 336
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 337 through 365)	D	337 - 365
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 366 through 445)	D	366 - 445
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 446 through 477)	D	446 - 477
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 10 through 22 )	E	10 - 22
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 10 through 25 )	F	10 - 25
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'A' and (resid 283 through 336)	A	283 - 336
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 337 through 365)	C	337 - 365

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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