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- PDB-7qps: Structure of Mn-free SpoT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qps
タイトルStructure of Mn-free SpoT
要素ACT domain protein
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / metal-free (p)ppGpp hydrolase SpoT
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine tetraphosphate biosynthetic process / GTP diphosphokinase / kinase activity / hydrolase activity / リン酸化
類似検索 - 分子機能
RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / TGS domain / HD domain profile. / TGS domain profile. / TGS / TGS-like / HD domain / Beta-grasp domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. ...RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / TGS domain / HD domain profile. / TGS domain profile. / TGS / TGS-like / HD domain / Beta-grasp domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニル酸 / ACT domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Garcia-Pino, A. / Tamman, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Mn-free SpoT
著者: Garcia-Pino, A. / Tamman, H.
履歴
登録2022年1月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACT domain protein
B: ACT domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4163
ポリマ－77,0692
非ポリマー3471
水4,360242
1
A: ACT domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5341
ポリマ－38,5341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ACT domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8822
ポリマ－38,5341
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.887, 90.887, 262.359
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

-
要素

#1: タンパク質 ACT domain protein / / Bifunctional (P)ppGpp synthetase/guanosine-3' / 5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase / ...Bifunctional (P)ppGpp synthetase/guanosine-3' / 5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase / Bifunctional protein SpoT / GTP pyrophosphokinase(ATP:GTP 3'-pyrophosphotransferase)(PpGpp synthetase I) / Guanosine-3' / 5'-bis(Diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase / pyrophosphokinase / (P)ppGpp synthetase II / Guanosine-3 / 5-bis(Diphosphate) 3-pyrophosphohydrolase / HD domain-containing protein / Putative GTP pyrophosphokinase RelA (ATP:GTP 3'-pyrophosphotransferase) (PPGPP synthetase I) ((P)PPGPP synthetase) (GTP diphosphokinase) / RelA/SpoT family protein


分子量: 38534.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: spoT_1, relA_1, relA_3, spoT, A7M90_14410, AB945B12_01945, Aba9201_15290, ABCAM1_3401, ABKPCSM17A_01292, ABR2091_3374, ABUW_0309, APC21_16100, APD31_02670, AUO97_04875, AYR68_16515, B7L36_ ...遺伝子: spoT_1, relA_1, relA_3, spoT, A7M90_14410, AB945B12_01945, Aba9201_15290, ABCAM1_3401, ABKPCSM17A_01292, ABR2091_3374, ABUW_0309, APC21_16100, APD31_02670, AUO97_04875, AYR68_16515, B7L36_04505, B7L45_01975, B9X95_19475, BAA1790NC_0315, BS065_01600, C2U32_12605, C5H40_03430, C6N18_18350, CBE85_06420, CBL15_01550, CSB70_3370, CTZ19_01585, DLI71_12465, DLI72_03665, DOL94_17785, E1A86_17370, E2535_18555, E2539_03475, E2540_19450, EA686_01605, EA706_01570, EA720_012255, EA722_01135, EGM95_01775, EKS29_00960, EP550_01655, EP560_16360, EWO96_11255, F2P40_01005, F4T85_13595, F4T91_15305, FDN00_18830, FE003_01590, FJU36_10385, FJU42_02940, FJU59_00430, FJU76_08505, FR761_17725, GNY86_13750, GSE42_18470, H0529_17955, H1058_16860, HBK86_16410, HIN86_01600, IMO23_16495, NCTC13305_02770, NCTC13421_00317, SAMEA104305281_00293, SAMEA104305340_01315, SAMEA104305385_01516, SI89_16095
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: V5V8V7, GTP diphosphokinase
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.5 M Ammonium sulfate, 1.0 M Lithium sulfate, 0.1 M Sodium citrate, 30 % w/v PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→85.88 Å / Num. obs: 25337 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 24.8 % / Biso Wilson estimate: 64.82 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.527 / Rpim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.79→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 3.457 / Num. unique obs: 1230 / CC1/2: 0.487 / Rpim(I) all: 0.689

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (20-OCT-2021)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6S2V

6s2v


解像度: 2.79→85.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.858 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.819 / SU R Cruickshank DPI: 0.781 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.975 / SU Rfree Blow DPI: 0.396 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.389
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2983 1253 4.95 %RANDOM
Rwork0.2582 ---
obs0.2602 25337 89.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 49.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6286 Å20 Å20 Å2
2---0.6286 Å20 Å2
3---1.2573 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→85.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4893 0 23 242 5158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0094985HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.996744HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1788SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes865HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4960HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.82
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.93
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion685SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3997SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.79→2.84 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3997 -3.75 %
Rwork0.3065 488 -
all0.31 507 -
obs--34.17 %
精密化 TLS

L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDOrigin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-43.8094-33.403115.1449
2-39.89657.221614.1575
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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