+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7qno | ||||||
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Title | Crystal structure of ligand-free Danio rerio HDAC6 CD1 CD2 | ||||||
Components | Histone deacetylase 6HDAC6 | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Deacetylase / Histone / Microtuble | ||||||
Function / homology | Function and homology information Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / regulation of tubulin deacetylation / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation ...Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / regulation of tubulin deacetylation / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / angiogenesis / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Danio rerio (zebrafish) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.38 Å | ||||||
Authors | Kempf, G. / Langousis, G. / Sanchez, J. / Matthias, P. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Methods Mol.Biol. / Year: 2023 Title: Expression and Crystallization of HDAC6 Tandem Catalytic Domains. Authors: Langousis, G. / Sanchez, J. / Kempf, G. / Matthias, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7qno.cif.gz | 445.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7qno.ent.gz | 371 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7qno.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/7qno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qn/7qno | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5g0hS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 91951.164 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Danio rerio (zebrafish) / Gene: hdac6 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: F8W4B7 |
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-Non-polymers , 5 types, 29 molecules
#2: Chemical | ChemComp-PRO / | ||||||
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#3: Chemical | ChemComp-K / #4: Chemical | ChemComp-ZN / | #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 2.27 M sodium formate |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 30, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.377→93.067 Å / Num. obs: 44105 / % possible obs: 95.2 % / Redundancy: 20.4 % / Biso Wilson estimate: 56.66 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 15.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.377→2.683 Å / Redundancy: 19.6 % / Rmerge(I) obs: 2.331 / Num. unique obs: 2206 / CC1/2: 0.488 / Rpim(I) all: 0.533 / % possible all: 73.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5G0H Resolution: 2.38→63.34 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 28.52 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.38→63.34 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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